一、一个Pinacol重排反应的构象分析（论文文献综述）
翟平安[1]（2021）在《基于氧化硫叶立德的硝酮中间体合成及其与烯/炔烃的三组份环加成反应》文中指出长久以来,含氮杂环化合物一直在生物、医药、化工领域扮演着举足轻重的角色,吸引着广大科研工作者对其进行持续多角度的研究。其中同时含有氮、氧原子的五元杂环化合物——异恶唑烷和最小含氮杂环化合物——氮杂环丙烷不仅广泛存在于天然化合物中而且是众多化学药物的核心砌块。因此,本论文主要研究了这两类化合物方便、快速、高效的构建方法。具体内容分为如下两部分:1、无催化剂条件下氧化硫叶立德、芳香亚硝基化合物与烯烃一锅法串联反应制备异恶唑烷。通过单因素变量法优化得到最优反应条件,在此基础上进行底物广普性研究共制备出45种异恶唑烷,最高收率达98%,非对映选择性最高达7:1。然后通过控制实验研究反应机理并提出了一种可能的反应路径。最后对反应进行的放大试验和对异恶唑烷的进一步衍生试验均获得了满意的结果。2、无催化剂条件下氧化硫叶立德、芳香亚硝基化合物与末端炔烃一锅法串联反应制备氮杂环丙烷。通过单因素变量法优化得到最优反应条件,并在此基础上对底物广普性进行考察,共制备出29种氮杂环丙烷,最高收率达89%,非对映选择性最高达6.6:1。然后通过控制实验研究反应详细机制并提出了一种可能的反应路径,解释反应选择性差异原因。最后对反应进行放大试验和氮杂环丙烷的开环反应研究均取得满意的结果。
李春翼[2]（2021）在《物理加工对麦醇溶蛋白-芦丁相互作用及其复合物乳液特性的影响》文中指出鉴于荞麦和小麦在日常生活中的混合食用以及多谷物产品的出现,麦醇溶蛋白（gliadin,G）与芦丁（rutin,R）不可避免地有相互作用的存在。加工条件是食品生产加工过程中至关重要的一环。温度、动态高压微射流和超声对蛋白质的理化功能性质有着非常重要的影响,同时蛋白质与其他物质的相互作用也不可避免地受到上述条件的影响。因此,本文探究了不同热加工温度、不同动态高压微射流处理压力和不同超声功率条件下G与R的相互作用机制及G-R复合物结构与功能特性。本研究为开发富含生物活性物质的高蛋白食品提供理论依据和指导意义。研究内容及结果总结如下:（1）采用反溶剂法制备G与R的复合物（质量比为10:1）后进行热诱导处理（25℃、60℃、80℃、100℃,30 min）,测定荧光光谱、紫外可见分光光谱、红外光谱、拉曼光谱以探究热诱导作用下麦醇溶蛋白与芦丁的相互作用机制。同时测定了样品的粒径电位、表面疏水性、热稳定性和微观结构。结果表明,在所有温度条件下芦丁对麦醇溶蛋白的荧光猝灭方式为动、静态结合猝灭;G与R复合后,蛋白质荧光团周围的二级、三级结构以及微环境发生改变;gauche-gauche-trans构象含量下降,而tauche-gauche-tauche构象含量增加;热诱导导致聚集现象的发生,热稳定性下降,网络结构更致密,孔隙增多。（2）使用均质乳化法制备Pickering乳液,油（大豆油）/水比为5:9（v/v）,研究乳液的形成及性能。结果表明,荷载芦丁后,80℃条件下的乳液具有更高的黏度及更强的凝胶性,乳化活性与乳化稳定性均高于其余样品组;80℃条件下,连续相中蛋白粒子的连续网络结构稳定了乳液。（3）上述反溶剂法制备的麦醇溶蛋白与芦丁复合物经动态高压微射流（dynamic high-pressure microfluidization;DHPM）处理（0 MPa、40 MPa、80 MPa、120 MPa、160 MPa,2次）后,测定理化指标（表面疏水性、粒径电位、游离巯基）,采用FTIR、拉曼光谱、扫描电镜、差示扫描量热法等技术探究R与DHPM联合对G结构、理化特性的影响。结果显示,芦丁改变了蛋白质色氨酸、酪氨酸的微环境,并导致蛋白二级结构的重排。当压力从0 MPa增加至160 MPa,二硫键构型中的gauche-gauche-gauche与trans-gauche-trans构象含量增加,gauche-gauche-tauche构象含量减少,粒径显着减小,游离巯基、表面疏水性（H0）含量增加,热稳定性有所提高。（4）使用均质乳化法制备Pickering乳液,油（大豆油）/水比为1:1（v/v）,研究乳液的形成及性能。荷载芦丁后120 MPa条件下的乳液具有更高的黏度及更强的凝胶性,乳化电位均高于其余样品组,该条件下形成的乳液稳定性较高,连续相中蛋白粒子较多地吸附于油滴表面。（5）复合物经超声处理（0 W、150 W、300 W、450 W、600 W,20 min）后采用多光谱技术及多种理化指标探究R与超声处理联合对G结构、功能特性的变化。低功率条件下颗粒尺寸逐渐减小,电位与表面疏水性没有显着变化,溶解度提高。超声处理使蛋白质结构暴露,进而引起蛋白质色氨酸、酪氨酸残基的微环境发生变化,并引起G二级结构的重排。经过超声处理均出现均匀致密的蜂窝状。G-R在界面张力方面表现出更明显的下降。（6）使用均质乳化法制备Pickering乳液,油（大豆油）/水比为3:5（v/v）,研究乳液的形成及性能。所有经超声处理后的复合物稳定的乳化液的绝对ζ-电位值均显着提高电负性较大。超声处理可增强G与R的相互作用,提高乳化液的稳定性以及凝胶特性。超声功率为450 W时,乳液具有更高的黏度及更强的凝胶性,乳化电位均高于其余样品组。
