一、线粒体蛋白组研究进展（论文文献综述）
李振通[1]（2021）在《石斑鱼杂交后代表型和遗传性状分析》文中进行了进一步梳理石斑鱼（Epinephelus）,因其肉质鲜、嫩、爽口,并且富含各营养元素,是我国重要的海水经济鱼类,主要在我国东南沿海养殖,北方也有养殖。近年来,由于石斑鱼养殖技术的成熟,以及市场对石斑鱼需求的扩增,石斑鱼养殖规模快速增长。同时,在石斑鱼养殖中也引发相关问题,如石斑鱼种质退化、易感病、畸形率高等。石斑鱼养殖业的可持续健康发展需要具有优良性状的石斑鱼新品种来维持。杂交育种作为新品种培育的有效途径,是解决生物种质遗传资源退化的有效手段,在石斑鱼养殖中广泛应用。对于众多的杂交子代,对其表型以及遗传性状的研究尤为重要。1、云龙石斑鱼生长、畸形性状测定及转录组测序分析云龙石斑鱼是以云纹石斑鱼（Epinephelus moara）为母本,鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）为父本进行杂交,培育出的杂交石斑鱼新品种。云龙石斑鱼兼具父母双方的优点,如生长速度快、营养丰富。与母本云纹石斑鱼相比,云龙石斑鱼表现出显着的生长优势,已通过国家新品种审核。本文利用雄性鞍带石斑鱼与雌性云纹石斑鱼建立了28个云龙石斑鱼杂交家系,另外建立3个云纹石斑鱼纯系。云龙石斑鱼家系的受精率平均值是55.5%±26.7%,畸形率平均值是8.3%±0.9%。在45-245日龄,云龙石斑鱼与云纹石斑鱼的生长曲线分别为W=0.0392L2.8912（R2=0.9869）,W=0.0255L3.0216（R2=0.9908）,在此生长过程云龙石斑鱼呈异速生长型,云纹石斑鱼是等速生长型。至245日龄时,云龙石斑鱼的体重与体长平均值分别为（316.7±57.3）g、（22.5±1.7）cm,云纹石斑鱼的为（123.2±30.2）g,（16.8±1.3）cm,云龙石斑鱼体重和体长分别是云纹石斑鱼的2.6倍,的1.3倍。对云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼进行为期12个月的对比养殖,体重是珍珠龙胆的1.3倍,全长为1.2倍。云龙石斑鱼具有明显的杂种优势。石斑鱼育种中普遍存在畸形鱼的现象,给石斑鱼养殖业的发展带来了较大的经济损失。在我们培育的云龙石斑鱼家系中,平均畸形率为8.3%±0.9%,个别家系畸形率高达44.7%。目前,对石斑鱼畸形的发生研究缺少,因此我们借助Illumina Hi Seq测序技术对高畸形率家系的正常鱼与畸形鱼的脑、垂体和脊椎骨进行测序。在18个RNA-seq文库中,共获得10.5亿条高质量的reads。共组装了87,888个基因,注释到36,268个基因,长度在201-28,922 bp。我们对正常鱼和畸形鱼进行比较转录组研究,分别在脑、垂体、脊椎骨中获得398、136和2,341个差异表达基因,共有706个上调基因,2,169个下调基因。对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,发现与DNA结合、激酶活性、细胞因子受体反应、神经性配体受体作用、钙离子信号通路、细胞外基质受体作用、雌激素信号和矿物质吸收通路参与到脊椎骨畸形的发生中。进一步通过权重基因共表达网络分析得到与畸形性状相关的三个模块,筛选到一些相关性较高的基因,如细胞周期蛋白依赖性激酶4、E3泛素-蛋白连接酶RNF19A。在blue模块中,发现有多数基因与小白蛋白（OCM）、血小板糖蛋白Ibα链（GPIBA）、基质金属蛋白酶-9（Mmp9）相关联,这三个基因均与脊椎骨发育密切相关。另外通过q PCR验证表明本研究的转录组数据是高质量的,满足生物信息学分析要求。2、杂交石斑鱼线粒体结构及进化分析石斑鱼种类丰富多样,线粒体DNA有其特有的特点,是分子系统学研究的重要标记。本文对云纹石斑鱼（♀）×蓝身大斑石斑鱼（Epinephelus tukula）（♂）杂交子代的线粒体结构和系统进化进行分析。云纹石斑鱼（♀）×蓝身大斑石斑鱼（♂）杂交子代线粒体DNA长度为16,695 bp,包括13个蛋白质编码基因（PCGs）、2个核糖体RNA（r RNA）、22个转运RNA（t RNA）、1个复制起始位点和1个控制区（control）。基因的组成与顺序与其它脊椎动物一致。在这13个PCGs中,有12个分布在重链,ND6编码在轻链。杂交子代的线粒体全基因组在碱基使用上具有较高的AT,AT为正值,GC为负值。起始密码子除了COX和ND4的为GTG,ATP6的为CTG,其余皆为ATG。终止密码子有三种类型,包括T（ND2,COXII,ND3,ND4和Cytb）、TA（COXIII）,TAA（其余PCGs）。所有t RNA中除了t RNASer（AGN）由于缺少经典的环不能形成经典的三叶草式。进行系统发育树分析,发现云龙石斑鱼、云纹石斑鱼（♀）×蓝身大斑石斑鱼（♂）子代与云纹石斑鱼关系最近,显示杂交子代的线粒体遵循母本遗传特征,结果对于鉴定物种、系统进化和杂交育种具有指导意义。3、赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代表型和遗传性状分析在石斑鱼杂交育种过程中,需要对杂交组合的可行性、杂交子代的遗传特性进行评估。赤点石斑鱼（Epinephelus akaara）♀与蓝身大斑石斑鱼♂是一个新的杂交组合,从生长发育、染色体分析、线粒体分析和微卫星分析四个方面展开对赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代研究。赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代在水温20.3-24.7℃,盐度30的条件下,历时40 h 55 min孵化出膜,完成整个胚胎发育,赤点石斑鱼为41 h 18 min。胚后变态发育阶段分为前期仔鱼（1-3 d）、后期仔鱼（4-31 d）、稚鱼期（32-57 d）、幼鱼期（58 d-）四个时期。至一龄时,杂交子代的体重达到（176.6±28.7）g,全长达（22.4±1.1）cm,赤点石斑鱼的体重达（81.4±15.0）g,全长达（17.5±1.0）cm,杂交子代体重是赤点石斑鱼的2.17倍,全长的1.28倍。与赤点石斑鱼相比,杂交子代的体表附有黑色斑块,条带不明显,体型与赤点石斑鱼相似。通过头肾-秋水仙素法,对四月龄的赤点石斑鱼和赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代进制备染色体制片。使用油镜观察和分裂相统计,杂交子代的染色体数目为2n=48,比重为72%,核型公式是2n=3sm+3st+42t。赤点石斑鱼的染色体数目为2n=48,比重为70%,核型公式是2n=4sm+6st+38t,蓝身大斑石斑鱼的染色体核型为2n=2sm+46t,说明杂交子代的遗传物质来自于父母本各一套染色体。杂交子代的线粒体DNA长度为16,928 bp,包含包括13个PCGs、2个r RNA基因、22个t RNA基因、1个复制起始位点和1个控制区。与其他脊椎动物相似。对于蛋白质编码基因,基因密码子使用频率最高的是编码亮氨酸的密码子。杂交后代系统进化分析说明线粒体DNA在遗传中遵循母本遗传。利用24对微卫星标记对赤点石斑鱼、蓝身大斑石斑鱼以及杂交子代进行遗传性状分析。对于这24对微卫星位点,主要等位基因频率平均为0.4297,shannon多态信息含量平均为0.6531,其中有20个位点为高度多态性,平均值为1.4793。赤点石斑鱼、蓝身大斑石斑鱼以及E.AT的群内近交系数、总群体近交系数和群体间分化系数和基因流平均为0.0713、0.3097、0.2566、0.7242。三个群体的平均有效等位基因数最高的是赤点石斑鱼（3.5883）,然后是杂交子（3.3288）和蓝身大斑石斑鱼（1.9306）。平均观测杂合度大小为杂交子代（0.6447）、赤点石斑鱼（0.5089）、蓝身大斑石斑鱼（0.3097）。平均期望杂合度大小为杂交子代（0.6569）、赤点石斑鱼（0.56035）、蓝身大斑石斑鱼（0.3479）,3个群体多态信息含量介于0.3042-0.5898,最高的是杂交子代,表明杂交子代具有较高的遗传多样性。聚类分析表明杂交子代与母本赤点石斑鱼的遗传相似性较高,遗传距离较近。
周丽[2]（2021）在《栀子褐斑病病原菌侵染途径及转录组研究》文中研究指明栀子（Gardenia jasminoides Ellis）是我国常用传统中药材也是重要药食两用资源。在食品生产中,从栀子中提取的天然色素广泛用于食品染色。近年来随着中医药产业蓬勃发展,我国栀子规范化种植规模不断扩大,但栀子抗病性较弱,易感染病虫害。栀子褐斑病是栀子常见病害之一,发病时不仅影响栀子正常生长,严重时甚至导致整棵栀子枯死。当前,栀子褐斑病常用的防治措施多为喷洒多菌灵等抑菌化学试剂。长期使用农药造成残留,不仅严重影响栀子的品质,更对生态和环境造成不可估量的损害。在病害胁迫下,体内信号传导系统感知病害侵入,植物机体产生应激反应,调节体内防御系统抵御病害,调控相关相关功能蛋白表达以发挥相应防御功能。本课题通过对栀子叶片进行不同时间的病原菌侵染,对栀子叶片生理指标进行测定,研究栀子响应褐斑病的生理变化特征,并采用扫描电镜和透射电镜对栀子叶片和病原菌互作过程中超微结构进行观察,观察超微结构变化情况。同时对不同感病时期叶片进行转录组测序,筛选栀子响应褐斑病侵染的关键基因。以期为探究栀子褐斑病病原菌侵染方式及途径,和栀子响应褐斑病病菌侵染机制,为栀子褐斑病的防治提供基础理论和依据。目的:探究褐斑病病原菌的侵染方式及途径,防御酶系统对病原菌的响应情况及栀子响应褐斑病病原菌侵染的关键基因,为后续褐斑病防治及抗病品种培育提供理论基础。（1）通过防御酶的检测揭示栀子防御酶系统对病原菌的响应。（2）利用扫描电镜和透射电镜观察病原菌侵染栀子叶片,探究病原菌的侵染途径及对叶肉细胞的影响。（3）经转录组测序分析病原菌侵染后栀子基因表达的变化进而确认栀子抗病相关基因。方法:（1）选取一年生栀子种苗叶片采用菌饼法接种病原菌葡萄座腔菌,并于0、4、12、24、48、72、96h后,测定超氧化物歧化酶SOD)、过氧化物酶（POD）和过氧化氢酶（CAT）的活性,以及丙二醛（MDA）、脯氨酸（PRO）和可溶性糖含量。（2）取接种病原菌0、2、4、6 d后的栀子叶片进行制片,后运用扫描电镜（SEM）和透射电镜（TEM）进行观察。（3）用高通量测序技术进行转录组测序,用Seqprep和Sickl进行数据质控,利用Trinity数据库对clean reads进行从头组装,使用DESeq对各样本中基因进行差异表达分析,运用GO和KEGG数据库对得到的差异基因进行分析,利用STRING数据库对得到的三条通路进行蛋白互作网络分析,用Cytoscape对其进行网络可视化分析。结果:（1）栀子叶片在接种病原菌后0～96h期间SOD、POD、CAT均呈先上升后下降的趋势,MDA呈先下降后轻微上升的趋势,PRO、可溶性糖含量总体上呈下降的趋势。（2）扫描电镜结果发现:生理指标变化的同时超微形态也发生了相应变化,由感病初期时,菌丝附着于叶片表面并侵入叶表皮;到感病中期,菌丝在叶片内部生长扩散并突破叶表皮;再到感病后期,菌丝交错成网状覆盖于叶片表面。透射电镜结果发现:感病初期叶绿体形状由纺锤形变成椭圆形,淀粉粒数量明显增多,感染中期,少数叶细胞存在细胞壁部分溶解现象,叶绿体形状均变成圆形,嗜锇颗粒显着增多。感染后期,细胞膜与细胞壁出现质壁分离现象,细胞膜变形,部分出现破裂,叶绿体双层膜溶解破坏,分界变得模糊,甚至融为一体,类囊体片层和基质类囊体片层排列不规则,出现溶解现象。（3）用高通量测序技术进行转录组测序,以在病原菌侵染下12、24、48和72h栀子叶片为实验组,0 h为对照组。共获得680463948条clean reads。对各实验组与对照组（0 h）的测序结果进行差异分析,当与对照组（0 h）相比时,病原菌侵染12 h后,差异表达基因在四组中最多有3696个,且下调基因有2117个,上调基因有1579个。侵染1d后,差异表达基因数量在所有组别中最少仅有884个,其中407个上调,477个下调。侵染后2d后相对1d显着变化,有3208个差异基因,其中1329个上调,1879个下调。侵染3d后有2864个差异基因,其中1411个上调,1453个下调。对在四个病原菌侵染时间点后DEG进行Venn分析,比较分析显示,在所有时间点上,只有339个共同DEG,占较小一部分。总共存在6421个差异表达基因。对6421个差异表达基因进行GO和KEGG分析。栀子叶片被病原菌侵染后差异基因显着富集于苯丙烷生物合成,植物激素信号转导,淀粉和蔗糖代谢通路。应用STRING数据库对三条通路的基因分别进行蛋白互作网络分析。根据网络中各个节点联通度大小,获得互作网络的关键基因。经分析得到苯丙烷生物合成途径的关键基因为COMT1,植物信号传导通路的关键基因为AUX1,淀粉和蔗糖代谢途径的关键基因为SUS3。结论:（1）受到病原菌的侵染后,通过增加抗氧化酶的活性,来减轻并抵御病原菌的伤害。（2）扫描电镜结果发现病原菌主要通过溶解栀子叶片表皮的方式侵入叶片内部。透射电镜结果发现病原菌侵染对叶肉细胞的细胞壁、细胞膜、细胞器均有不同程度的影响,对叶绿体的影响尤为明显。因此有感病迹象出现时,应及时采取防治措施。（3）主要通过调控COMT1、AUX1、SUS3这三个基因的表达,改善植株的生长发育状况及强化细胞壁来达到抗病的作用,为后续抗病品种的培育提供理论基础。