姜士田[3]（2021）在《光诱导反应合成异吲哚酮桥连环七肽及量子化学计算研究》文中研究表明环肽作为自然界中最重要的生物分子之一,由于其结构多样、固有毒性低、对结合蛋白靶点的选择性和亲和力高、功能丰富而备受关注。与其线性对应物相比,由于缺乏氨基末端和羧基末端,它们有助于抗外肽酶水解,具有极高的稳定性、更强的细胞通透性和很好的生物活性,使它们成为药物发现的宝贵资源。本文旨在通过筛选具有抗肿瘤活性的天然环肽,通过光诱导单电子转移反应合成其天然环肽类似物,研究改造后的环肽类似物的抗肿瘤活性差异及立体结构特点,筛选高活性抗肿瘤化合物,并研究其构效关系。首先以一种抗肿瘤活性天然环肽Yunnanin A为先导物,通过分子内光诱导单电子转移反应合成改造得到了它的类似物,采用圆二色谱联合理论计算确定了其立体结构,并采用MTT法进行了抗肿瘤活性的研究。而后,以一种天然抗肿瘤环肽Phakellistatin 13为先导物,通过分子内光诱导SET反应合成了一系列Phakellistatin 13的类似物,通过改变先导物Phakellistatin 13中氨基酸残基的构型、连接顺序和邻苯二甲酰亚胺片段插入的位置,研究对其生物活性造成的影响。而后对此类Phakellistatin 13类似物进行了MTT生物活性测试,采用圆二色谱联合理论计算对他们的立体结构进行了研究。此外,基于对环肽化合物手性位置绝对构型的研究,本文还计划通过圆二色谱联合量子化学计算得到一些具有手性环结构小分子药物的手性信息,探索具有手性环结构化合物的研究方法。在此基础上,通过量子化学计算,得到这些分子详细的电子和结构信息。为此,选择了克唑替尼和劳拉替尼这两个针对非小细胞肺癌的靶向治疗手性药物,通过构象搜索,得到的低能构象使用DFT/B3LYP/6-311++G（d,p）方法计算此分子的几何结构、Mulliken电荷分布、分子静电势、振动频率、红外强度、ECD谱、1H和13C-NMR光谱等性质,并与实验结果进行比较。最后,对它们进行了前线分子轨道（FMOs）分析和整体反应性指数性质研究。
吴志祥[4]（2021）在《嗜热脂肪芽孢杆菌DNA加合物损伤与其相关APE1修复蛋白抑制剂的研究》文中指出癌症已经成为威胁人类健康的主要公共卫生问题,细胞内基因组DNA受到内源或外源物理化学因素的损伤,遗传物质复制的准确性与稳定性遭到破坏是诱发癌症的主要原因之一。烷化剂是一类具有高度活泼化学性质的化合物,能够与DNA中富电子基团发生共价结合造成烷基化损伤。多环芳烃（polycyclic aromatic hydrocarbons,PAHs）是一类常见的烷基化损伤物质,极强的致癌性引起了人们的广泛注意。在本文第一部分,基于DNA复制损伤模式菌株,嗜热脂肪芽孢杆菌（Bacillus stearothermophilus,B.stearothermophilus）的高保真DNA聚合酶,研究了代表性多环芳烃类化合物苯并[α]芘（benzo[α]pyrene,BP）阻断DNA复制的潜在分子机制。作为DNA烷基化损伤最主要的修复途径之一,碱基切除修复（base-excision repair,BER）通路确保了基因组的完整性。脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1（apurinic/apyrimidinic endonuclease 1,APE1）作为人类BER通路的核心修复蛋白,其高度活化与肿瘤细胞的放化疗耐药密切相关。本文第二、第三部分则分别就APE1的结构与功能关系、微生物来源的抑制剂筛选等开展了理论研究。针对嗜热脂肪芽孢杆菌DNA聚合酶I大片段（Bacillus fragment,BF）结合正常DNA与BP修饰DNA双链体系的两种复合物,对比分子动力学（Molecular dynamics,MD）模拟结果表明,BP基团以特殊的垂直构象整合到DNA碱基配对的环境中,该构象占据了核苷酸原料插入所必需的空间,诱导局部氢键发生重排,从而削弱了BF聚合酶与DNA双链之间的结合,并最终使得DNA双螺旋结构发生严重扭曲。后续对两个体系进行了结合自由能计算与局部构象分析,发现由K551、E620、N625、I628、E631、Y714和D830等关键残基构成的功能性loop运动扩大了DNA结合空腔,这是导致BF聚合酶与DNA双链之间亲和力降低的重要原因。基于金属中心参数生成器（Metal center parameter builder,MCPB）方法获得金属力场参数,用MD模拟研究了金属离子(Mg2+/Ni2+)调控APE1核酸内切酶活性的潜在分子机制。主成分分析与氢键结果显示,Ni2+明显扰乱了DNA结合相关loop区的功能性开合运动,削弱了金属活性位点的柔性转化能力,导致亲核水分子的丢失。另外,活性中心的构象分析对单个Mg2+位点的无序性也给出了合理的解释,表明D70的摆动是调控Mg2+/Ni2+活性位点构象、配位变化以及APE1催化活性的关键因素。最后,本文建立了一个包含866个微生物次级代谢产物的数据库,将其用于APE1抑制剂的虚拟筛选,最终得到了10个打分函数最高的候选化合物,这些候选化合物为此前从未报道过的脂肽类化合物,大致包含两类多肽骨架。
王启明[5]（2020）在《基于pH/氯化钠调控的麦醇溶蛋白—槲皮素复合物制备及其Pickering乳液特性研究》文中提出近年来,食品工业中新型复合食品体系的需求量逐渐增加,功能性配料（多酚、多糖、磷脂等）对食品成分理化功能性质的影响引起人们的极大兴趣。食品组分间通过复杂的相互作用形成复合颗粒结构,可操控食品结构（如乳液、泡沫体系等）的形成。pH和离子强度是影响蛋白质理化功能性质的重要因素,同时也影响着蛋白质与其他物质的相互作用。因此,本研究探究了不同pH和NaCl浓度下麦醇溶蛋白（Gliadin,G）与槲皮素（Quercetin,Q）的相互作用机制及复合物结构特性,并测定了麦醇溶蛋白荷载槲皮素前后表面疏水性、热稳定性、起泡性等,初步研究蛋白及其复合颗粒形成乳液的流变学行为和微观结构,为开发富含生物活性物质的高蛋白食品提供理论基础。