陈丽梅[3]（2021）在《艾灸关元穴和仙茅补肾阳，艾灸足三里穴和干姜补脾阳作用及其机制研究》文中认为目的:本研究从能量代谢的角度,研究艾灸关元穴和仙茅补肾阳,艾灸足三里穴和干姜补脾阳作用及其作用机制。方法:在艾灸关元穴和仙茅补肾阳作用研究中,以正常SD大鼠为研究对象,将40只大鼠分为5组,分别为空白对照组、艾灸关元穴组、仙茅高剂量组、仙茅中剂量组、仙茅低剂量组,每组8只。实验过程中检测大鼠的体重及体温变化,检测大鼠肾脏Na+-K+-ATP酶、Ca2+-Mg2+-ATP酶的活性、SDH活性、ATP含量、线粒体数量以及线粒体代谢速率的影响。采用生化法检测大鼠血清丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天门冬氨基酸氨基转移酶（AST）、尿酸（UA）、尿氮素（BUN）、肌酐（Cr）、甘油三酯（TG）、总胆固醇（TC）、总胆汁酸（TBA）、高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）的含量变化。苏木精-伊红（HE）染色法观察肝脏和肾脏病理变化,以评价艾灸关元穴和仙茅高、中、低剂量对大鼠肝肾功能的影响。采用代谢组学技术筛选差异代谢物并进行代谢通路分析。采用RT-PCR、Western blot检测Sirt1、Pgc-1α、Ampk、Ppar-αm RNA和蛋白的表达,探讨艾灸关元穴和仙茅对线粒体合成和功能的影响。在艾灸足三里穴和干姜补脾阳作用的研究中,以正常SD大鼠为研究对象,将40只大鼠分为5组,分别为空白对照组、艾灸足三里穴组、干姜高剂量组、干姜中剂量组、干姜低剂量组,每组8只。实验期间监测大鼠的体重及体温变化,检测大鼠胃组织Na+-K+-ATP酶、Ca2+-Mg2+-ATP酶、SDH活性、ATP含量、线粒体数量及线粒体代谢速率。检测大鼠ALT,AST,UA,BUN,Cr,TG,TC,TBA,HDL-C和LDL-C的含量变化,HE染色法观察肝、肾、胃组织病理变化,以评价艾灸足三里穴和干姜高、中、低剂量对大鼠肝肾功能的影响。采用代谢组学技术筛选差异代谢物并分析其代谢通路。采用RT-PCR、Western blot检测Sirt1、Pgc-1α、Ampk、Ppar-αm RNA和蛋白的表达,探讨艾灸足三里穴和干姜对线粒体合成和功能的影响。结果:1.与空白对照组相比,艾灸关元穴组和仙茅高、中、低剂量组大鼠体重均下降（p<0.05,p<0.01）,但体温没有显着性变化（p>0.05）。与空白对照组相比,艾灸关元穴组和仙茅高、中、低剂量组显着增强肾脏ATP酶活性,SDH活性和增加肾脏ATP含量（p<0.05,p<0.01）。艾灸关元穴组和仙茅高、中、低剂量组均可增加大鼠肾脏线粒体数量（p<0.05,p<0.01）,但关元穴组对肾脏线粒体代谢速率没有显着性影响（p>0.05）,仙茅高剂量组显着抑制肾脏线粒体代谢速率（p<0.05）,仙茅中剂量和仙茅低剂量组显着增加肾脏线粒体代谢速率（p<0.05,p<0.01）。艾灸关元穴组和仙茅高、中、低剂量组对ALT、AST、BUN、Cr、TG、TC、TBA、HDL-C、LDL-C没有显着影响（p>0.05）。仙茅高、中、低剂量组显着降低UA的含量（p<0.01）。艾灸关元穴组、仙茅高、中、低剂量组对肝脏和肾脏组织均没有病理损伤。代谢组学结果显示,艾灸关元穴后,血清中鉴定到6个潜在生物标志物,分别是黄嘌呤、油酰胺、2-花生四烯酰甘油磷酸胆碱、D-谷氨酰胺、（6b,7b,c13R）-6,7-diacetoxy-8,14-labdadiene-13-ol、Nutriacholic acid。粪便中鉴定到7个潜在生物标志物,分别是（1-（2-呋喃基甲基）-1H-吡咯）、亚油酸、2-苯基甘氨酸、琥珀酸、3-（3,5-二甲氧基苯基）丙酸、3-羟基癸二酸、柠檬酸。组织中共鉴定到7个潜在生物标志物,分别是2-甲基苹果酸、异亮氨酰苯丙氨酸、油酰胺、鞘氨醇、琥珀酸、葡萄糖酸、牛磺熊去氧胆酸。仙茅高剂量组中,血清中共鉴定到4个潜在生物标志物,分别是油酰胺、视黄酯、2-花生四烯酰甘油磷酸胆碱、9-氧十八烷酸。粪便中共鉴定到6个潜在生物标志物,分别是2-花生四烯酰甘油磷酸胆碱、葵酸、亚油酸、11-顺式-视黄醛、肌酸、乙酰丙酸。肾组织中共鉴定到2个潜在生物标志物,分别是琥珀酸、葡萄糖酸。仙茅中剂量组中,血清共鉴定到5个潜在生物标志物,分别是油酰胺、视黄酯、N-乳酸亮氨酸、Docosapentaenoic acid（22n-6）、2-花生四烯酰甘油磷酸胆碱。粪便中共鉴定到5个潜在生物标志物,分别是油酰胺、Katonic acid、L-亮氨酸、2-酮-3-脱氧-D-葡萄糖酸、11-顺式-视黄醛。肾组织中共鉴定到3个潜在生物标志物,分别是黄嘌呤核苷、琥珀酸、牛磺去氧胆酸。仙茅低剂量组中,血清共鉴定到3个潜在生物标志物,分别是视黄酯、2-花生四烯酸甘油磷酸胆碱、油酰胺。粪便中共鉴定到5个潜在生物标志物,Nutriacholic acid、2-花生四烯酸甘油磷酸胆碱、11-顺式-视黄醛、肌酸、葵酸。肾组织中共鉴定到5个潜在生物标志物,分别是Maleylacetic acid、异亮氨酸脯氨酸、Lyso PE（18:0/0:0）、琥珀酸、一磷酸腺苷（AMP）。代谢通路结果显示,艾灸关元穴涉及的代谢通路有柠檬酸循环（TCA循环）、鞘脂代谢、磷酸戊糖途径代谢、嘌呤代谢、丙氨酸,天门冬氨酸和谷氨酸代谢、D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢,丁酸酯代谢、丙酸酯代谢、乙醛酸和二羧酸的代谢。仙茅高剂量涉及的代谢通路有丁酸酯代谢、TCA循环、视黄醇代谢、磷酸戊糖代谢、丙酸酯代谢、丙氨酸,天门冬氨酸和谷氨酸代谢。仙茅中剂量涉及的代谢通路有视黄醇代谢、柠檬酸循环代谢（TCA循环）、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的生物合成和降解、丁酸酯代谢、丙酸酯代谢、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢、氨酰生物合成、嘌呤代谢。仙茅低剂量组涉及的代谢通路有视黄醇代谢、丁酸酯代谢、TCA循环代谢、丙酸酯代谢、丙氨酸,天门冬氨酸和谷氨酸代谢、嘌呤代谢。RT-PCR,WB结果显示,与空白对照组相比,艾灸关元穴显着增强Ampk,Pgc-1α,Ppar-α的基因和蛋白的表达（p<0.05,p<0.01）,但对Sirt1没有显着性影响（p>0.05）。仙茅显着增强Ampk,Pgc-1α,Ppar-α和Sirt1基因和蛋白表达（p<0.05,p<0.01）。2.与空白对照组相比,艾灸足三里穴组和干姜中、低剂量组大鼠体重均下降（p<0.05,p<0.01）,但体温没有显着性变化（p>0.05）。与空白对照组相比,艾灸足三里穴组可增强胃组织ATP酶活性,SDH活性（p<0.05,p<0.01）,干姜高剂量组增强Ca2+-Mg2+-ATP酶、SDH活性（p<0.01）,对Na+-K+-ATP酶活性没有显着性影响（p>0.05）,干姜中剂量组增强Ca2+-Mg2+-ATP酶、SDH活性（p<0.01）,对Na+-K+-ATP酶活性没有显着性影响（p>0.05）,干姜低剂量组显着增强SDH活性（p<0.01）,对Na+-K+-ATP酶和Ca2+-Mg2+-ATP酶活性没有显着性影响（p>0.05）。艾灸足三里穴组和干姜高、中、低剂量组均可增加胃组织ATP含量（p<0.05,p<0.01）和线粒体数量（p<0.01）,但艾灸足三里穴组和干姜中剂量组对线粒体代谢速率没有显着性影响（p>0.05）,干姜高剂量组抑制线粒体代谢速率（p<0.01）,干姜低剂量组可显着增加线粒体代谢速率（p<0.01）。干姜高剂量组大鼠体重和体温没有显着性变化（p>0.05）。在本实验条件下,艾灸足三里穴和干姜高、中、低剂量组对ALT,AST,UA,BUN,Cr,TG,TC,TBA,HDL-C和LDL-C没有显着影响（p>0.05）,对肝、肾、胃组织没有病理性损伤。代谢组学结果显示,艾灸足三里穴组血清中鉴定到5个潜在生物标志物,分别为N-乳代亮氨酸、2-花生四烯酸甘油磷酸胆碱、PC（20:2（11Z,14Z）/14:0）、异亮氨酸、D-谷氨酰胺。粪便中鉴定到6个潜在生物标志物,分别为4-Methylzymosterol intermediate、2b,3a,7a,12a-四羟基-5b-胆酸、8-氧十六烷酸、邻苯二甲酸二异丁酯、犬尿酸,精氨酸-天冬酰胺。胃组织中鉴定到10个潜在生物标志物,分别为油酰胺、鞘氨醇、植物鞘氨醇、Tetracosahexaenoic acid、Lyso PC（14:0）、Lyso PE（18:0/0:0）、氧化性谷胱甘肽、3-羟基葵酸、18-羟基花生四烯酸、PC（20:2（11Z,14Z）/14:0）。干姜高剂量组血清中鉴定到3个潜在生物标志物,分别为PC（20:2（11Z,14Z）/14:0）、2-花生四烯酸甘油磷酸胆碱、Lyso PE（0:0/18:0）。粪便中鉴定到8个潜在生物标志物,分别为棕榈酸、亚油酸、N-乙酰亮氨酸、鸟氨酸、DG（18:2n6/0:0/18:2n6）、天冬酰胺B、异亮氨酰苯丙氨酸、癸二酸。胃组织中鉴定到5个潜在生物标志物,分别为3-羟基葵酸、熊去氧胆酸、Lyso PG（16:0/0:0）、PC（20:2（11Z,14Z）/14:0）、牛磺熊去氧胆酸。干姜中剂量组血清鉴定到5个潜在生物标志物,分别为黄嘌呤、视黄酯、2-花生四烯酰甘油磷酸胆碱、花生四烯酸、3-羟胆酸。粪便中鉴定到6个潜在生物标志物,分别为嘌呤、鸟氨酸、葵酸、棕榈酸、精氨酸-天冬酰胺、邻苯二甲酸二异丁酯。胃组织中鉴定到6个潜在生物标志物,分别为胞嘧啶、黄嘌呤、油酰胺、PC（20:2（11Z,14Z）/14:0）、牛磺熊去氧胆酸、D-亮氨酸。干姜低剂量组血清中鉴定到3个潜在生物标志物,分别为2-花生四烯酰甘油磷酸胆碱、PC（20:2（11Z,14Z）/14:0）、3-羟胆酸。粪便中鉴定到6个潜在生物标志物,分别为棕榈酸、油酰胺、Lyso PA（18:0e/0:0）、Sebiferic acid、3-（2-hydroxy-4-methoxyphenyl）propanoic acid、天冬酰胺B。胃组织中鉴定到5个潜在生物标志物,分别为鹅去氧胆酸甘氨酸结合物、PC（20:2（11Z,14Z）/14:0）、3-羟基葵酸、18-羟基花生四烯酸、牛磺熊去氧胆酸。代谢通路分析结果显示,艾灸足三里穴组涉及的代谢通路有鞘脂代谢、甘油磷酸酯代谢、谷胱甘肽代谢、亚油酸代谢、D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的生物合成和降解、α-亚麻酸代谢、花生四烯酸代谢、氨酰t RNA生物合成。干姜高剂量组涉及的代谢通路有亚麻酸代谢、α-亚麻酸代谢、精氨酸生物合成、谷胱甘肽代谢、花生四烯酸代谢、甘油磷酸酯代谢、精氨酸和脯氨酸代谢。干姜中剂量组涉及的代谢通路有花生四烯酸代谢、亚麻酸代谢、α-亚麻酸代谢、精氨酸的生物合成、视黄醇代谢、谷胱甘肽代谢、不饱和脂肪酸生物合成、甘油磷酸酯、精氨酸和脯氨酸代谢、嘌呤代谢。干姜低剂量组涉及的代谢通路有亚麻酸代谢、α-亚麻酸代谢、花生四烯酸代谢、甘油磷酸酯代谢、胆汁酸初级生物合成。RT-PCR,WB结果显示,与空白对照组相比,艾灸足三里穴组和干姜组均显着增强Ampk,Pgc-1α,Ppar-α,Sirt1基因和蛋白的表达（p<0.05,p<0.01）。结论:1.艾灸足三里穴和干姜均可促进大鼠胃组织能量代谢,增加胃组织的能量储存,具有补脾阳作用。艾灸关元穴和仙茅均可促进大鼠肾脏能量代谢,增加肾脏能量储存,具有补肾阳作用。2.在本实验条件下,艾灸足三里穴组和艾灸关元穴对线粒体代谢速率没有明显的影响,中药高剂量组则抑制线粒体代谢速率,它们可能主要通过增加线粒体数量来促进能量代谢。中药中剂量组和低剂量组可能通过增加线粒体代谢速率和线粒体数量两方面来促进大鼠能量代谢。3.在补脾阳方面,艾灸足三里穴可能主要通过调控甘油磷酸酯代谢、鞘脂代谢和谷胱甘肽代谢,促进机体的能量代谢;干姜可能主要通过精氨酸的生物合成、花生四烯酸代谢、甘油磷酸酯代谢、视黄醇代谢等途径促进机体的能量代谢。在补肾阳方面,艾灸关元穴可能主要通过调控TCA循环、鞘脂类代谢、磷酸戊糖代谢和嘌呤代谢,促进机体能量的代谢;仙茅可能主要通过视黄醇代谢和TCA循环代谢等促进能量代谢。
钟卓珩[4]（2021）在《UVB诱导长春花及白桑次生代谢激活及调控的系统生物学研究》文中认为药用植物次生代谢产物是创新药物的重要来源。长春花中的吲哚生物碱与白桑中的异戊烯基化合物均具良好的生物活性,吲哚生物碱及其衍生物广泛用于肿瘤的临床治疗领域;但这些化合物在天然植株中的含量偏低,化学合成难度大,严重阻碍了大规模开发应用。前期研究表明,紫外线B（Ultraviolet B,UVB）辐射作为一种诱导因子,与暗培养手段结合,能引起长春花和白桑体内次生代谢物合成关键酶的响应并相应提升吲哚生物碱与Diels-Alder型加合物及其前体的含量,增加其药用价值,但UVB辐射下涉及的次生代谢激活及调控机制,如在信号转导、能量产生等方面,仍不清楚。本论文基于系统生物学研究思路,整合蛋白质组学、代谢组学、分子生物学等手段,对长春花及白桑响应UVB辐射的分子机理进行了探究,为阐明药用植物中活性成分生物合成机制奠定了基础,主要内容和结果如下:（1）UVB辐射下长春花磷酸化信号通路及初生代谢变化研究为探究UVB辐射下长春花叶片的响应,开展了ATP含量测定、磷酸化蛋白质组学分析、GC-MS代谢组学分析及Western-Blotting实验。结果表明,在UVB辐射下,叶片中ATP含量显着上升;磷酸化蛋白质组学分析鉴定了242个变化的磷酸化蛋白,这些磷酸化蛋白主要与蛋白质合成、修饰、降解及信号传递、转导相关,其中钙调蛋白、钙离子依赖型蛋白激酶、热激蛋白含量显着增加;GCMS代谢组学分析鉴定了110个变化的代谢物,主要属于糖类、有机酸类、氨基酸类、醇类,其中戊糖类、芳香族氨基酸类、苯丙素类代谢物显着增加;整合组学数据与Western-Blotting结果发现,糖酵解与活性氧清除系统相关途径显着变化。这些结果说明,UVB辐射对植物造成了氧化胁迫,并激活了钙离子依赖型的蛋白磷酸化/去磷酸化修饰。一方面,糖酵解途径蛋白精准调控,三羧酸循环上调,促进了ATP生成,为次生代谢中的合成反应提供能量;另一方面,氧化还原反应相关的蛋白上调,并参与催化部分次生代谢中的反应,进一步促进次生代谢物积累。（2）UVB辐射下长春花能量调控及次生代谢物积累研究为进一步探究UVB辐射下长春花叶片中线粒体对能量调控的作用及与次生代谢的联系,开展了线粒体酶活抑制实验、亚细胞器蛋白质组学分析、LC-MS靶向/非靶向代谢组学分析及q RT-PCR实验。线粒体酶活抑制实验表明,线粒体ATP合酶的抑制阻止了UVB辐射下ATP含量的上升。亚细胞器蛋白质组学分析鉴定了1051个线粒体相关蛋白质,其中线粒体呼吸链复合体I蛋白含量减少,复合体II、复合体IV蛋白含量增加;甲基赤藓糖磷酸（MEP）途径蛋白含量增加,香叶基焦磷酸（GPP）合酶含量增加,GPP还原酶含量降低;q RT-PCR实验证实这些蛋白对应基因的m RNA水平变化与蛋白变化趋势一致。LC-MS代谢组学分析鉴定了126个变化代谢物,主要包括生物碱类、有机酸类、糖类、苯丙素类、脂肪酸类,其中8个吲哚类生物碱含量显着增加。整合多组学数据分析发现,部分氨基酸代谢水平下降,色氨酸合成水平上升。这些结果说明,线粒体参与了UVB辐射反应的调控,一方面,不同复合体的响应保持了高ATP供应,MEP途径激活,GPP合酶含量增加,推动了GPP到单萜类骨架的转化,促进了吲哚生物碱单萜类前体的积累。另一方面,线粒体中部分氨基酸代谢水平下降,调控氮流参与色氨酸合成,促进吲哚生物碱另一前体积累。（3）UVB辐射结合不同时长暗培养下白桑调控机制研究为探究药用植物UVB辐射下调控机制存在的共性与特点,以白桑为例,开展了UVB辐射下白桑蛋白质组学分析、代谢物指纹图谱差异分析、体外抗氧化活力测定、化合物含量测定及q RT-PCR实验,分析了UVB辐射后暗培养不同阶段下及未处理植株不同组织部位间的差异。在未处理的白桑中,根部Diels-Alder型加合物及其前体含量显着高于其他部位,桑黄酮H、桑根皮素、chalcomoracin在根部的含量是其他部位的10倍以上。在UVB辐射处理后暗培养阶段,叶片中chalcomoracin等5个Diels-Alder型加合物及其前体含量显着增加;在暗培养30h下蛋白变化最为显着,有253个蛋白发生了变化,涉及黄酮类合成的查尔酮合酶、二氢黄酮醇-4-还原酶、柚皮素-2-酮戊二酸双加氧酶、苯香豆素苄基醚还原酶都有所增加。与长春花类似,UVB辐射下白桑内MEP途径激活,该途径中3个负责催化终产物异戊烯基单体合成的蛋白增加,使异戊烯基单体大量合成,促进了MEP途径下游以之为底物的反应,导致异戊烯基类化合物积累。由于白桑次生代谢途径仍未阐明,推测芳香类异戊烯基转移酶（Aromatic PT）催化的异戊烯基转移参与了Diels-Alder型加合物及其前体合成的调控。（4）白桑叶片UVB辐射下异戊烯基转移酶的功能研究为进一步研究白桑体内异戊烯基的转移机制,对白桑新型Aromatic PT展开研究。经过BLAST比对筛选、基因克隆、载体构建、体外酵母/烟草表达及功能验证实验,发现一条编码新型Aromatic PT的转录本,在UVB辐射后暗培养阶段RPKM值增加,能够催化GPP到氧化白藜芦醇的转移,命名为Ma OGT。通过生化性质测定及亚细胞定位实验,证实Ma OGT具有Aromatic PT的典型特征,拥有富含天冬氨酸的保守功能域,且定位于细胞质体。Ma OGT是首个接受GPP为异戊烯基供体的芪类PT,它的发现丰富了桑科Aromatic PT的信息,并为桑科更多未知Aromatic PT的深入挖掘提供参考。本论文通过对两种药用植物在UVB辐射下调控机制的共性与特点展开研究,阐明其在UVB辐射下分子响应及调控机制,揭示了MEP途径异戊烯基骨架合成及转移对下游物种特异性次生代谢途径激活的重要意义,对调控MEP途径活性成分的生物合成奠定了基础。
高知枭[5]（2020）在《SsNSRV-1基因功能及其与核盘菌互作机制研究》文中认为核盘菌是一种典型的死体营养型植物病原真菌,在世界范围都有广泛分布,可侵染包括油菜、大豆、向日葵等重要经济作物在内的729种植物,造成严重的经济损失。真菌病毒是感染真菌的病毒,在核盘菌中广泛存在,其中一些真菌病毒会导致核盘菌致病力衰退,甚至丧失致病力,具有控制作物菌核病的潜力。实验室前期从弱毒菌株AH98中分离鉴定出与核盘菌致病力衰退相关的单股负链RNA病毒Sclerotinia sclerotiorum negative-stranded RNA virus 1（Ss NSRV-1）,研究表明该病毒基因组上线性分布有6个非重叠的ORF（ORF I-VI）,分别编码P1、P2（N蛋白）、P3、P4、P5（L蛋白）和P6蛋白,这些ORF的具体功能及其对核盘菌的影响并不清楚;同时,发现菌株AH98可能被多种病毒复合侵染,但并不明确这些病毒的分子特性。本研究以菌株AH98及前期获得的Ss NSRV-1基因ORF I、ORF II、ORF III、ORF IV和ORF VI的核盘菌1980菌株超表达转化子为研究材料,通过高通量测序明确了菌株AH98携带的病毒种类及分子特性;基于生物信息学分析预测了Ss NSRV-1各个ORF的结构和功能;结合转录组和代谢组分析,揭示了Ss NSRV-1各个ORF对核盘菌的影响,初步探究了Ss NSRV-1导致核盘菌出现弱毒特性的分子机理,揭示了Ss NSRV-1与核盘菌互作的分子网络。取得的具体研究结果如下:通过高通量测序明确了菌株AH98中携带6种真菌病毒,包括2种-ss RNA病毒,即Ss NSRV-1与Ss NSRV-5X;4种+ss RNA病毒,分别命名为Bc HV1/AH98、Ss MV30/AH98、Ss MV7-A/AH98和Ss DFV2/AH98。Ss NSRV-5X全长为9993 nt,5’端没有帽子结构,3’端也没有poly A序列,5’-UTR为420 nt,3’-UTR为168 nt。预测编码4个不重叠的ORF（ORF I-ORF VI）,在基因组上线性排列。其中,ORF III最大（nt 2672-8553）,编码的L蛋白含有1952个氨基酸（AA）,含有Mononegaviruses中非常保守的Mononeg＿m RNA＿pol及Mononeg＿m RNAcap结构域。序列分析和系统发育分析表明Ss NSRV-5X属于Mymonaviridae科病毒,但序列特征又与该科现有的病毒有所差异,其L蛋白与Ss NSRV-1的相比,一致性只有17.96%,属于真菌单股负义链RNA病毒科中的一个新的成员,它与另外一种还未报道的病毒（Bc NSRV-7）可能代表一个新的属。Bc HV1/AH98长度为10223 bp,编码的Rd Rp与Bc HV1（Nc＿037659.1）的Rd Rp序列（QBA69887.1）Query Cover达到100%,一致性高达98.82%。系统发育分析表明Bc HV1/AH98应当归类为Hypoviridae科Betahypovirus属,与已报道的Bc HV1（NC＿037659.1）属于同一种病毒的不同株系。实验室前期研究中,发现ORF I、ORF II和ORF III超表达转化子转录的m RNA均发生了不同程度的剪切;而超表达ORF IV和ORF VI的转化子中,病毒基因正常表达,不被剪切。本研究采用宏转录组测序分析进一步确认了这种现象,并发现剪切的起始位点富含GT（GC）,终止位点富含AG,属于真核生物内含子剪切位点的特征序列。而且发现ORF III在禾谷镰孢菌和稻瘟菌中超表达,其转录产物也可以被被剪切;表明真菌可以特异性识别病毒的某些基因,而且这种识别和剪切在真菌中可能普遍存在,可能是一种抗病毒机制。另外,ORF II在AH98和超表达转化子中均具有两个符合正态分布的转录峰,但是与前期检测到N蛋白的两种形式（P41和P43）并不对应,表明ORF II可能还编码其他蛋白。利用生物信息学软件分析了Ss NSRV-1中5个ORF所编码蛋白的保守结构域、亚细胞定位、结构特征及其可能的互作位点;并利用转录组测序技术对病毒5个ORF超表达转化子的总RNA分别进行了宏转录组测序,初步分析了病毒各ORF对核盘菌的影响,并根据这些结果推测病毒基因在Ss NSRV-1与核盘菌互作过程中的功能,推定出Ss NSRV-1导致核盘菌出现弱毒特性的分子机理。发现病毒ORF I编码的蛋白P1具有负链病毒N蛋白的结构特征,与核蛋白同源的可能性高达82.52%,参与Ss NSRV-1病毒粒子的形成,起转录调控的作用。ORF I的超量表达影响了寄主部分与致病、转录、跨膜运输、蛋白质生物合成及修饰、代谢过程等相关基因的表达,导致转化子的生长速度和致病力降低。病毒ORF II编码Ss NSRV-1的N蛋白,主要影响了核糖体和细胞核相关基因的表达,调控了寄主与致病、转录、跨膜运输、代谢过程等相关基因的表达,可能使转化子的生长速度和致病力降低。病毒ORF III编码的P3蛋白在结构上与负链病毒糖蛋白具有一定的同源性,可能具有肽链内切酶的活性,主要影响了核盘菌核糖体、蛋白酶体及DNA复制和修复相关基因的表达,并调控了蛋白质的翻译和代谢过程。病毒ORF IV编码的P4蛋白在寄主体内起转录调控的作用,主要影响了核盘菌与转录调控、氧化还原、跨膜运输、代谢过程等相关基因的表达,通过调控线粒体、r RNA及核糖体相关基因严重影响了能量和代谢过程,可能通过这些方式使得ORF IV超表达转化子表现衰退特性。ORF VI编码的P6蛋白可能是核孔蛋白复合物,参与核质转运过程,同时还可能作为转录调控因子发挥重要的作用。ORF VI的超量表达主要影响了核盘菌与转录调控、跨膜运输、代谢过程等相关的基因的表达,可以部分调控核盘菌与r RNA相关及核糖体相关的基因,严重影响了碳水化合物和核苷酸代谢过程。本研究通过代谢组分析了Ss NSRV-1的ORF I、ORF II、ORF III、ORF IV和ORF VI在核盘菌1980中超表达后核盘菌产生的差异代谢物,并初步鉴定了病毒各ORF导致核盘菌变化最显着的物质,分析了这些物质可能参与的途径。结果表明ORF I、ORF II和ORF III的表达（在核盘菌中超表达后被剪切）对核盘菌代谢影响较大,产生的差异代谢物有较大的相似性,超表达后核盘菌的标志代谢物为酮类物质（显着下调）和酰胺类物质（显着上调）;ORF IV和ORF VI对核盘菌代谢影响影响相对较少,ORF IV超表达后核盘菌的标志代谢物为酰胺类和磷脂类物质（显着下调）,ORF VI超表达后核盘菌的标志代谢物为磷脂类物质（显着上调）。病毒的ORF I、ORF II和ORF III超表达后核盘菌中共有差异代谢物有253个,主要参与苯丙氨酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成、核黄素代谢、磷酸戊糖途径、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成、类固醇生物合成和色氨酸代谢等途径。病毒的ORF IV超表达后有76个差异代谢物,参与甾醇类物质生物合成,半胱氨酸生物合成/同型半胱氨酸降解（反式硫化）等途径。病毒ORF VI超表达后核盘菌有50个差异代谢物,参与多巴胺降解、生物素羧基载体蛋白组装、脂肪酸生物合成起始、尿嘧啶降解和棕榈酸生物合成等通路。本研究发现菌株AH98中除感染Ss NSRV-1之外,还感染了5种病毒,其中Ss NSRV-5X可能代表真菌单股负链RNA病毒科一个新的属;发现在转病毒基因转化子中核盘菌利用内含子剪切机制对病毒基因的m RNA进行剪切,预示真菌中存在一种未知的抗病毒机制。同时,利用生物信息学分析预测了Ss NSRV-1各个ORF的结构和功能,并结合转录组和代谢组分析从整体水平解析了Ss NSRV-1导致核盘菌弱毒的机制。上述结果为研究负链RNA病毒多样性,单股负义链RNA病毒与寄主互作及菌核病控制提供了新的思路和材料。
和书航,陈路路,秦亮,戴晓艳,邱凯笛,陈涤凡,王晓东[6]（2021）在《糖尿病肾病蛋白质组学研究进展》文中提出糖尿病肾病（diabetic kidney disease, DKD）是糖尿病的主要并发症之一,严重威胁人类健康与生命.截至目前, DKD的致病机制尚未阐释清楚,且临床常用诊断方法的灵敏性和准确性并不十分理想,从而导致DKD确诊后治疗方案的确定比一般性肾脏疾病更为棘手.蛋白质作为生命活动的主要承担者与体现者,直接参与和调控各种生命过程.从蛋白质组学水平开展DKD研究,能够从整体、动态、互作网络等视角探究该疾病相关分子机制.针对不同生理病理条件下的DKD临床样本开展蛋白质组学研究,可全面探查与DKD显着相关的关键蛋白质;通过对这些蛋白质进行深入分析和验证,能够更直观地理解DKD发生发展的分子机制,并获得DKD进程相关候选标志物和后续疾病的潜在治疗靶点,为DKD的早期诊断和治疗新方法的探究奠定基础.近年来,随着蛋白质组学技术的不断发展,在蛋白质分离、质谱鉴定、生物信息学分析等蛋白质组学核心技术基础上衍生出了许多新兴技术,进一步推动了蛋白质组学在疾病生物标志物筛选、致病分子机制揭示、药物作用蛋白质靶点等研究中的应用.本文基于蛋白质组学研究技术,主要从DKD致病机制研究、早期诊断潜在生物标志物筛选、治疗靶点及效果评估三个方面对蛋白质组学在DKD研究中的应用进展进行了系统性综述.尽管蛋白质组学在DKD研究中取得了长足的进步,但仍具有较大的发展空间,特别是现已识别的大量潜在DKD分子标志物的相关性分析、药物蛋白质作用靶点临床验证与应用将是DKD未来研究的重点.