主要研究内容及结果如下:（1）在实验室前期试验基础上,选择麦醇溶蛋白与槲皮素摩尔浓度比为10:1时制备pH 2.0～9.0的复合物,利用荧光光谱（FL）、紫外光谱（UV-vis）、红外光谱（FTIR）、拉曼光谱等多光谱技术探究麦醇溶蛋白与槲皮素的相互作用机制。结果表明,在所有pH条件下槲皮素对麦醇溶蛋白的荧光猝灭方式为动、静态结合,且pH 2.0～4.0条件下主要是疏水相互作用,pH 5.0～9.0条件下是氢键和范德华力。与槲皮素复合后,蛋白质荧光团周围的二级和三级结构发生变化,微环境发生变化。gauche-gauche-trans构象含量增加,而gauche-gauche-gauche构象含量降低,在pH 5.0时β-转角和无规卷曲含量到α-螺旋和β-折叠含量的转变可能会降低蛋白的致敏性。（2）对不同pH条件下的蛋白及其复合物的微观结构、表面疏水性、热稳定性等进行测定。扫描电镜（SEM）分析结果表明,随着pH的增加,蛋白更易形成紧凑和致密的网络结构;差示扫描量热（DSC）分析结果表明,pH 5.0条件下麦醇溶蛋白的变性峰更窄。（3）采用均质乳化法制备乳液,粒子浓度为5.0 mg/mL,油相为大豆油,油/水比为50%（v/v）,研究pH 3.0、pH 5.0条件下乳液的形成及性能。荷载槲皮素后pH 5.0条件下的乳液具有更高的黏度及更强的凝胶性,乳液在90 d的储藏过程中,均未出现油析现象,pH 3.0条件下,连续相中蛋白粒子的连续网络结构稳定了乳液;而pH 5.0条件下,吸附在油滴界面的颗粒间的相互作用及油滴之间的相互作用稳定了乳液。（4）在麦醇溶蛋白与槲皮素摩尔浓度比为10:1时制备不同NaCl浓度（0 mM、10 mM、20 mM、50 mM、100 mM、200 mM）条件下的复合物,利用FL、UV-vis、FTIR等多光谱技术探究麦醇溶蛋白与槲皮素的相互作用机制。当NaCl浓度为20mM时槲皮素对麦醇溶蛋白的猝灭模式为静态猝灭,其他NaCl浓度下为动、静态结合猝灭,且不同NaCl浓度下麦醇溶蛋白与槲皮素的作用力有氢键、静电相互作用和疏水相互作用。槲皮素改变了蛋白质色氨酸、酪氨酸的微环境,并导致蛋白二级结构的重排。NaCl浓度的增加,使得trans-gauche-trans构象含量增加,gauche-gauche-gauche构象含量降低。荷载槲皮素后,gauche-gauche-gauche构象消失。（5）对不同NaCl浓度下的蛋白及其复合物的微观结构、表面疏水性、热稳定性等进行测定。SEM结果表明,离子的引入使蛋白结构由层状变成多孔状,但过量离子会聚集、堆积在蛋白表面,不利于其分散再利用;DSC结果表明,离子的引入使蛋白热稳定性降低,但在高NaCl浓度下,复合物热稳定性高于蛋白。（6）采用均质乳化法制备乳液,粒子浓度为5.0 mg/mL,油相为大豆油,油/水比为50%（v/v）,研究NaCl浓度为0 mM、50 mM时乳液的形成及性能。所有测试乳液中,复合颗粒稳定的乳液具有更高的黏度及更强的凝胶性。激光共聚焦显微镜观察结果显示,NaCl浓度为50 mM的乳液有更多的颗粒稳定油-水界面,乳液形成紧密堆积结构。
张阳[6]（2020）在《组蛋白去乙酰化酶选择性抑制剂结合机理探究》文中研究表明由于表观遗传修饰机制的不断揭示,作为关键调控因子,组蛋白去乙酰化酶（histone deacetylase,HDACs）在体内多种生物学进程中发挥的功能也引起了广泛的关注,并发现其异常表达与多种疾病的发生发展密切相关,尤其是癌症,神经系统疾病。随着,组蛋白去乙酰化酶抑制剂（histone deacetylase inhibitor,HDACsi）被美国FDA批准用于皮肤T细胞淋巴瘤及外周T细胞淋巴瘤的临床治疗后,HDACsi的研发成为药物化学研究领域的热点,并表现出广阔的发展前景。但随着广谱抑制剂在临床治疗中表现出的严重不良反应,限制了其在临床上的应用,这也吸引了研究人员设计研发HDAC选择性抑制剂。本研究通过分子动力学模拟,并基于分子动力学平衡模拟轨迹的能量分析,构象分析从分子层面系统探究了HDAC1、HDAC6和HDAC8三个亚型与选择性抑制剂之间的作用模式,旨在为快速设计亚型选择性HDACsi提供理论基础。1.环肽类HDAC抑制剂FK228选择性抑制HDAC1的机制探究。选取FK228为代表性配体,采用分子对接,分子动力学模拟和氨基酸分解自由能等计算方法,探究FK228在HDAC1和HDAC6中作用模式的差异性。结果表明,两次分子模拟结果基本保持一致,且结果可靠,并发现在分子动力学模拟过程中,FK228可以在HDAC1中稳定结合,能够维持ZBG基团与金属锌离子的螯合作用,而在HDAC6中,FK228在结合位点处发生较大偏转,尤其是ZBG基团的空间位移,导致ZBG远离了酶催化中心,不能有效螯合HDAC6活性口袋底部的锌离子。此外,HDAC1在动力学模拟过程中形成的亚口袋能够很好地容纳Cap基团,对于维持FK228的结合构象十分重要。2.TSA对映异构体在HDAC1和HDAC6中结合模式的探究。以TSA对映异构体为配体,通过分子对接方法获得其在HDAC1和HDAC6中的初始构象,并通过分子动力学模拟方法研究了R-TSA对HDAC1和HDAC6的广谱抑制机理及S-TSA对HDAC6的选择性抑制作用机制。通过对接构象分析发现由于分子存在手性中心,初始构象中的Cap基团朝向不同,并通过残基能量贡献分析发现4个保守氨基酸（H134/H134,H171/H174,D169/D172和D257/D265）和2个非保守氨基酸（G200/M205和Y197/F202）对S-TSA在HDAC1和HDAC6之间存在抑制活性差异起着决定性作用,尤其是位于Loop3上的非保守氨基酸。