戴诗雨[7]（2020）在《病毒样颗粒抗原及克里米亚刚果出血热病毒Gn/Gc宿主相互作用组的研究》文中提出病毒样颗粒（Virus-Like Particle,VLP）是由一个或多个病毒结构蛋白组装形成的颗粒状结构,与天然病毒粒子形态、抗原性相似。VLP缺失病毒的遗传物质,没有复制和感染能力。VLP的免疫原性良好,研制快速,制备成本较低并且安全,在应对新发、突发病毒疾病的疫苗研制中具有独特优势。杆状病毒表达系统是常用的真核表达系统之一,广泛应用于蛋白功能研究,抗原及疫苗制备。我们利用杆状病毒表达系统构建了几种危害人类健康的病毒VLPs,并初步探究了其作为候选疫苗的免疫原性。寨卡病毒（Zika virus,ZIKV）是蚊传黄病毒,近年发现其感染与新生儿小头畸形有关,且能引起格林-巴利综合征等神经系统疾病。目前,对于ZIKV引起的疾病,尚无有效的疫苗和特异性治疗药物,ZIKV严重危害人类健康。我们利用杆状病毒表达系统,构建了表达ZIKV pr ME蛋白的重组病毒。经蔗糖密度梯度离心,从感染的昆虫细胞中纯化得到由ZIKV pr M蛋白和E蛋白自组装形成的ZIKV VLPs。以ZIKV pr ME VLPs免疫小鼠能够诱导小鼠产生中和抗体,及ZIKV特异的体液和细胞免疫反应,表现出良好的免疫原性,为以VLP为基础的ZIKV疫苗研发奠定了基础。我们也构建了表达ZIKV囊膜蛋白E的重组病毒,结果显示在昆虫细胞中囊膜蛋白E可以不依赖于pr M蛋白共表达组装成与ZIKV病毒粒子形态类似的VLP,并且释放到胞外。E蛋白保留膜融合活性,可以诱导合胞体形成,这一现象同样适用于包括日本脑炎病毒、登革热病毒和蜱传脑炎病毒在内的黄病毒。基于杆状病毒表达黄病毒囊膜蛋白E诱导合胞体形成的现象,我们还建立了靶向黄病毒E蛋白的抗病毒药物筛选平台。脊髓灰质炎病毒（Poliovirus,PV）是脊髓灰质炎（简称脊灰）的病原体。目前脊灰没有特异治疗方法,只能通过接种疫苗来预防。目前世界上普遍使用的脊灰疫苗有两种,即口服脊髓灰质炎减毒活疫苗（OPV）和灭活脊髓灰质炎疫苗（IPV）。自从1988年世界卫生组织（WHO）发起全球消灭脊灰行动以来,世界各国大力推广OPV的使用,2015年和2019年,WHO先后宣布Ⅱ型和Ⅲ型脊灰野病毒的消灭。在根除脊灰的最后阶段,OPV和IPV都不可避免存在安全性问题,面临着免疫策略调整的挑战,在无PV的环境下生产疫苗更安全可靠。我们利用杆状病毒表达系统共表达PV的P1和3CD蛋白,P1前体可以被3CD蛋白酶成功剪切成衣壳蛋白VP0、VP1和VP3,经过蔗糖密度梯度离心结合氯化铯密度梯度离心可以纯化出PV VLPs,与天然PV病毒颗粒的形态、大小相似。克里米亚刚果出血热病毒（Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus,CCHFV）是一种高致病性病毒,可以导致克里米亚刚果出血热,一种以出血为典型特征的蜱媒自然疫源性疾病。CCHFV感染能引起人发热、出血以及多器官的功能衰竭,进而导致死亡,致死率高达30%-50%,没有有效的抗CCHFV的药物和疫苗,CCHFV是人类健康的潜在威胁。在我国病毒分类目录中,CCHFV属于第一类危害程度的病毒;在国外,CCHFV是生物安全4级的病毒。CCHFV在体外通过细胞培养进行病毒的分离和扩增较困难,极大限制了CCHFV的研究进展。我们构建重组病毒在昆虫细胞中共表达CCHFV的膜蛋白和核衣壳蛋白,或者单独表达膜蛋白。通过蔗糖密度梯度离心,成功从感染的细胞中制备出CCHFV VLPs。CCHFV病毒粒子表面是膜蛋白Gn和Gc,为了形成感染性病毒粒子,膜蛋白前体在细胞内经过复杂的剪切、加工和定位从而形成结构蛋白Gn和Gc,非结构蛋白GP160,GP85,GP38和NSm。在整个生命周期中CCHFV膜蛋白Gn和Gc在病毒入侵、膜融合、致病性、宿主选择和免疫逃逸等方面有重要作用。对CCHFV膜蛋白Gn和Gc宿主互作蛋白的研究,探索CCHFV与宿主的相互作用有利于了解CCHFV的分子生物学,找到病毒感染的关键宿主因子。为了研究CCHFV膜蛋白Gn/Gc与宿主的相互作用,我们首先制备了CCHFV膜蛋白Gn/Gc的单克隆抗体。以原核表达的Gn/Gc胞外区作为免疫原免疫小鼠,通过有限稀释法,以真核表达的Gn/Gc蛋白作为检测抗原,经ELISA方法初筛融合上清,结合蛋白免疫印迹分析和细胞免疫荧光检测。经过综合评定和比较,筛选出8株Gn单克隆化的杂交瘤细胞和10株Gc单克隆化的杂交瘤细胞。分别以不同截短形式的Gn/Gc原核表达蛋白为抗原,对融合上清的识别区段进行鉴定,最终鉴定出2株Gn单克隆抗体和1株Gc单克隆抗体及其识别的抗原表位。为了探索膜蛋白Gn/Gc的宿主互作蛋白,我们以带有Twin-strep标签的Gn或Gc作为诱饵蛋白,对样品进行细胞亲和纯化-质谱（AP-MS）鉴定。共鉴定出45个Gn或Gc相关宿主蛋白,结合生物信息学深入挖掘和分析,并通过免疫荧光等方法对质谱结果有效性进行验证。综上所述,我们利用杆状病毒表达系统成功构建了ZIKV VLPs,PV VLPs和CCHFV VLPs。对ZIKV VLPs免疫原性的初步探索表明其有良好的免疫原性,有希望成为ZIKV候选疫苗。基于杆状病毒表达的黄病毒E蛋白诱导合胞体的现象,建立了针对黄病毒E蛋白的抗病毒药物筛选平台。筛选出2株CCHFV Gn单克隆抗体和1株Gc单克隆抗体。并通过蛋白质组学和生物信息学鉴定分析了CCHFV膜蛋白Gn/Gc的宿主互作蛋白,可以促进全面地了解膜蛋白Gn/Gc与宿主的关系,对认识CCHFV感染相关过程,后续功能分析及药物靶点设计具有重要指导意义。
刘伟[8]（2020）在《梯棱羊肚菌生长发育过程及羊肚菌属的组学研究》文中研究表明羊肚菌（Morchella spp.）是一类名贵的珍稀食用菌,风味独特,享誉全球,但仅在每年的特定季节发生,羊肚菌的驯化栽培一直是全球蘑菇爱好者追寻的工作。在广大科研工作者和羊肚菌爱好者的不懈努力下,我国羊肚菌大田栽培技术近年来取得了长足进展,栽培区域和栽培面积得以迅速扩大。羊肚菌的极性、生活史、生长发育、营养代谢等基础生物学研究薄弱,育种技术、菌种质量控制技术和栽培管理技术尚不完全成熟,每年有约70%的栽培者无法稳定盈利,极大地限制了羊肚菌产业稳健发展。本课题紧扣当今羊肚菌产业面临的基础生物学问题,借助于现代分子生物学和组学手段,对梯棱羊肚菌生活史、生长发育过程和羊肚菌属主要的分支物种进行组学研究。1. 对可栽培的梯棱羊肚菌（M.importuna）（F0）进行了单孢群体的制备（F1）,随机选择7个单孢菌株进行单独和两两混合（10组）的栽培出菇试验,结果发现其中6个单孢菌株和所有的两两组合均能正常出菇;为进一步研究单孢出菇的现象,从每个出菇试验形成的子囊果（F2）中随机选择2个,并就两个单孢出菇的F2子囊果进行F3单孢群体的制备,借助交配型基因特异性引物对F0、F1、F2、F3的基因型进行判别,结果表明,虽然拥有单个交配型基因型的单孢菌株可以正常出菇,但它们的后代中均多出了相反的交配型基因型,推测这是栽培过程中“无性孢子”传播和“交配”所导致;以M04M24和M04M26两个不同交配型的单孢菌株为材料,进行深度的基因组de novo测序、组装和功能注释,获得了梯棱羊肚菌的参考基因组;从全基因组、基因结构和差异基因的功能等方面,分析代表着两种交配型菌株之间的差异,结果表明它们在基因序列、交配型基因结构和特有基因的功能上具有差异性和互补性,表明两个不同交配型的单孢之间相互配合是完成有性生活史所必需的。梯棱羊肚菌是一种异宗结合生活史真菌。2. 在获得参考基因组数据的基础上,采用转录组学、蛋白组学的分析方法,对梯棱羊肚菌生活史中营养生长和生殖生长过程中的主要阶段（幼嫩菌丝、白色菌核、成熟菌核、原基、幼菇和成熟子囊果）进行分析。转录组分析表明,在上述6个阶段中97.55%的基因表达,有性生殖3个阶段表达的基因数量明显多于3个营养生长阶段,成熟子囊果阶段表达的基因数量最多,这与有性子实体形成过程中复杂的形态建成和内在的生理代谢相匹配;在p<0.001的极显着水平和log2>1的标准下,共鉴定到6421个差异表达基因,按照表达模式进行了功能富集分析;阶段特异性基因分析显示,一些在生殖生长阶段特异存在的高表达基因可能直接参与了羊肚菌子囊果的生长发育;对梯陵羊肚菌整个生长发育过程中的转录调控进行了分析,基因组中87.2%（257个）的转录因子在这6个阶段差异表达,一些被注释为STE11、Cnj B、APSES、forkhead、MYB、Zn（II）2Cys6的转录因子可能直接参与着羊肚菌子实体或菌核的发育调控。3. 对梯棱羊肚菌幼嫩菌丝、白色菌核、成熟菌核、幼菇和成熟子囊果5个阶段进行了深度的LC-MS/MS质谱分析,并采用label-free相对定量方法进行了差异蛋白组分析。总鉴定到2060个可信蛋白,其中营养生长阶段有1935个,多于生殖生长阶段的1622个,两个阶段特有蛋白分别为437和124个;随着生长发育过程的延续,差异蛋白数量持续增加;功能分析显示,持续下调的蛋白主要富集为三大基础代谢,上调表达的蛋白也分别对应于阶段性的生理表型;除凝集素（11.07%）和延伸因子1α（2.72%）蛋白高丰富表达外,伏鲁宁体蛋白也高丰度表达,占总蛋白丰度的3.75%,暗示它可能在羊肚菌生长发育中扮演着某种特殊作用。qRT-PCR检测显示,这些高丰富蛋白在mRNA和蛋白水平上具有较强的一致性。4. 对羊肚菌属主要分支的17典型种和钟菌属（Verpa）1个种进行了基因组深度测序和de novo组装。结果显示,18个种的基因组平均大小在56.37Mb,平均contig数量和N50分别为96个和1.3Mb;平均预测到11150个编码蛋白,平均95.75%的基因可以被注释出来,平均有99.26%的保守基因可以被预测到。5. 对羊肚菌17个种和1个钟菌种的线粒体基因组进行了拼接和注释分析。结果显示,它们均为环状的双链DNA结构,显示出与其他物种明显不同的特征,表现在以下4个方面:1)它们是目前所有真菌中最大的,大小从244kb到569kb不等,GC%含量在39.95%-47.15%之间;2)不同物种拥有数量不等的内含子,内含子序列总长度在98.34kb-237.36kb之间,占基因组全序列的36.07%-70.73%,这是供试菌株线粒体基因组增大的一个主要原因;3)线粒体基因组中隐匿着大量的非保守ORF（nc ORF）,从152个到499个不等,nc ORF序列长度占基因组的比例从25.74%-50.71%不等;4)存在着大量的散在重复序列,重复单元数量从333个到770个不等,重复序列占基因组的比例在15.00%-51.31%之间。线粒体基因组结构特征的区分整体与羊肚菌属的分类相对应,暗含着它们在进化上的独立性和特殊性。6. 借助于全基因组数据,对羊肚菌属进行系统发育分析。采用全基因组的保守蛋白、分化时间、线粒体保守蛋白和线粒体全序列等进行的进化分析结果均表明,羊肚菌属整体上分为两大类群,而不是基于多基因系统发育分析所说的三类群（Elata、Esculenta和Rufobrunnea clade）;本文的分析结果表明,Rufobrunnea clade的代表种红褐羊肚菌（M.rufobrunnea）和Esculenta clade虽然有一定的进化距离,但仍划归在一个独立的分支下,称之为黄色羊肚菌类群（Yellow clade）,平行于黑色羊肚菌类群（Black clade）,两大类群的分歧时间在102.71MYA。7. 线粒体基因组和保守ORF的共线性分析显示,虽然经历着快速的进化,但相近进化类群间的共线性较高,不存在明显的基因重排现象,这表明它们应起源于一个共同的祖先,在进化中主要是内含子区域和基因间隔区域未知来源的重复序列插入,最终形成了增大了的线粒体基因组;nc ORF的起源仍然是一个谜,基于45.57%的nc ORF可以被注释为HGEs、平均有60.24%的nc ORF处于活跃表达状态、重复序列的高GC%含量对应着核基因的CDS高GC%含量、线粒体基因组和核基因组没有共线性的事实,推测线粒体基因组中的重复序列最有可能是通过通过“剪切-插入”的方式,从核基因组转移到线粒体基因组。而线粒体基因组中的大量ncORF的功能还有待进一步研究。
方圆[9]（2020）在《职业性噪声暴露致线粒体损伤及其与心血管系统异常的关联研究》文中研究说明目的目前,流行病学研究表明,职业噪声暴露会导致高血压、冠心病、中风等心血管疾病的发病率的增加,但是大部分都是横断面的调查,而且结果仍存在争议,并且分子生物学机制仍不清楚。本学位论文拟在职业人群中研究噪声暴露对工人血压、线粒体DNA（mtDNA）拷贝数及线粒体分裂和融合蛋白表达的影响及其影响因素,并在动物实验中进一步验证噪声对心血管系统的影响以及对线粒体损伤的效应。方法在人群研究中,于2018年选取浙江省某纺织厂作业工人249名作为研究对象,根据其参加本次研究时的噪声暴露工龄将对象分为<1y组,1-4y组和≥4y组,各组分别有76人、97人和76人。采用自行设计的调查问卷收集研究对象的一般人口学信息和职业相关信息。对研究对象的血压水平和高血压患病率进行比较,并对有差异的指标进一步分析,建立回归模型分析其影响因素。采集人群EDTA抗凝外周静脉血后,提取外周血基因组DNA,使用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测mtDNA拷贝数水平,比较<1y组,1-4y组和≥4y组三组研究对象之间的mtDNA拷贝数水平,建立回归模型分析其影响因素。于2019年对2018年所有研究对象进一步追踪调查,噪声与血压和高血压患病率以及mtDNA拷贝数的关系研究步骤和方法同2018年。采用酶联免疫法检测2018年暴露人群外周血血浆中线粒体融合蛋白和分裂蛋白表达水平,比较2018年<1y组,1-4y组和≥4y组其表达水平差异并分析其影响因素。在动物实验中,将6-8周龄约200g/只成年雄性SD大鼠40只随机分成4组,分别为对照组,55dB组,85dB组和103dB组,每组10只,分为两笼,每笼5只。所有的实验大鼠给予正常的食物和水及光照。对照组不予以处理,使用爱华噪声发声仪发出4kHz的正弦波信号,噪声强度分别为55dB、85dB、103dB,将对应组别的实验大鼠分别在该噪声环境中暴露2小时每天。于15d和30d分别处死各组5只大鼠并收集外周血和心肌组织。分离外周血血浆检测血脂水平和血管紧张素Ⅱ水平,提取心肌组织和外周血基因组DNA、RNA检测mtDNA拷贝数和线粒体分裂融合基因（MFN2、OPA1、DRP1、FIS1）mRNA表达水平,检测心肌组织中线粒体分裂、融合蛋白表达水平。结果人群研究中,2018年,<1y组,1-4y组和≥4y组研究对象的年龄分别是36.00（12.00）、37.00（12.00）、43.00（7.00）岁,三组年龄存在显着差异（P<0.001）。三组研究对象接受高中及以上的教育的工人分别占38.10%、47.62%、14.29%,三组的教育程度分布存在显着差异（P<0.05）。BMI、性别、吸烟、饮酒、工作模式、耳塞佩戴在三组间的分布均无显着性差异（P>0.05）。<1y组,1-4y组,≥4y组研究对象的血压分别是 122.00（19.00）/74.00（12.00）mmHg、121.00（16.00）/75.00（13.00）mmHg和131.00（19.00）/77.00（13.00）mmHg,三组之间SBP水平存在统计学差异,≥4y组研究对象的的SBP显着高于<1y组（P<0.05）,而DBP变化无显着差异。回归分析结果显示SBP水平的变化与研究对象的年龄、性别和BMI显着相关而与噪声暴露无显着相关。2019年,<1y组,1-4y组,≥4y组研究对象的血压水平分别是122.50（15.00）/78.50（11.00）mmHg、123.00（18.00）/78.00（12.00）mmHg 和 127.50（18.00）/81.00（14.00）mmHg,三组间 SBP/DBP 变化无统计学差异（P>0.05）。2018年<1y组,1-4y组,≥4y组的高血压患病率分别是13.16%、17.53%和21.05%,三组研究对象的高血压患病率差异无统计学意义（P>0.05）;2019年三组研究对象的高血压患病率分别是14.47%、15.46%和30.26%,高血压患病率随着工龄的升高呈显着上升趋势（P<0.05）,≥4y组的高血压患病率显着高于<1y组和1-4y组（P<0.01）。mtDNA拷贝数检测结果显示,2018年<1y组、1-4y组和≥4y组研究对象的外周血基因组COX1和ND1 mtDNA拷贝数均存在显着差异,1-4y组和≥4y组研究对象的mtDNA拷贝数较<1y组显着降低（P<0.01）。而2019年<1y组、1-4y组和≥4y组研究对象的COX1与ND1 mtDNA拷贝数均无显着性差异（P>0.05）。回归分析显示,2018年拷贝数的下降与噪声的暴露分组有关,≥4y组的mtDNA拷贝数显着低于<1y组。与2018年相比较,<1y组,1-4y组研究对象2019年的COX1和ND1mtDNA拷贝数下降均具有统计学意义（P<0.001）,而≥4y组研究对象2019年mtDNA拷贝数与2018年无显着差异（P>0.05）。线粒体分裂和融合蛋白表达检测结果显示,2018年<1y组,1-4y组研究对象血浆中的FIS1蛋白表达水平分别是1.50（1.75）、1.42（3.04）、1.19（1.54）ng/mL,MFN2 蛋白表达水平分别是 2.98（1.60）、2.84（1.14）、3.39（1.68）ng/mL。三组之间FIS1的表达水平无显着差异（P>0.05）,而MFN2的表达水平有显着差异,≥4y组MFN2的表达水平显着高于1-4y组（P<0.05）。在动物实验中,噪声暴露15d后,对照组、55dB组、85dB组和103dB组大鼠的外周血血浆中的血管紧张素Ⅱ（AngⅡ）水平无显着差异;噪声暴露30d后,四组大鼠血浆中AngⅡ水平存在显着差异,85dB组和103dB组大鼠外周血血浆中的AngⅡ水平均显着高于对照组（P<0.01）。噪声暴露15d对大鼠外周血血脂水平无显着影响,但噪声暴露30d后,各组间低密度脂蛋白（LDL）水平具有显着差异,与对照组相比,85dB组的低密度脂蛋白水平显着升高（P<0.05）。组织病理学检查显示,85dB组与103dB组大鼠的心肌纤维较对照组大鼠有肿胀发生,心肌纤维存在扭曲变形。透射电子显微镜下观察发现线粒体超微结构发现噪声暴露组线粒体膜肿胀破裂,内室空化,嵴断裂。检测线粒体功能发现,噪声暴露15d后,对照组、55dB组、85dB组和103dB组大鼠的心肌组织线粒体膜电位无显着差异（P>0.05）;而噪声暴露30d后,四组大鼠线粒体膜电位存在显着差异,与对照组相比,85dB组和103dB组的线粒体膜电位下降,差异具有统计学意义（P<0.05）。mtDNA拷贝数检测发现,噪声暴露15d后,无论是心肌组织DNA还是外周血基因组DNA,对照组、55dB组、85dB组和103dB组大鼠的COX1和ND1mtDNA拷贝数均存在显着差异（P<0.05）,与对照组比较,85dB组和103dB组mtDNA拷贝数显着下降（P<0.05）。而噪声暴露30d后,无论是心肌组织DNA还是外周血基因组DNA,对照组、55dB组、85dB组和103dB组之间COX1和ND1 mtDNA的拷贝数差异均无统计学意义（P>0.05）。在心肌组织中,噪声暴露15d后,对照组和噪声暴露组大鼠的分裂融合基因（MFN2、OPA1、DRP1、FIS1）mRNA表达水平的差异均具有显着性意义（P<0.05）,其中85dB组和103dB组大鼠的MFN2、OPA1、和DRP1 mRNA水平显着高于对照组,103dB组大鼠的FIS1 mRNA表达水平显着高于对照组（P<0.05）。噪声暴露30d后,对照组、55dB组、85dB组和103dB组四组大鼠心肌组织MFN2、OPA1和DRP1 mRNA表达水平变化无显着差异（P>0.05）,而DRP1 mRNA表达水平存在显着差异,与对照组相比,55dB组、85dB组和103dB组大鼠的DRP1 mRNA表达水平显着降低（P<0.05）。外周血基因组中,噪声暴露15d和30d后,对照组、55dB组、85dB组和103dB组大鼠的MFN2、OPA1、DRP1、FIS1 mRNA表达水平均无显着性差异（P>0.05）。ELISA蛋白定量结果显示,在15d噪声暴露后,对照组、55dB组、85dB组和103dB组大鼠心肌组织中的MFN2和OPA1蛋白表达水平存在显着差异,103dB组大鼠心肌组织MFN2水平较对照组显着升高,55dB组、85dB组和103dB组大鼠的OPA1水平均显着高于对照组（P<0.05）,而DRP1以及FIS1蛋白表达水平变化无统计学意义（P>0.05）。30d噪声暴露后各组大鼠心肌组织MFN2和OPA1蛋白以及DRP1以及FIS1蛋白表达水平均无显着差异（P>0.05）。结论职业性噪声暴露会增加工人患高血压的风险,并可致暴露人群外周血基因组mtDNA拷贝数下降及MFN2蛋白表达上升。噪声处理可致大鼠血管紧张素Ⅱ水平升高、低密度脂蛋白上升、mtDNA拷贝数的下降、线粒体分裂融合基因mRNA表达紊乱和线粒体融合蛋白表达水平的升高。噪声暴露所致的线粒体损伤可能与心血管疾病有关。
张哲[10]（2020）在《油菜素内酯对毛竹（Phyllostachys edulis）生长发育的影响及其调控机制研究》文中认为毛竹（Phyllostachys edulis）是一种禾本科刚竹属的乔木状禾本科植物,是我国种植面积最大的竹子品种。毛竹具有速生的特性,其茎秆的生长速度最快可达每天1米。已有研究表明,多种植物激素参与到毛竹快速生长的调控过程中。相较于其他的植物激素,油菜素类酯（Brassinosteroids,BRs）在调控植物细胞伸长、细胞分化、维管发育、育性以及生物及非生物胁迫响应等多个生命进程中发挥着独特的作用。然而目前油菜素内酯如何调控毛竹生长发育特别是快速生长尚不明确。本研究利用外源施加的油菜素内酯及其特异生物合成抑制剂丙环唑（Propiconazole,PPZ）,观察毛竹实生苗幼苗阶段以及毛竹笋速生阶段的表型响应,对毛竹幼苗的地上部与地下部分别进行了转录组差异表达基因的分析,并对典型的差异基因进行了克隆与功能分析。主要研究结果如下:（1）使用100μM PPZ、1μM 2,4-表油菜素内酯（EBL）处理快速生长时期的竹笋。观察到对竹笋发育极为重要的苞叶在EBL和PPZ处理下表现出显着的差异反应。EBL处理促进了苞叶的伸长和弯曲角度的增加,相对应的PPZ处理抑制了苞叶生长,而且这一抑制表型能通过施加EBL得到梯度的恢复。可见油菜素内酯对毛竹笋苞叶生长发育具有重要的影响。（2）为了检测BR在毛竹幼苗时期生长过程中的作用,本研究利用PPZ施加在土壤中生长10天的毛竹实生幼苗。与对照处理组相比,50μM与100μM PPZ处理组显着降低了毛竹整体株高和节间长度,并且显着减小了毛竹幼苗的叶夹角角度,这一表型同样能通过施加BR恢复。以上证据表明,BR对毛竹幼苗生长发育具有重要的促进作用。（3）对PPZ和BR处理后的毛竹幼苗的地上部和地下部分别进行了RNA-Seq转录组分析。分析表明PPZ处理中毛竹变化基因主要集中在细胞壁组织或生物合成、细胞对氧化应激的反应、过氧化氢分解代谢过程和苯丙醇代谢过程,而受BR处理影响的变化基因则集中在细胞壁组织生物合成和过氧化氢分解代谢过程的通路中,并对特征基因进行了验证。这些结果表明BR主要通过调节毛竹的细胞壁合成和细胞氧还反应等相关基因进程调控毛竹的生长发育。（4）PPZ和BR处理显着调节生长素信号转导通路的转录因子基因的表达。PPZ处理导致3个生长素响应因子（Pe ARFs）表达量上调,13个ARF相互作用的负调控因子AUX/IAA（Pe IAAs）都下调。与生长素处理的毛竹变化基因相比,本研究发现有48.6%（67/138）同时响应BR和PPZ的基因同时受到生长素的调节。实验数据证明在毛竹实生苗幼苗的生长进程中,BR与IAA途径之间存在着相对复杂的交叉调控作用。（5）通过对毛竹幼苗处理BR响应基因的分析,经过生物信息学分析寻找到功能尚未知晓的基因,并将其命名为参与响应BR调控的毛竹基因Bamboo BR regulate genes（BBRGs）进行后续研究。其中一个BR负调控的基因BBRG14,编码一个定位于线粒体的蛋白,而且毛竹快速生长的节间中具有特异的组织定位分布。过量表达BBRG14的拟南芥出现了包括分生组织变小,细胞长度减少等在内的生长抑制现象,并负调控BR的合成基因及其他下游基因。通过对BBRG14基因的功能研究,暗示BR可能通过调控线粒体蛋白的表达,协调毛竹的细胞伸长,为揭示油菜素内酯在毛竹生长发育过程中的分子调控机理提供的实验依据。
二、线粒体蛋白组研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、线粒体蛋白组研究进展（论文提纲范文）
（1）石斑鱼杂交后代表型和遗传性状分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 综述 |
| 1.1 杂交育种 |
| 1.1.1 鱼类杂交育种的发展 |
| 1.1.2 鱼类远缘杂交的障碍 |
| 1.1.3 鱼类远缘杂交不相容 |
| 1.1.4 鱼类远缘杂交的遗传学 |
| 1.1.5 石斑鱼杂交育种的研究进展 |
| 1.2 鱼类中的骨骼畸形 |
| 1.2.1 骨骼畸形原因 |
| 1.2.2 研究骨骼畸形的方法 |
| 1.2.3 鱼类骨骼畸形机制研究 |
| 1.2.4 石斑鱼中的畸形 |
| 1.3 鱼类染色体研究进展 |
| 1.3.1 染色体核型分析 |
| 1.3.2 染色体显带技术 |
| 1.3.3 荧光原位杂交技术 |
| 1.3.4 石斑鱼类染色体研究 |
| 1.4 分子标记的发展 |
| 1.4.1 线粒体DNA研究 |
| 1.4.2 微卫星分子标记的应用 |
| 1.5 转录组学 |
| 1.5.1 测序技术发展 |
| 1.5.2 石斑鱼转录组研究进展 |
| 1.6 研究内容 |
| 1.7 研究目的和意义 |
| 第二章 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼、珍珠龙胆石斑鱼的生长性状及对比分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 云纹石斑鱼与云龙石斑鱼家系建立 |
| 2.2.2 云纹石斑鱼和云龙石斑鱼苗种培育 |
| 2.2.3 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼及云龙石斑鱼家系间生长对比 |
| 2.2.4 云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼生长对比 |
| 2.2.5 生长性状和畸形率统计 |
| 2.2.6 数据处理 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 云龙石斑鱼父系半同胞家系受精率 |
| 2.3.2 云龙石斑鱼父系半同胞家系畸形率 |
| 2.3.3 云龙石斑鱼家系间及父系半同胞家系间生长对比 |
| 2.3.4 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼生长对比 |
| 2.3.5 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼的生长曲线 |
| 2.3.6 云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼生长对比 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 云龙石斑鱼家系的生长差异 |
| 2.4.2 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼生长对比 |
| 2.4.3 云龙石斑鱼与云纹石斑鱼的生长曲线 |
| 2.4.4 云龙石斑鱼与珍珠龙胆石斑鱼生长对比 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 云龙石斑鱼畸形性状发生的转录组分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 鱼的来源 |
| 3.2.2 取样以及RNA提取 |
| 3.2.3 cDNA文库构建以及illumina测序 |
| 3.2.4 序列组装以及功能注释 |
| 3.2.5 差异基因分析 |
| 3.2.6 样本相关性及主成分分析 |
| 3.2.7 基因表达网构建 |
| 3.2.8 模块-性状关系以及关键基因鉴定 |
| 3.2.9 基因验证 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 正常鱼与畸形鱼的外在表现 |
| 3.3.2 云龙石斑鱼的脑、垂体和脊椎骨的转录组De novo组装与分析 |
| 3.3.3 Unigenes的注释 |
| 3.3.4 样本聚类以及差异基因鉴定 |
| 3.3.5 差异基因的GO富集分析 |
| 3.3.6 差异基因的KEGG分析 |
| 3.3.7 基因共表达网络的构建 |
| 3.3.8 畸形相关模块的鉴定以及功能注释 |
| 3.3.9 基因鉴定以及网络构建 |
| 3.3.10 荧光定量验证实验 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 石斑鱼线粒体基因组全序列分析与系统进化研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 样本采集与DNA提取 |
| 4.2.2 PCR扩增与测序 |
| 4.2.3 线粒体DNA注释及分析 |
| 4.2.4 系统发育树构建 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 线粒体基因组结构 |
| 4.3.2 蛋白质编码基因 |
| 4.3.3 转运RNA和核糖体RNA |
| 4.3.4 线粒体基因组的基因间隔和重叠区域 |
| 4.3.5 L链的复制起点和控制区 |
| 4.3.6 线粒体的母性遗传 |
| 4.3.7 系统发育关系 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代发育及生长比较 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 受精卵的获取与孵化 |
| 5.2.2 仔稚幼鱼的培育 |
| 5.2.3 取样与观察 |
| 5.2.4 数据处理 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 胚胎发育 |
| 5.3.2 胚后发育 |
| 5.3.3 E. AT与E. A生长性状比较 |
| 5.3.4 E. AT与E. A第二背鳍棘与第一腹鳍棘的变化 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代遗传特征分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 头肾-秋水仙素法制备染色体 |
| 6.2.3 线粒体DNA序列测定 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代E. AT与E. A染色体数目及组成 |
| 6.3.2 E.AT线粒体DNA分析 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 杂交子代E.AT染色体组成 |
| 6.4.2 杂交子代E.AT线粒体 |
| 6.5 小结 |
| 第七章 赤点石斑鱼♀×蓝身大斑石斑鱼♂杂交子代与父母本微卫星遗传多样性分析 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 材料与方法 |
| 7.2.1 试验材料 |
| 7.2.2 基因组DNA的提取 |
| 7.2.3 SSR引物 |
| 7.2.4 PCR扩增和自动荧光检测 |
| 7.2.5 数据统计与分析 |
| 7.3 结果 |
| 7.3.1 SSR位点多态性分析 |
| 7.3.2 基因位点的遗传分化 |
| 7.3.3 群体遗传多样性分析 |
| 7.3.4 哈代温伯格平衡检验 |
| 7.3.5 遗传距离与遗传一致度 |
| 7.4 讨论 |
| 7.5 小结 |
| 参考文献 |
| 科研成果 |
| 资助项目 |
| 致谢 |
（2）栀子褐斑病病原菌侵染途径及转录组研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1 植物褐斑病及转录组研究进展 |
| 1.1 植物褐斑病研究进展 |
| 1.1.1 褐斑病的危害 |
| 1.1.2 褐斑病的防治 |
| 1.2 转录组在植物逆境中的研究进展 |
| 2 栀子叶片响应褐斑病病原菌的生理特征 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验菌株与实验植株 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 褐斑病病原菌的活化与培养 |
| 2.2.2 褐斑病病原菌的接种 |
| 2.2.3 生理指标的测定 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 SOD活性的测定结果 |
| 2.3.2 POD活性的测定结果 |
| 2.3.3 CAT活性的测定结果 |
| 2.3.4 MDA含量的测定结果 |
| 2.3.5 PRO含量的测定结果 |
| 2.3.6 可溶性糖含量的测定结果 |
| 2.4 讨论与总结 |
| 3 栀子叶片响应褐斑病病原菌的结构特征 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 实验菌株与实验植株 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 扫描电镜样品制备 |
| 3.2.2 透射电镜样品制备 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 扫描电镜实验结果 |
| 3.3.2 透射电镜实验结果 |
| 3.4 讨论与总结 |
| 4 栀子叶片响应褐斑病病原菌的转录组测序结果分析 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 实验菌株及实验植株 |
| 4.1.2 实验仪器 |
| 4.1.3 实验试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 病原菌接种 |
| 4.2.2 转录测序 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 测序数据质控 |
| 4.3.2 转录组的从头组装 |
| 4.3.3 转录组功能注释 |
| 4.3.4 NR数据库注释结果 |