3.新型HDAC6抑制剂-BRD9757选择性酶抑制活性机制研究。目前,普遍认为修饰Cap基团可以提高化合物对HDAC6的选择抑制活性,而BRD9757作为HDAC6选择性抑制剂却无Cap结构,基于此,通过分子对接和分子动力学模拟探究了此化合物在HDAC1和HDAC6中的结合构象,并通过分析发现,由于亚型口袋的理化性质存在差异,导致BRD9757在结合位点上与关键氨基酸作用存在差异性,其中HDAC1上的H171和Y296在分子动力学模拟过程中与BRD9757相对空间位置发生改变,影响了配体与受体的相互作用,并影响了配体在HDAC1口袋中的稳定结合,进而导致ZBG与金属锌离子的螯合作用降低。而在HDAC6受体中,能够与相应位点氨基酸维持较强的相互作用,使分子在活性口袋中稳定结合,保障了ZBG基团与锌离子的螯合作用,从而实现对HDAC6较强的酶抑制活性。4.Cap修饰影响对HDAC8抑制活性的机理研究。HDAC8和HDAC1同属Ⅰ类HDACs,对Cap基团修饰比较敏感。通过选择具有不同Cap修饰的小分子建立研究体系,通过对分子动力学平衡模拟轨迹的能量分析和构象分析,发现位于活性口袋边缘上的MET261和TYR293,以及位于活性口袋底部的ASP165,HIE167和ASP254对于小分子在活性位点的结合至关重要,并且,研究发现具有较大刚性Cap基团的小分子对HDAC8的抑制活性较强,有利于维持分子在作用位点的稳定结合,保证与金属锌离子的有效螯合作用。本研究主要侧重3个具有代表性的HDAC亚型,探究了其选择性抑制剂的结合模式,并分析了发挥选择性抑制作用的潜在机制,为选择性HDAC抑制剂的设计提供了理论依据。
于淑惠[7]（2020）在《顺式肽键发生机制及其模式蛋白功能效应研究》文中提出蛋白质主骨架链中,由于肽键-CO-NH-被认为具有部分刚性的性质,不能自由旋转,迫使以肽键为旋转轴的二面角（ω）只能在0°或者180°的附近转动。ω为0°时被称为顺式肽键,而当ω为180°时称为反式肽键。反式肽键的构象相对稳定,而顺式肽键的构象相对不稳定,因而一般情况下蛋白质主骨架上肽键都呈反式构象,而顺式肽键发生频率较低。任意两个氨基酸形成的肽键的反式肽键与顺式肽键之间的转换（肽键顺反异构）有着确定的顺式肽键发生频率（ICPB）,蛋白质构象和功能与ICPB值相关。氨基酸替换突变会导致蛋白质分子局部位点的ICPB值改变,从而导致生物体内相应的蛋白质构象与功能改变。因此,探讨蛋白质主链骨架上不同肽键ICPB发生与分布的规律,对揭示蛋白质结构与功能之间的关系具有重要的意义。通常情况下ICPB值不大,而肽键异构化又是一个动态变化过程,用X-射线衍射晶体技术、核磁共振、扫描三维电镜等传统方法很难捕捉到顺式肽键的构象。因此,本论文首先从理论上推导出了蛋白质主骨架上肽键扭转角（ω）与相邻α碳原子之间距离（d）的函数关系。利用PDB数据库建立非冗余数据集,从中提取其顺式肽键数据,统计出不同肽键的ICPB值并总结出不同氨基酸残基ICPB的规律。然后,利用分子模拟的方法创建了20种二肽的分子结构模型,动力学模拟了肽键的顺反异构过程中的自由能的变化,分析了其与各自的ICPB之间的变化规律。最后,以β-catenin作为模式蛋白,通过点突变方法构建不同ICPB值的β-catenin（Xaa246-P247）表达载体,并将这些载体导入到Pin1表达阳性的肝癌细胞株（hep G2）中,观测不同β-catenin（Xaa246-P247）分子与APC、E-cadherin之间的相互作用,以及不同β-catenin（Xaa246-P247）分子在hep G2中的亚定位水平,探讨β-catenin（Xaa246-P247）位点ICPB值与β-catenin亚细胞定位之间的效应关系。获得的主要研究结果如下:（1）在我们的数据集中,顺式肽键占肽键总数的0.33%,顺式肽键多出现在与脯氨酸（proline,P）相关联的肽键上,其中Xaa-P顺式肽键占总顺式肽键数的73%;不同Xaa种类对Xaa-P顺式肽键发生率的影响不同,当Xaa为酪氨酸（Y）、色氨酸（W）等芳香族氨基酸时,Xaa-P具有相对较高的ICPB值。当Xaa为亮氨酸（L）、甲硫氨酸（M）等残基时,ICPB值相对较低;除了很少一部分的顺式肽键分布在脯氨酸-色氨酸、色氨酸-丙氨酸、半胱氨酸-半胱氨酸、甘氨酸-甘氨酸的残基片段上之外,顺式肽键在一般情况下很少出现在与脯氨酸无关的肽键（Xaa-Xn P）上;从顺式肽键发生的部位来看,一般发生在蛋白质二级结构的柔性区域中,即α-螺旋C端,β-折叠的N端和无规则卷曲。（2）20种肽键基本都在反式情况下取得最小自由能,处于稳定状态,二面角在区间[-180°,-170°]或者[170°,180°]。自由能的最小值大多数分布在区间[0,17]kcal/mol。顺式肽键的自由能最小值的二面角大多分布在区间[10°,25°],对应的自由能值[1,49]kcal/mol。总体顺式肽键的自由能值大于反式肽键的自由能值。20种肽键的能量峰值多出现在二面角为[-110°,-60°]区间和[80°,110°]区间,对应的自由能值多分布在区间[25,55]kcal/mol和[20,40]kcal/mol。特别的是,E-P,P-P,N-P,Q-P的自由能差距比较大。从分子模拟的结果来看,肽键的ICPB值与其顺反异构构型能差和能垒都有关,是氨基酸残基结构,带电性,极性等共同作用的结果。ICPB值就反映了这些因素共同作用的结果。（3）我们实验结果表明β-catenin分子上Xaa246-P247的ICPB值改变是改变β-catenin/APC、β-catenin/E-cadherin之间相互作用的原因,并最终影响β-catenin分子在hep G2中的亚细胞定位。在hep G2细胞（真核细胞）中,β-catenin分子上Xaa246-P247位点的ICPB值与β-catenin的亚细胞定位之间,存在着一定的效应关系。本研究结果对揭示蛋白质肽键顺反异构规律及其对生命活动的调节具有重要的意义。此外,由于蛋白质的折叠与去折叠过程也与肽键顺反异构有关,因而利用ICPB规律还可以预测蛋白质结构,指导新功能蛋白质合成及多肽类新药的设计。