| 4.3.5 GO数据库注释结果 |
| 4.3.6 KEGG数据库注释结果 |
| 4.3.7 表达量分析 |
| 4.3.8 主成分分析 |
| 4.3.9 差异基因分析 |
| 4.3.10 Venn分析 |
| 4.3.11 GO富集分析 |
| 4.3.12 KEGG富集分析 |
| 4.3.13 蛋白互作网络分析 |
| 4.3.14 qRT-PCR验证 |
| 4.4 讨论与总结 |
| 5 总结 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
（3）艾灸关元穴和仙茅补肾阳，艾灸足三里穴和干姜补脾阳作用及其机制研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 一、中医对“阳”的认识 |
| 二、艾灸补阳的作用机制 |
| 三、“仙茅”和艾灸“关元穴”补肾阳作用 |
| 四、“干姜”和艾灸“足三里”补脾阳作用 |
| 第一部分 艾灸关元穴和仙茅对补肾阳作用及其机制研究 |
| 第一章 艾灸关元穴和仙茅对大鼠能量代谢的影响 |
| 1.实验材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要仪器 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 实验用药的制备 |
| 2.2 动物给药与分组 |
| 2.3 大鼠血清生化指标的测定 |
| 2.4 观察大鼠肝脏和肾组织形态变化 |
| 2.5 大鼠肾组织Na~+-K~+-ATP 酶、Ca~(2+)-Mg~(2+)-ATP 酶、琥珀酸脱氢酶(SDH)活性的测定 |
| 2.6 大鼠肾组织ATP含量的测定 |
| 2.7 线粒体耗氧速率的变化 |
| 2.8 10-壬基吖啶橙(NAO)染色法观察大鼠肾脏线粒体数量 |
| 2.9 统计分析 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 艾灸关元穴与不同剂量仙茅对大鼠体重体温的影响 |
| 3.2 艾灸关元穴与不同剂量仙茅对大鼠肝肾功能相关指标的影响 |
| 3.3 艾灸关元穴和不同剂量仙茅对大鼠肝、肾组织形态的影响 |
| 3.4 艾灸关元穴和不同剂量仙茅对大鼠肾脏ATP酶、SDH活性的影响 |
| 3.5 艾灸关元穴和不同剂量仙茅对肾脏ATP含量的影响 |
| 3.6 线粒体代谢速率变化 |
| 3.7 艾灸关元穴和不同剂量仙茅对大鼠肾脏线粒体数量的影响 |
| 第二章 基于血清、粪便、肾脏代谢组学探讨艾灸关元穴和仙茅补肾阳作用机制研究 |
| 1.实验材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 实验用药的制备 |
| 2.2 动物给药与分组 |
| 2.3 样本处理 |
| 2.4 质控样本(QC)的制备 |
| 2.5 上机检测 |
| 2.6 数据处理及统计分析 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 血清代谢组分析 |
| 3.2 粪便代谢组分析 |
| 3.3 肾脏组织代谢组分析 |
| 3.4 潜在生物标志物的筛选和鉴定 |
| 3.5 代谢通路分析 |
| 第三章 艾灸关元穴及仙茅对肾组织能量相关m RNA和蛋白的影响 |
| 1.实验材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要仪器 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 动物给药与分组 |
| 2.2 RT-PCR检测Sirt1、Ppar-α、Pgc-1α、Ampk m RNA的表达 |
| 2.3 Western Blotting检测Ppar-α、Ampk、Sirt1、Pgc-1α蛋白的表达 |
| 2.4 统计分析 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 艾灸关元穴和仙茅组对大鼠肾脏Sirt1、Ppar-α、Pgc-1α、Ampk m RNA的表达的影响 |
| 3.2 艾灸关元穴组和仙茅组对大鼠肾组织Sirt1、Ppar-α、Ampk、Pgc-1α蛋白的表达的影响 |
| 第二部分 艾灸足三里穴和干姜补脾阳作用及其机制研究 |
| 第四章 艾灸足三里穴和干姜对大鼠能量代谢的影响 |
| 1.实验材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 主要试剂和仪器 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 实验用药的制备 |
| 2.2 动物给药与分组 |
| 2.3 大鼠血清生化指标的测定 |
| 2.4 观察大鼠肝脏、肾脏和胃组织形态变化 |
| 2.5 大鼠胃组织Na~+-K~+-ATP 酶、Ca~(2+)-Mg~(2+)-ATP 酶、SDH活性的测定 |
| 2.6 大鼠胃组织ATP含量的测定 |
| 2.7 线粒体代谢速率的变化 |
| 2.8 NAO染色法观察大鼠胃组织线粒体数量 |
| 2.9 统计分析 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 艾灸足三里穴与不同剂量干姜对大鼠体重体温的影响 |
| 3.2 艾灸足三里穴与不同剂量干姜对大鼠肝肾功能相关指标和血脂的影响 |
| 3.3 艾灸足三里穴和不同剂量干姜对大鼠肝脏、肾脏和胃组织形态的影响 |
| 3.4 艾灸足三里穴和不同剂量干姜对大鼠胃组织ATP酶、SDH活性的影响 |
| 3.5 艾灸足三里穴和不同剂量干姜对胃组织ATP含量的影响 |
| 3.6 线粒体代谢速率变化 |
| 3.7 艾灸足三里与不同剂量干姜对大鼠胃组织线粒体数量的影响 |
| 第五章 基于血清、粪便、胃组织代谢组学研究艾灸足三里穴及干姜对大鼠补脾阳作用机制研究 |
| 1.实验材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 实验用药的制备 |
| 2.2 动物给药和分组 |
| 2.3 样本处理 |
| 2.4 质控样本(QC)的制备 |
| 2.5 上机检测 |
| 2.6 数据处理及统计分析 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 血清代谢组分析 |
| 3.2 粪便代谢组分析 |
| 3.3 胃组织代谢组分析 |
| 3.4 潜在生物标志物的筛选和鉴定 |
| 3.5 代谢通路分析 |
| 第六章 艾灸足三里穴及干姜对胃组织能量相关m RNA和蛋白的影响 |
| 1.实验材料 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 实验用药 |
| 1.3 实验试剂和仪器 |
| 2.实验方法 |
| 2.1 动物给药与分组 |
| 2.2 RT-PCR检测Ppar-α、Ampk、Sirt1、Pgc-1αm RNA的表达 |
| 2.3 Western Blotting检测Ppar-α、Ampk、Sirt1、Pgc-1α蛋白的表达 |
| 2.4 统计分析 |
| 3.实验结果 |
| 3.1 艾灸足三里穴和干姜组对大鼠胃组织Ppar-α、Ampk、Sirt1、Pgc-1αm RNA表达的影响 |
| 3.2 艾灸足三里穴组和干姜组对大鼠胃组织Sirt1、Ppar-α、Ampk、Pgc-1α蛋白的表达 |
| 第三部分 全文讨论 |
| 1.艾灸、中药对大鼠肝肾功能的影响 |
| 2.艾灸、中药对大鼠ATP酶、SDH酶活性及ATP含量的影响 |
| 3.艾灸、中药对大鼠线粒体代谢速率和线粒体数量的影响 |
| 4.艾灸、中药主要代谢通路分析 |
| 4.1 脂质代谢 |
| 4.2 TCA循环代谢 |
| 4.3 视黄醇代谢 |
| 4.4 嘌呤代谢 |
| 4.5 氨基酸代谢 |
| 4.6 糖代谢 |
| 5.与能量相关的基因和蛋白分析 |
| 第四部分 全文总结 |
| 参考文献 |
| 第五部分 文献综述 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
（4）UVB诱导长春花及白桑次生代谢激活及调控的系统生物学研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩写表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 药用植物长春花及白桑在肿瘤治疗的应用现状及前景 |
| 1.1.2 药用植物对紫外UVB辐射的响应 |
| 1.2 蛋白质组学技术发展及其在植物胁迫响应机制方面的研究进展 |
| 1.2.1 蛋白质组各流程技术及进展 |
| 1.2.2 植物单细胞型、亚细胞器及修饰型蛋白质组学研究进展 |
| 1.3 代谢组学及多组学联合分析在研究胁迫响应机制的进展 |
| 1.3.1 植物代谢组学研究技术与进展 |
| 1.3.2 代谢组学及多组学分析植物胁迫响应机制进展 |
| 1.4 植物来源异戊烯基转移酶研究进展 |
| 1.4.1 植物体内异戊烯基化反应及意义 |
| 1.4.2 植物芳香类异戊烯基转移酶功能及特性 |
| 1.4.3 植物芳香类异戊烯基转移酶研究现状及前景 |
| 1.5 本文的研究内容及意义 |
| 第二章 UVB辐射下长春花磷酸化通路及初生代谢研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.2.1 植物来源及处理 |
| 2.2.2 试剂及仪器 |
| 2.2.3 叶片ATP含量的测定 |
| 2.2.4 磷酸化蛋白的提取与富集 |
| 2.2.5 蛋白质组鉴定 |
| 2.2.6 全叶片代谢组样品制备及代谢组学分析 |
| 2.2.7 Western-Blotting |
| 2.2.8 统计分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 长春花叶片UVB辐射下ATP含量变化 |
| 2.3.2 磷酸化蛋白的鉴定及丰度检测 |
| 2.3.3 基于GC-TOF/MS技术检测的长春花UVB辐射下代谢物变化 |
| 2.3.4 关键差异表达蛋白的Western-Blotting鉴定 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 UVB辐射下长春花叶片内钙离子相关通路激活 |
| 2.4.2 UVB辐射下长春花糖酵解相关通路变化导致ATP增加 |
| 2.4.3 UVB辐射对长春花叶片造成氧化胁迫并激活次生代谢途径 |
| 2.5 结论 |
| 第三章 UVB辐射下长春花能量调控及次生代谢研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与方法 |
| 3.2.1 植物来源及处理 |
| 3.2.2 试剂及仪器 |
| 3.2.3 不同线粒体呼吸复合体抑制剂作用下ATP含量测定 |
| 3.2.4 叶片线粒体的纯化与蛋白富集 |
| 3.2.5 蛋白质组鉴定 |
| 3.2.6 全叶片代谢组学分析 |
| 3.2.7 qRT-PCR |
| 3.2.8 数据处理与分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 不同线粒体呼吸链抑制剂处理后长春花叶片在UVB辐射下ATP含量变化 |
| 3.3.2 长春花叶片线粒体蛋白富集与纯化程度检测 |
| 3.3.3 UVB辐射下长春花叶片线粒体差异蛋白的鉴定与功能注释 |
| 3.3.4 基于LC-MS技术检测的长春花UVB辐射下代谢物变化 |
| 3.3.5 差异蛋白质组与代谢组结合分析 |
| 3.3.6 关键差异表达蛋白基因的表达变化情况 |
| 3.4 .讨论 |
| 3.4.1 线粒体参与调控UVB辐射下长春花叶片内ATP含量的变化 |
| 3.4.2 UVB辐射下MEP途径被激活使得单萜类前体物质积累 |
| 3.4.3 氨基酸代谢调控UVB辐射下长春花叶片中吲哚类生物碱的合成 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 UVB辐射结合不同时长暗培养下白桑调控机制研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.2.1 植物来源与取样 |
| 4.2.2 试剂及仪器 |
| 4.2.3 蛋白质提取及蛋白质组鉴定 |
| 4.2.4 抗氧化水平检测 |
| 4.2.5 甲醇提取物指纹图谱建立与代谢物定量分析 |
| 4.2.6 总黄酮含量测定 |
| 4.2.7 qRT-PCR |
| 4.2.8 数据处理与分析 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 桑叶UVB辐射后不同暗培养时间点差异蛋白鉴定 |
| 4.3.2 桑叶UVB辐射后不同暗培养时间点次生代谢相关差异蛋白功能分析 |
| 4.3.3 桑叶、枝、根部代谢物指纹图谱及差异代谢物含量测定 |
| 4.3.4 桑叶、枝、根部蛋白鉴定及功能分析 |
| 4.3.5 桑叶、枝、根部次生代谢相关差异性分析 |
| 4.3.6 不同部位差异表达蛋白基因的表达量分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 白桑UVB辐射后暗培养阶段MEP途径内蛋白的变化及意义 |
| 4.4.2 异戊烯基化合物在白桑根部大量积累 |
| 4.4.3 白桑不同组织部位有效成分及相关蛋白分布存在巨大差异 |
| 4.5 结论 |
| 第五章 白桑叶片UVB辐射下异戊烯基转移酶的功能研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料与方法 |
| 5.2.1 生物材料来源 |
| 5.2.2 试剂与仪器 |
| 5.2.3 异戊烯基转移酶基因的筛选 |
| 5.2.4 酵母表达载体构建 |
| 5.2.5 酵母表达体系建立 |
| 5.2.6 最适底物的筛选 |
| 5.2.7 烟草瞬时表达载体及表达体系构建 |
| 5.2.8 基因在植物中的功能及亚细胞定位分析 |
| 5.2.9 最适反应条件摸索及米氏常数测定 |
| 5.2.10 基因系统进化分析 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 白桑中异戊烯基转移酶基因序列及表达信息挖掘 |
| 5.3.2 基因在酿酒酵母细胞内的表达与功能验证 |
| 5.3.3 基因在本氏烟草内的瞬时表达亚细胞定位与功能验证 |
| 5.3.4 异戊烯基转移酶Ma OGT的最适反应条件 |
| 5.3.5 基因系统发育分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 MaOGT的功能及生化性质特点 |
| 5.4.2 MaOGT在白桑次生代谢生物合成途径的意义 |
| 5.4.3 MaOGT在进化发育的位置及意义 |
| 5.5 结论 |
| 第六章 全文总结 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 不足之处与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 攻读博士学位期间发表学术论文 |
（5）SsNSRV-1基因功能及其与核盘菌互作机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 前言 |
| 1.核盘菌及油菜菌核病 |
| 1.1 核盘菌及其分类地位 |
| 1.2 油菜菌核病及其病害循环 |
| 1.3 核盘菌的致病机理 |
| 1.4 菌核病的防治 |
| 2.真菌病毒及其多样性 |
| 2.1 病毒与真菌病毒的发现 |
| 2.2 真菌病毒的分类 |
| 2.3 真菌病毒的广泛分布 |
| 2.4 真菌病毒的传播方式 |
| 2.5 真菌病毒的应用 |
| 3.真菌病毒与寄主互作研究 |
| 3.1 真菌病毒对寄主的影响 |
| 3.2 真菌对真菌病毒的影响 |
| 3.3 真菌病毒-寄主互作研究 |
| 4.转录组学与真菌病毒研究 |
| 4.1 转录组学及转录组测序(RNA-Seq)简介 |
| 4.2 转录组数据的分析流程 |
| 4.3 转录组学在真菌病毒研究中的应用 |
| 5.代谢组学及其应用 |
| 5.1 代谢组学的基本概念 |
| 5.2 代谢组的研究方法 |
| 5.3 代谢组数据分析 |
| 5.4 代谢组学在微生物研究中的应用 |
| 6.单股负义链RNA病毒与SsNSRV-1 |
| 6.1 单股负义链RNA病毒 |
| 6.2 Mymonaviridae的建立 |
| 6.3 核盘菌负链病毒SsNSRV-1 |
| 7.本研究的目的意义 |
| 第二章 利用高通量测序分析菌株AH98中的病毒 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 菌株的培养 |
| 1.3.2 RNA提取及cDNA合成 |
| 1.3.3 测序方案 |
| 1.3.4 数据分析流程 |
| 1.3.5 病毒序列的验证和分析 |
| 2.结果分析 |
| 2.1 测序数据QC质量分析 |
| 2.2 测序获得的病毒验证 |
| 2.3 病毒SsNSRV-5X |
| 2.3.1 SsNSRV-5X的基因组结构 |
| 2.3.2 SsNSRV-5X基因功能预测 |
| 2.3.3 SsNSRV-5X的系统发育分析 |
| 2.4 BcHV1/AH98 的基因组结构和进化树分析 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 3.2.1 AH98被6种病毒复合侵染 |
| 3.2.2 AH98的弱毒特性由多种病毒共同导致 |
| 3.2.3 病毒BcHV1存在跨属传播的现象 |
| 3.2.4 SsNSRV-5X可能代表Mymonaviridae科病毒一个新的属 |
| 第三章 SsNSRV-1 基因超表达转化子的表达特性 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 培养基 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.4.1 菌株的培养和保存 |
| 1.4.2 真菌DNA提取 |
| 1.4.4 RNA提取及cDNA合成 |
| 1.4.5 农杆菌介导真菌的遗传转化 |
| 1.4.6 ORF超表达转化子PCR验证 |
| 2.结果分析 |
| 2.1 核盘菌超表达转化子中病毒基因的表达特性 |
| 2.2 病毒基因剪切位点的序列特征 |
| 2.3 病毒ORF Ⅲ的剪切现象在禾谷镰孢菌和稻瘟菌中存在 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 3.2.1 病毒SsNSRV-1 基因被真菌内含子剪接系统编辑 |
| 3.2.2 病毒SsNSRV-1 可能存在防止内含子剪接的机制 |
| 3.2.3 病毒SsNSRV-1 N基因具有两个转录峰 |
| 第四章 结合转录组技术揭示SsNSRV-1 的基因功能及其与核盘菌互作机理 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 转录组测序样品制备 |
| 1.3.2 转录组数据分析方法 |
| 1.3.3 病毒SsNSRV-1 蛋白的定位、结构和功能预测 |
| 2.结果与分析 |
| 2.1 转录组测序样品质量检测 |
| 2.2 测序数据质量评估 |
| 2.3 测序数据比对基因组 |
| 2.4 基因ORFⅠ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.4.1 SsNSRV-1 P1 蛋白的结构和功能预测 |
| 2.4.2 核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.4.3 核盘菌ORF I超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.4.4 核盘菌ORF I超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.4.5 核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 2.4.6 核盘菌ORFⅠ超表达转化子中的分泌蛋白和致病相关蛋白 |
| 2.5 基因ORF Ⅱ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.5.1 SsNSRV-1N蛋白的结构和功能分析 |
| 2.5.2 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.5.3 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.5.4 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.5.5 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.6 基因ORF Ⅲ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.6.1 SsNSRV-1 P3 的蛋白结构和功能预测 |
| 2.6.2 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子与1980 差异表达基因概述 |
| 2.6.3 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.6.4 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.6.5 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.7 基因ORF Ⅳ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.7.1 SsNSRV-1 P4 蛋白的结构和功能预测 |
| 2.7.2 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.7.3 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.7.4 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.7.5 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.8 基因ORF Ⅵ的功能及其对核盘菌的影响 |
| 2.8.1 SsNSRV-1 P6 蛋白的结构和功能预测 |
| 2.8.2 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子与1980差异表达基因概述 |
| 2.8.3 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子差异表达基因GO富集分析 |
| 2.8.4 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子差异表达基因KEGG富集分析 |
| 2.8.5 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子显着差异表达基因 |
| 2.9 核盘菌病毒基因超表达转化子共有差异基因分析 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 3.2.1 病毒ORFⅠ可能参与病毒粒子的形成 |
| 3.2.2 病毒SsNSRV-1 导致核盘菌致病力衰退的机制 |
| 3.2.3 病毒SsNSRV-1 影响核盘菌的转录调控 |
| 3.2.4 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌的跨膜运输 |
| 3.2.5 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌生长发育 |
| 3.2.6 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌的信号传导途径 |
| 3.2.7 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌蛋白质合成和降解 |
| 3.2.8 病毒SsNSRV-1 调控核盘菌自噬 |
| 第五章 真菌病毒SsNSRV-1 基因表达对寄主代谢的影响 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究材料 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 代谢组分析菌株的培养 |
| 1.3.2 代谢样品的提取 |
| 1.3.3 LC-MS分析条件 |
| 1.3.4 LC-MS数据处理 |
| 2.结果分析 |
| 2.1 代谢数据预处理 |
| 2.2 病毒核盘菌ORFⅠ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.2.1 核盘菌ORFⅠ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.2.2 代谢组数据统计分析 |
| 2.2.3 核盘菌ORFⅠ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.3 病毒ORF Ⅱ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.3.1 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.3.2 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子代谢组数据统计分析 |
| 2.3.3 核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.4 病毒ORF Ⅲ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.4.1 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.4.2 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子代谢组数据统计分析 |
| 2.4.3 核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.5 病毒ORF Ⅳ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.5.1 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.5.2 代谢组数据统计分析 |
| 2.5.3 核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.6 病毒ORF Ⅵ对核盘菌代谢的影响 |
| 2.6.1 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子代谢差异分析 |
| 2.6.2 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子代谢组数据统计分析 |
| 2.6.3 核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子显着差异物鉴定 |
| 2.7 核盘菌ORF Ⅰ、ORF Ⅱ和 ORF Ⅲ超表达转化子共有差异代谢物 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 小结 |
| 3.2 讨论 |
| 全文总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1.论文中使用的引物 |
| 附录2.附图 |
| 附图1.转录组测序样品质量评估 |
| 附图2.转录组测序样品平均错误率 |
| 附图3.转录组测序样品碱基含量分布 |
| 附图4.转录组测序样品比对基因组质量分析 |
| 附录3.附表 |
| 附表1.核盘菌中已研究的部分弱毒相关病毒 |
| 附表2.核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表3.核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表4.核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子与1980 显着差异表达基因 |
| 附表5.核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表6.核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子与1980显着差异表达基因 |
| 附表7.核盘菌ORFⅠ超表达转化子与1980显着差异代谢物 |
| 附表8.核盘菌ORF Ⅱ超表达转化子与1980显着差异代谢物 |
| 附表9.核盘菌ORF Ⅲ超表达转化子与1980 显着差异代谢物 |
| 附表10.核盘菌ORF Ⅳ超表达转化子与1980差异代谢物 |
| 附表11.核盘菌ORF Ⅵ超表达转化子与1980差异代谢物 |
| 附录4.已发表的论文及参与的会议 |
| 致谢 |
（6）糖尿病肾病蛋白质组学研究进展（论文提纲范文）
| 1蛋白质组学研究技术 |
| 1.1蛋白质分离技术 |
| 1.2蛋白质鉴定技术 |
| 1.3蛋白质定量技术 |
| 1.4蛋白质相互作用分析技术 |
| 2蛋白质组学在糖尿病肾病中的应用 |
| 2.1蛋白组学在DKD发病机制研究中的应用 |
| 2.2 蛋白组学在DKD早期诊断研究中的应用 |
| 2.3 蛋白质组学在DKD治疗研究中的应用 |
| 3总结与展望 |
（7）病毒样颗粒抗原及克里米亚刚果出血热病毒Gn/Gc宿主相互作用组的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 病毒样颗粒疫苗的研究进展 |
| 1.1.1 病毒样颗粒疫苗的简介 |
| 1.1.2 病毒样颗粒疫苗的表达系统 |
| 1.1.3 病毒样颗粒疫苗发展面临的挑战和解决方案 |
| 1.2 寨卡病毒及其疫苗的研究进展 |
| 1.2.1 寨卡病毒的流行病学 |
| 1.2.2 寨卡病毒的分类 |
| 1.2.3 寨卡病毒结构和基因组结构 |
| 1.2.4 寨卡病毒的生命周期 |
| 1.2.5 寨卡病毒E蛋白的结构和功能研究 |
| 1.2.6 寨卡病毒疫苗的研究进展 |
| 1.3 脊髓灰质炎病毒及其疫苗的研究进展 |
| 1.3.1 脊髓灰质炎的流行现状 |
| 1.3.2 脊髓灰质炎病毒的生物学 |
| 1.3.3 脊髓灰质炎疫苗的研究进展 |
| 1.4 克里米亚刚果出血热病毒的研究进展 |
| 1.4.1 CCHFV的生物学 |
| 1.4.2 CCHFV的临床流行病学 |
| 1.4.3 CCHF的预防 |
| 1.4.4 CCHFV疫苗的研究进展 |
| 1.4.5 CCHFV单克隆抗体的研究进展 |
| 1.5 本论文的研究内容和意义 |
| 第2章 寨卡病毒样颗粒的构建和免疫原性研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 细胞、病毒与菌株 |
| 2.1.2 试剂 |
| 2.1.3 抗体与抗体制备 |
| 2.1.4 重组杆状病毒v Ac-Zpr ME的构建 |
| 2.1.5 ZIKV病毒蛋白的表达和鉴定 |
| 2.1.6 ZIKV病毒样颗粒和病毒粒子的纯化与检测 |
| 2.1.7 ZIKV VLPs的免疫原性评价 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 重组杆状病毒v Ac-Zpr ME的构建 |
| 2.2.2 ZIKV pr M和 E蛋白形成VLPs |
| 2.2.3 ZIKV VLPs的免疫原性研究 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 基于杆状病毒表达的VLP诱导合胞体现象的抗黄病毒药物筛选方法的建立 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 细胞、病毒、菌株与质粒 |
| 3.1.2 试剂 |
| 3.1.3 抗体与抗体纯化 |
| 3.1.4 重组杆状病毒的构建 |
| 3.1.5 质粒的构建及转染实验 |
| 3.1.6 序列比对和进化分析 |
| 3.1.7 免疫荧光分析 |
| 3.1.8 ZIKV滴度测定(空斑实验) |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 杆状病毒表达的黄病毒E蛋白诱导Sf9细胞形成合胞体 |
| 3.2.2 黄病毒E蛋白在Sf9细胞中的细胞定位研究 |
| 3.2.3 ZIKV prME和E蛋白形成VLPs |
| 3.2.4 基于杆状病毒表达的黄病毒E蛋白诱导合胞体现象的抗病毒筛选 |
| 3.2.5 AMS通过影响病毒入侵抑制黄病毒感染 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 脊髓灰质炎病毒样颗粒的构建 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 细胞与菌株 |
| 4.1.2 试剂 |
| 4.1.3 抗体与抗体制备 |
| 4.1.4 重组杆状病毒的构建 |
| 4.1.5 病毒样颗粒的纯化和鉴定 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 PVⅡP1多克隆抗体的制备和鉴定 |
| 4.2.2 重组杆状病毒的构建 |