石亚欣[8]（2020）在《双四苯乙烯基二酮的合成与光物理性质研究》文中提出1-苯基-2,4,5-四苯乙烯基-1H-咪唑（3TPEI）是一种具有应用潜力的蓝光OLED小分子,具有优越的光物理性质和电化学性质。双四苯乙烯基二酮化合物则是合成这种蓝光OLED分子3TPEI的关键原料。然而,目前仅有一篇文献报道了双四苯乙烯基二酮化合物的合成方法,且该方法存在各种不足之处。例如:需要使用难以制备的原料,需要使用危险有毒的试剂,操作复杂,反应条件苛刻等。如果能够从廉价易得的原料出发,通过简单的反应快捷地合成双四苯乙烯基二酮化合物,将具有十分重要的现实意义和理论意义。本文首次利用F-C-酰基化反应,一步合成了结构不同的双四苯乙烯基二酮化合物。由于这些双四苯乙烯基二酮化合物具有四苯乙烯基这一典型的聚集诱导发光基团,并且之前从未有人研究过这类化合物的光物理性质,因此本论文系统地研究了它们的聚集诱导发光效应、溶致变色效应、机械变色效应这些光物理性质。研究表明:双四苯乙烯基二酮化合物具有显着的聚集诱导发光效应。低的含水量（fw,10%-40%）即可使其在THF溶液中达到最大荧光值。达到最大荧光值所需的fw与双四苯乙烯基二酮化合物中的二羰基链的结构有如下关系:刚性链（丁烯二酰基,fw=10%）<柔性长链（丁二羰基,fw=20%）<柔性长链（戊二羰基,fw=30%）<短链（连二酰基,fw=40%）。这一顺序与双四苯乙烯基二酮化合物的不同极性和不同构像有关。研究还表明:双四苯乙烯基二酮化合物还具有显着的溶致变色效应和一定的机械变色效应。
胡天泽[9]（2020）在《分子结构变化调控自组装结构及形成机理》文中进行了进一步梳理明晰结构–性能之间的关系是晶体、超分子等材料的设计与开发的关键。对于分子晶体来说,不仅需对分子间相互作用有透彻的理解,而且还需在此基础上创造出具有特定性能的组装结构。扫描隧道显微镜（STM）是从分子及原子层面表征分子自组装结构的强有力手段。为此,本文通过改变分子结构、侧链长度和官能团,探究分子结构变化对分子间弱相互作用及分子的组装堆积结构的影响。结合不同的量化分析及理论计算揭示分子结构设计在调控分子间弱相互作用的重要性。主要内容如下:（1）设计合成了一系列不同侧链长度的双取代蒽醌衍生物（A-OCn,n=3–18）。随着链长的增长,晶体制备越来越困难,但分子更易在HOPG基底形成稳定的二维自组装结构。我们利用XRD和STM分别探究了短碳链的A-OCn（n=1,3–6）分子的三维晶体结构和长碳链A-OCn（n=7–18）分子的二维自组装结构。晶体结构分析发现,仅在A-OC3晶体结构中观察到烷氧基的氧参与分子间氢键的形成,且为该晶体结构中最强的氢键作用。此现象表明侧链长度不仅影响氢键的强度,而且决定氢键的成键位点。从二维自组装结果发现,自组装结构随侧链长度变化呈现出明显的奇偶效应。（2）通过DSC进一步分析碳链长度对物质熔点的影响。结果表明随碳链长度增加分子熔点先交替降低,在A-OC8时熔点最低,然后熔点缓慢交替上升。基于分子的三维堆积结构,通过可视化方法Hirshfled surface、能量框架分析,同时采用了分子间相互作用能分解的量化方式分析分子间弱相互作用能的变化,发现分子间氢键的减弱是熔点降低的主要原因。基于分子的二维自组装结构、堆积密度和熔点的变化可知,熔点缓慢上升的原因是侧链的增长增强了烷基链之间的范德华力从而稳定了分子的堆积结构。即熔点的缓慢上升是由范德华力增强主导的。（3）二噻并[2,3-d:2’,3’-d’]苯并[1,2-b:4,5-b’]二噻吩（DTBDT）作为一种很有前景的聚合物给体基元,其结构的修饰对太阳能电池的功率转换效率（PCE）的增强至关重要。DTBDT上引入卤原子可以改善分子的排列有序性,提高结晶度,最终获得高的PCE性能。分子间非共价相互作用可导致结晶度的差异,但聚合物的堆积结构难以确定。因此,我们设计了小分子H-DTBDT和Br-DTBDT。利用STM技术发现两种分子的自组装结构有序度有明显的差异。密度泛函理论和电子密度的拓扑分析证实了分子间Br···S卤键的形成是导致Br-DTBDT具有高度有序自组装结构的主要原因。本工作阐明了溴原子对自组装行为的影响,对高性能有机半导体和超分子材料的设计具有重要意义。
李晓军[10]（2018）在《Hamigerans和Gukulenins类天然产物的全合成研究》文中研究表明第一部分:hamigerans的全合成研究发展出一条统一的汇聚式合成路线完成了hamigerans家族10个天然产物的首次全合成。通过Semipinacol重排构建全碳季碳手性中心,与芳环片段发生连续的Suzuki-Miyaura和McMurry偶联可以高效制备5-6-6三环骨架。探索四取代烯烃的选择性氢化可以高效构建C5及C6位连续手性中心,随后通过氧化就可以完成hamigeran B的形式合成（17%,13 steps）。从三环出发探索直接扩环未取得理想结果,随后我们改变策略,经过氧化切断、增碳以及分子内aldol反应可以构建5-7-6三环骨架,以20步8.4%的产率完成hamigeran G的首次全合成。