| 4.2.3 PVⅡVP0,VP1和VP3 蛋白形成VLPs |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第5章 克里米亚刚果出血热病毒样颗粒的构建 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 细胞、病毒与质粒 |
| 5.1.2 试剂 |
| 5.1.3 抗体 |
| 5.1.4 重组杆状病毒的构建 |
| 5.1.5 病毒样颗粒的纯化和鉴定 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 重组杆状病毒v Ac-Gn Gc NP和 v Ac-Gn Gc的构建 |
| 5.2.2 CCHFV VLPs的纯化和鉴定 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 第6章 CCHFV膜蛋白Gn/Gc单克隆抗体的制备及表位鉴定 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 菌株、质粒与细胞系 |
| 6.1.2 试剂 |
| 6.1.3 CCHFV膜蛋白Gn/Gc胞外区的诱导表达 |
| 6.1.4 单克隆抗体制备的流程 |
| 6.1.5 小鼠血清和杂交瘤细胞上清识别能力的检测 |
| 6.1.6 单克隆抗体线性识别位点的鉴定 |
| 6.2 实验结果 |
| 6.2.1 小鼠血清的检测 |
| 6.2.2 CCHFV膜蛋白Gn/Gc单克隆抗体的筛选 |
| 6.2.3 CCHFV膜蛋白Gn/Gc单克隆抗体识别表位的鉴定 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 第7章 CCHFV膜蛋白Gn/Gc宿主相互作用组的研究 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 细胞、病毒、菌株与质粒 |
| 7.1.2 试剂 |
| 7.1.3 抗体 |
| 7.1.4 细胞转染 |
| 7.1.5 免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP) |
| 7.1.6 非标定量质谱分析 |
| 7.1.7 生物信息学分析 |
| 7.1.8 免疫荧光和共聚焦实验 |
| 7.2 实验结果 |
| 7.2.1 诱饵蛋白Gn/Gc及其宿主互作蛋白的SDS-PAGE和 Western blot分析 |
| 7.2.2 膜蛋白Gn/Gc宿主互作蛋白的非标定量质谱分析 |
| 7.2.3 膜蛋白Gn/Gc宿主互作蛋白的GO和 KEGG通路富集分析 |
| 7.2.4 膜蛋白Gn/Gc宿主互作蛋白的相互作用网络分析 |
| 7.2.5 间接免疫荧光验证质谱结果 |
| 7.3 讨论 |
| 7.3.1 线粒体 |
| 7.3.2 内质网 |
| 7.3.3 细胞骨架 |
| 7.3.4 外泌体和囊泡 |
| 7.4 小结 |
| 第8章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（8）梯棱羊肚菌生长发育过程及羊肚菌属的组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 羊肚菌及羊肚菌栽培技术 |
| 1.2 羊肚菌生物学研究 |
| 1.2.1 羊肚菌分类与进化 |
| 1.2.2 羊肚菌生理遗传研究 |
| 1.3 真菌基因组学 |
| 1.3.1 真菌基因组研究进展 |
| 1.3.2 羊肚菌的组学研究 |
| 1.3.3 真菌线粒体基因组 |
| 1.4 研究的目的和意义 |
| 第2章 梯棱羊肚菌异宗结合生活史的研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试菌株及单孢群体的制备及培养条件 |
| 2.1.2 大田栽培试验 |
| 2.1.3 DNA及 RNA的提取与处理 |
| 2.1.4 交配型基因特异性引物的设计扩增反应 |
| 2.1.5 基因组测序 |
| 2.1.6 基因组拼接与生物信息学分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 梯棱羊肚菌单孢群体的制备与交配型分析 |
| 2.2.2 梯棱羊肚菌单孢菌株及“杂交”栽培实验 |
| 2.2.3 单孢出菇群体子囊果菌柄组织部位交配型基因分型分析 |
| 2.2.4 F1单孢出菇子实体的F2新一代单孢群体F3交配型分型分析 |
| 2.2.5 梯棱羊肚菌两个不同交配型单孢全基因组测序及功能分析 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 2.3.1 单孢出菇是一种“假性”出菇 |
| 2.3.2 基因组de novo测序拼接与注释 |
| 2.3.3 梯棱羊肚菌的性亲和方式 |
| 第3章 梯棱羊肚菌不同生长发育阶段的转录组分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 菌株的选择与样品处理 |
| 3.1.2 RNA提取 |
| 3.1.3 文库制备与上机测序 |
| 3.1.4 数据处理与生物信息学分析 |
| 3.1.5 RT-PCR定量验证 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 RNA-seq及序列比对 |
| 3.2.2 差异表达分析 |
| 3.2.3 差异表达基因的功能分析 |
| 3.2.4 生长发育阶段的特异性基因分析 |
| 3.2.5 发育相关转录因子调控分析 |
| 3.3 小结与结论 |
| 第4章 梯棱羊肚菌营养生长到生殖生长发育过程的LABEL-FREE蛋白组比较分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料选择与制备 |
| 4.1.2 蛋白提取和前处理 |
| 4.1.3 LC-MS/MS检测和数据分析 |
| 4.1.4 差异表达分析和蛋白功能分析 |
| 4.1.5 RNA提取和q RT-PCR |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 蛋白鉴定和非标定量 |
| 4.2.2 蛋白组理化性质分析 |
| 4.2.3 蛋白的阶段性特异性表达 |
| 4.2.4 CAZYme酶系 |
| 4.2.5 蛋白功能注释 |
| 4.2.6 蛋白的差异表达分析 |
| 4.2.7 TOP20高丰度蛋白在不同发育阶段的表达 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 第5章 羊肚菌属不同物种的基因组测序与DE NOVO组装 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 标本的采集、鉴定及菌株的选择 |
| 5.1.2 测序方案 |
| 5.1.3 基因组de novo拼接 |
| 5.1.4 基因预测 |
| 5.1.5 线粒体基因组的组装和注释 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 供试菌株的选择 |
| 5.2.2 基因组测序 |
| 5.2.3 基因组组装与修正 |
| 5.2.4 基因预测、注释和基因组的完整性评价 |
| 5.2.5 基因组特征性分析:重复序列转座子 |
| 5.2.6 线粒体基因组组装 |
| 5.2.7 线粒体基因注释:ORF、nc ORF、intron |
| 5.2.8 线粒体ncORF的注释 |
| 5.2.9 线粒体基因组重复序列分析 |
| 5.3 小结与讨论 |
| 第6章 羊肚菌属的系统发育及线粒体比较基因组分析 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 数据及来源 |
| 6.1.2 系统发育树的构建 |
| 6.1.3 分歧时间分析 |
| 6.1.4 基因的收缩扩张和共线性分析 |
| 6.1.5 基因的表达量分析 |
| 6.2 结果与讨论 |
| 6.2.1 羊肚菌属不同菌株系统发育树的构建 |
| 6.2.2 羊肚菌属不同物种的分歧时间分析 |
| 6.2.3 基因的扩张与收缩 |
| 6.3 线粒体的进化 |
| 6.3.1 基于线粒体保守基因编码蛋白的系统发育分析 |
| 6.3.2 基于线粒体全基因组DNA序列的系统发育分析 |
| 6.3.3 羊肚菌属线粒体基因组的共线性分析 |
| 6.3.4 线粒体ncORF的进化 |
| 6.4 小结与讨论 |
| 结果与展望 |
| 结果 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ 高丰富蛋白的QRT-PCR引物及注释信息 |
| 附录Ⅱ 羊肚菌属物种标本信息一览 |
| 附录Ⅲ 18个菌株的三代NANOPORE测序数据一览 |
| 附录Ⅳ 博士期间发表文章 |
| 致谢 |
（9）职业性噪声暴露致线粒体损伤及其与心血管系统异常的关联研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略语 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验动物 |
| 1.3 主要仪器和设备 |
| 1.4 主要实验试剂和材料 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 人群研究 |
| 2.1.1 人群调查 |
| 2.1.2 生物样本的采集和处理 |
| 2.1.3 人群血压测量及高血压判定 |
| 2.1.4 人外周血基因组DNA提取 |
| 2.1.5 人外周血基因组mtDNA拷贝数测定 |
| 2.1.6 血浆中线粒体分裂融合蛋白表达测定 |
| 2.2 动物实验 |
| 2.2.1 大鼠饲养与处理 |
| 2.2.2 大鼠样本的采集与处理 |
| 2.2.3 大鼠心肌细胞线粒体膜电位检测 |
| 2.2.4 大鼠心肌组织光镜和电镜观察 |
| 2.2.5 大鼠外周血基因组DNA提取 |
| 2.2.6 大鼠心肌组织DNA提取 |
| 2.2.7 mtDNA拷贝数测定 |
| 2.2.8 大鼠外周血基因组RNA提取 |
| 2.2.9 大鼠心肌组织RNA提取 |
| 2.2.10 线粒体分裂融合基因mRNA表达测定 |
| 2.2.11 大鼠血脂四项检测 |
| 2.2.13 大鼠外周血血浆血管紧张素Ⅱ水平检测 |
| 2.2.14 大鼠心肌组织线粒体分裂融合蛋白水平检测 |
| 3. 统计学方法 |
| 结果与分析 |
| 1. 职业噪声暴露人群血压及线粒体损伤情况及其影响因素 |
| 1.1 研究对象一般人口学特征 |
| 1.2 职业噪声暴露对血压的影响 |
| 1.3 血压水平变化的影响因素分析 |
| 1.4 职业噪声暴露对高血压患病率的影响 |
| 1.5 高血压患病率的影响因素分析 |
| 1.6 职业噪声暴露对外周血基因组mtDNA拷贝数的影响 |
| 1.7 噪声暴露对线粒体融合分裂蛋白表达水平的影响 |
| 1.8 mtDNA拷贝数和MFN2的影响因素分析 |
| 1.9 血压、线粒体分裂融合蛋白与mtDNA拷贝数相关性分析 |
| 2. 噪声暴露对大鼠心血管系统及线粒体的影响 |
| 2.1 噪声暴露对大鼠心血管系统的影响 |
| 2.2 噪声暴露对大鼠心肌细胞结构的影响 |
| 2.3 噪声暴露对大鼠心肌细胞线粒体膜电位的影响 |
| 2.4 噪声暴露对mtDNA拷贝数的影响 |
| 2.5 噪声暴露对线粒体分裂融合基因mRNA表达水平的影响 |
| 2.6 噪声暴露对线粒体分裂融合蛋白表达水平的影响 |
| 讨论与建议 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附件1 攻读学位期间发表论文目录 |
| 附件2 攻读学位期间参加的项目、会议及获得的奖励 |
（10）油菜素内酯对毛竹（Phyllostachys edulis）生长发育的影响及其调控机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩写词 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.1.2 竹亚科植物组学的研究进展 |
| 1.1.3 毛竹快速生长的相关研究进展 |
| 1.1.4 油菜素内酯影响植物生产的主要作用 |
| 1.1.5 油菜素内酯的生物合成途径与信号通路 |
| 1.1.6 油菜素内酯与其他植物激素的相互作用研究进展 |
| 1.1.7 油菜素内酯在毛竹中的研究进展 |
| 1.2 研究目的和意义 |
| 1.3 主要研究内容 |
| 1.4 技术路线 |
| 第二章 油菜素内酯处理快速生长时期毛竹笋的形态学分析 |
| 2.1 取样地概况 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验处理流程 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 原地浇灌处理快速生长时期毛竹笋的形态学分析 |
| 2.3.2 原地注射处理快速生长时期毛竹笋的形态学分析 |
| 2.3.3 浸没处理实验毛竹笋的形态分析 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 油菜素内酯处理毛竹实生苗的形态学分析 |
| 3.1 取样地概况 |
| 3.2 实验材料与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 油菜素内酯处理毛竹实生苗的转录组分析 |
| 4.1 取样地概况 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.2.1 植物培养条件 |
| 4.2.2 植物处理流程 |
| 4.2.3 总RNA提取 |
| 4.2.4 文库建立和高通量测序 |
| 4.2.5 转录组数据的功能富集分析 |
| 4.2.6 测序数据的q-RT PCR验证 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 毛竹幼苗总RNA结果分析 |
| 4.3.2 转录组测序数据比对统计与评估 |
| 4.3.3 基因差异表达分析 |
| 4.3.4 PPZ与BR响应的变化基因分析 |
| 4.3.5 毛竹根部差异表达基因功能富集分析 |
| 4.3.6 毛竹地上部差异表达基因功能富集分析 |
| 4.3.7 毛竹地上部不同条件BR处理的验证与分析 |
| 4.3.8 油菜素内酯与生长素共调节的差异基因分析 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 毛竹中受油菜素内酯调控的基因筛选与验证 |
| 5.1 试验材料 |
| 5.2 试验方法 |
| 5.2.1 差异基因的筛选 |
| 5.2.2 基因的系统进化分析 |
| 5.2.3 基因的表达模式分析 |
| 5.2.4 基因在拟南芥中的克隆与转化 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 基因的生物信息学分析 |
| 5.3.2 基因转化的表型鉴定与分析 |
| 5.3.3 PSBR1亚细胞定位的鉴定与分析 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.1.1 BR显着影响毛竹竹笋期和幼苗期的生长 |
| 6.1.2 外源施加BR主要影响毛竹油菜素内酯合成基因的改变 |
| 6.1.3 BR在毛竹发育过程中主要调节细胞伸长和氧化还原稳态相关基因 |
| 6.1.4 BR与IAA共同参与调节毛竹的生长发育 |
| 6.1.5 PSBR1作为植物生长的负调节因子受到BR的抑制 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间的学术研究 |
| 致谢 |
四、线粒体蛋白组研究进展（论文参考文献）
- [1]石斑鱼杂交后代表型和遗传性状分析[D]. 李振通. 上海海洋大学, 2021
- [2]栀子褐斑病病原菌侵染途径及转录组研究[D]. 周丽. 江西中医药大学, 2021(01)
- [3]艾灸关元穴和仙茅补肾阳，艾灸足三里穴和干姜补脾阳作用及其机制研究[D]. 陈丽梅. 江西中医药大学, 2021(01)
- [4]UVB诱导长春花及白桑次生代谢激活及调控的系统生物学研究[D]. 钟卓珩. 浙江大学, 2021(01)
- [5]SsNSRV-1基因功能及其与核盘菌互作机制研究[D]. 高知枭. 华中农业大学, 2020
- [6]糖尿病肾病蛋白质组学研究进展[J]. 和书航,陈路路,秦亮,戴晓艳,邱凯笛,陈涤凡,王晓东. 中国科学:生命科学, 2021(04)
- [7]病毒样颗粒抗原及克里米亚刚果出血热病毒Gn/Gc宿主相互作用组的研究[D]. 戴诗雨. 中国科学院大学(中国科学院武汉病毒研究所), 2020(02)
- [8]梯棱羊肚菌生长发育过程及羊肚菌属的组学研究[D]. 刘伟. 华中农业大学, 2020(02)
- [9]职业性噪声暴露致线粒体损伤及其与心血管系统异常的关联研究[D]. 方圆. 浙江省医学科学院, 2020(01)
- [10]油菜素内酯对毛竹（Phyllostachys edulis）生长发育的影响及其调控机制研究[D]. 张哲. 福建农林大学, 2020(02)