受到生源合成的启发,将hamigeran G与合适的氨基酸作用可以完成hamigeran D,N-Q及其相应C18异构体的合成（1.2%-2.3%,21 steps）,hamigeran G经氧化切断可以完成hamigeran L的合成（2.4%,24 steps）,该部分工作实现了hamigerans类天然产物的首次多样性全合成。第二部分:gukulenins的合成研究。期望利用环丙烷化-开环策略构筑环庚三烯酚酮环,并用于gukulenins单体和二聚体的合成中。基于第一部分的工作,以Suzuki-Miyaura,McMurry偶联及四取代烯烃的选择性氢化为关键反应,以8步29%的收率完成5-6-6三环的构筑,从三环化合物出发考察不同的甲基化方法,选择甲酰化、还原的方式引入甲基,氧化去芳构化后,与三种不同的环丙烷化试剂作用得到三种5-6-6-3四环化合物。接下来对环丙烷开环反应进行了详细探究,但该反应的研究暂未取得很好的进展,相关的工作还在进行中,该部分工作可以对gukulenins的全合成提供一定的参考。
二、一个Pinacol重排反应的构象分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、一个Pinacol重排反应的构象分析（论文提纲范文）
（1）基于氧化硫叶立德的硝酮中间体合成及其与烯/炔烃的三组份环加成反应（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 异恶唑烷的合成 |
| 1.2.1 (2+2+1)型 |
| 1.2.2 (3+2)型 |
| 1.2.3 分子内环化 |
| 1.3 氮杂环丙烷合成 |
| 1.3.1 亚胺参与的氮杂环丙烷合成 |
| 1.3.2 氮宾参与的氮杂环丙烷合成 |
| 1.3.3 通过重排合成氮杂环丙烷 |
| 1.4 课题设计与提出 |
| 第2章 异恶唑烷合成研究 |
| 2.1 结构确定 |
| 2.2 反应体系的优化 |
| 2.2.1 溶剂种类的筛选 |
| 2.2.2 溶剂用量的筛选 |
| 2.2.3 反应温度的筛选 |
| 2.2.4 反应时间的筛选 |
| 2.2.5 物料配比的筛选 |
| 2.2.6 最优反应条件的确定 |
| 2.3 底物扩展 |
| 2.3.1 氧化硫叶立德广普性探究 |
| 2.3.2 芳香亚硝基化合物广普性探究 |
| 2.3.3 烯烃广普性探究 |
| 2.4 反应应用研究 |
| 2.5 反应机理研究 |
| 2.6 本章小结 |
| 第3章 氮杂环丙烷合成研究 |
| 3.1 结构的确定 |
| 3.2 反应体系的优化 |
| 3.2.1 溶剂种类的筛选 |
| 3.2.2 溶剂用量的筛选 |
| 3.2.3 反应温度的筛选 |
| 3.2.4 反应时间的筛选 |
| 3.2.5 物料配比的筛选 |
| 3.2.6 最优反应条件的确定 |
| 3.3 底物广普性考察 |
| 3.3.1 氧化硫叶立德广普性探究 |
| 3.3.2 芳香亚硝基化合物广普性探究 |
| 3.3.3 炔烃广普性探究 |
| 3.4 反应应用研究 |
| 3.5 反应机理研究 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 实验部分 |
| 4.1 仪器与试剂 |
| 4.2 底物的合成 |
| 4.2.1 氧化硫叶立德及衍生物的合成 |
| 4.2.2 亚硝基苯及衍生物的合成 |
| 4.2.3 苯乙烯及衍生物的合成 |
| 4.2.4 苯乙炔及衍生物的合成 |
| 4.3 目标产物合成操作步骤 |
| 4.3.1 异恶唑烷的合成 |
| 4.3.2 氮杂环丙烷的合成 |
| 4.4 异恶唑烷衍生实验 |
| 4.4.1 化合物2-1的合成 |
| 4.4.2 化合物2-2的合成 |
| 4.4.3 化合物2-3的合成 |
| 4.4.4 化合物2-4的合成 |
| 4.4.5 化合物3-1的合成 |
| 4.5 化合物的数据解析 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附录 |
（2）物理加工对麦醇溶蛋白-芦丁相互作用及其复合物乳液特性的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 麦醇溶蛋白 |
| 1.1.1 麦醇溶蛋白的组成和结构特性 |
| 1.1.2 麦醇溶蛋白的功能特性 |
| 1.2 芦丁 |
| 1.2.1 芦丁的组成与结构性质 |
| 1.2.2 芦丁的生物活性 |
| 1.3 蛋白质与植物多酚相互作用 |
| 1.4 物理加工与多酚的加入对蛋白质的影响 |
| 1.5 蛋白质/植物多酚稳定的Pickering乳液 |
| 1.6 本课题研究意义及主要研究内容 |
| 1.6.1 研究意义 |
| 1.6.2 主要研究内容 |
| 第2章 热诱导对麦醇溶蛋白-芦丁相互作用及其复合物乳液特性的影响 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与仪器 |
| 2.2.1 材料与试剂 |
| 2.2.2 仪器设备 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 样品制备 |
| 2.3.2 粒径电位测定 |
| 2.3.3 表面疏水性测定 |
| 2.3.4 荧光光谱测定 |
| 2.3.5 同步光谱测定 |
| 2.3.6 紫外光谱测定 |
| 2.3.7 红外光谱测定 |
| 2.3.8 拉曼光谱测定 |
| 2.3.9 扫描电镜测定 |
| 2.3.10 差示扫描量热法测定 |
| 2.3.11 乳液制备 |
| 2.3.12 乳化活性与乳化稳定性 |
| 2.3.13 乳液微观结构 |
| 2.3.14 乳液流变学特性测定 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 粒径电位分析 |
| 2.4.2 表面疏水性分析 |
| 2.4.3 内源荧光分析 |
| 2.4.4 同步荧光光谱测定 |
| 2.4.5 紫外可见分光光谱分析 |
| 2.4.6 傅里叶红外变换光谱测定 |
| 2.4.7 拉曼光谱分析 |
| 2.4.8 二硫键构象分析 |
| 2.4.9 微观结构分析 |
| 2.4.10 热稳定性分析 |
| 2.4.11 乳化活性和乳化稳定性分析 |
| 2.4.12 激光共聚焦显微镜观察 |
| 2.4.13 光学显微镜观察 |
| 2.4.14 黏度曲线分析 |
| 2.4.15 振幅扫描曲线分析 |
| 2.4.16 频率扫描曲线分析 |
| 2.5 本章小结 |
| 第3章 动态高压微射流对麦醇溶蛋白-芦丁复合物及其乳液特性的影响 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与仪器 |
| 3.2.1 材料与试剂 |
| 3.2.2 仪器设备 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 样品制备 |
| 3.3.2 粒径电位测定 |
| 3.3.3 表面疏水性测定 |
| 3.3.4 游离巯基含量变化分析 |
| 3.3.5 红外光谱 |
| 3.3.6 拉曼光谱 |
| 3.3.7 扫描电镜观察 |
| 3.3.8 差示扫描量热法 |
| 3.3.9 乳液制备 |
| 3.3.10 乳液电位测定 |
| 3.3.11 乳液微观结构观测 |
| 3.3.12 乳液流变学性质测定 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 粒径电位分析 |
| 3.4.2 表面疏水性分析 |
| 3.4.3 游离巯基含量变化分析 |
| 3.4.4 红外光谱分析 |
| 3.4.5 拉曼光谱分析 |
| 3.4.6 微观结构观测 |
| 3.4.7 热稳定性分析 |
| 3.4.8 乳化活性与乳化稳定性分析 |
| 3.4.9 乳液电位分析 |
| 3.4.10 乳液微观结构分析 |
| 3.4.11 流变学特性分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 超声处理对麦醇溶蛋白-芦丁复合物及其乳液特性的影响 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与仪器 |
| 4.2.1 材料与试剂 |
| 4.2.2 仪器设备 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 样品制备 |
| 4.3.2 粒径电位测定 |
| 4.3.3 表面疏水性测定 |
| 4.3.4 游离巯基含量测定 |
| 4.3.5 可溶性蛋白测定 |
| 4.3.6 荧光光谱测定 |
| 4.3.7 同步荧光光谱测定 |
| 4.3.8 紫外光谱测定 |
| 4.3.9 红外光谱测定 |
| 4.3.10 拉曼光谱测定 |
| 4.3.11 扫描电镜测定 |
| 4.3.12 界面张力测定 |
| 4.3.13 乳液制备 |
| 4.3.14 乳液电位测定 |
| 4.3.15 乳液微观结构观测 |
| 4.3.16 乳液流变学性质测定 |
| 4.4 结果与讨论 |
| 4.4.1 粒径电位分析 |
| 4.4.2 表面疏水性分析 |
| 4.4.3 游离巯基变化分析 |
| 4.4.4 可溶性蛋白分析 |
| 4.4.5 内源荧光光谱分析 |
| 4.4.6 同步荧光光谱分析 |
| 4.4.7 紫外光谱分析 |
| 4.4.8 一级结构分析 |
| 4.4.9 二级结构分析 |
| 4.4.10 特定氨基酸微环境分析 |
| 4.4.11 二硫键构象分析 |
| 4.4.12 扫描电镜分析 |
| 4.4.13 界面张力分析 |
| 4.4.14 乳液电位分析 |
| 4.4.15 微观结构分析 |
| 4.4.16 流变学特性分析 |
| 4.5 本章小结 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的论文和参与科研情况 |
（3）光诱导反应合成异吲哚酮桥连环七肽及量子化学计算研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 光诱导反应合成天然环肽类似物、立体结构计算及生物活性研究 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 天然生物活性环肽的研究进展 |
| 1.1.1 抗肿瘤天然环肽 |
| 1.1.2 抗菌天然环肽 |
| 1.1.3 抗病毒天然环肽 |
| 1.1.4 抗炎天然环肽 |
| 1.1.5 抗疟天然环肽 |
| 1.2 天然环肽人工改造的研究进展 |
| 1.3 环肽化合物的合成方法 |
| 1.3.1 液相法 |
| 1.3.2 固相法 |
| 1.3.3 分子内光诱导单电子转移法(SET) |
| 1.4 研究的目的意义及内容 |
| 第2章 光诱导反应合成Yunnanin A类似物、立体结构计算及生物活性研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验试剂与仪器 |
| 2.2.1 实验试剂 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.3 实验部分 |
| 2.3.1 Yunnanin A类似物线性肽前体的合成 |
| 2.3.2 Yunnanin A类似物环肽的光诱导合成 |
| 2.3.3 立体结构特征 |
| 2.3.4 体外抗肿瘤活性测定 |
| 2.3.5 细胞形态学观察 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 Yunnanin A类似物线性肽前体的表征 |
| 2.4.2 Yunnanin A类似物环肽的表征 |
| 2.4.3 立体结构的确定 |
| 2.4.4 体外抗肿瘤活性 |
| 2.4.5 细胞形态学变化 |
| 2.5 本章小结 |
| 第3章 光诱导反应合成Phakellistatin13 类似物、立体结构计算及生物活性研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验试剂与仪器 |
| 3.2.1 实验试剂 |
| 3.2.2 实验仪器 |
| 3.3 实验部分 |
| 3.3.1 Phakellistatin13 类似物线性肽前体的合成 |
| 3.3.2 Phakellistatin13 类似物环肽的光诱导合成 |
| 3.3.3 立体结构特征 |
| 3.3.4 体外抗肿瘤活性测定 |
| 3.3.5 细胞形态学观察 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 Phakellistatin13 类似物线性肽前体的表征 |
| 3.4.2 Phakellistatin13 类似物环肽的表征 |
| 3.4.3 立体结构的确定 |
| 3.4.4 体外抗肿瘤活性 |
| 3.4.5 细胞形态学变化 |
| 3.5 本章小结 |
| 第二部分 手性分子的量子化学计算研究 |
| 第1章 引言 |
| 第2章 手性药物劳拉替尼的量子化学计算研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 劳拉替尼的来源 |
| 2.2.2 IR,NMR,UV和 ECD光谱 |
| 2.2.3 计算细节 |
| 2.3 劳拉替尼的结构表征 |
| 2.3.1 构象稳定性 |
| 2.3.2 Mulliken布居分析 |
| 2.3.3 振动分析 |
| 2.3.4 电子圆二色谱(ECD) |
| 2.3.5 核磁共振波谱分析(NMR) |
| 2.3.6 前线分子轨道(FMOs) |
| 2.3.7 整体反应性指数 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 手性药物克唑替尼的量子化学计算研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.3 克唑替尼的结构表征 |
| 3.3.1 构象稳定性 |
| 3.3.2 Mulliken布居分析 |
| 3.3.3 分子静电势(MEP) |
| 3.3.4 振动分析 |
| 3.3.5 电子圆二色谱(ECD) |
| 3.3.6 前沿分子轨道(FMOs) |
| 3.3.7 整体反应性指数 |
| 3.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（4）嗜热脂肪芽孢杆菌DNA加合物损伤与其相关APE1修复蛋白抑制剂的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 DNA损伤与癌症 |
| 1.1.1 癌症的流行现状 |
| 1.1.2 诱发DNA损伤的因素 |
| 1.1.3 DNA碱基切除修复通路 |
| 1.2 多环芳烃诱导的DNA加合物损伤 |
| 1.2.1 多环芳烃类化合物 |
| 1.2.2 苯并[α]芘及其体内代谢 |
| 1.2.3 苯并[α]芘-DNA-DNA聚合酶复合物 |
| 1.3脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1 |
| 1.3.1 APE1的三维结构 |
| 1.3.2 APE1介导的碱基切除修复机制 |
| 1.3.3 APE1的抑制剂 |
| 2 计算方法 |
| 2.1 分子对接 |
| 2.2 分子动力学模拟 |
| 2.3 结合自由能计算 |
| 2.4 主成分分析 |
| 2.5 密度泛函理论 |
| 3 BP-d G加合物阻断高保真DNA聚合酶复制的机制研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 BP-dG分子力场 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 |
| 3.2.3 核酸构象与色散能计算 |
| 3.2.4 聚类分析 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 模拟的宏观参数 |
| 3.3.2 体系的构象变化 |
| 3.3.3 DNA结合空腔 |
| 3.3.4 BF聚合酶与底物DNA的分子识别 |
| 3.3.5 DNA双链的结构扭曲 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 金属离子对APE1活性的调控机制 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 模拟体系的构建 |
| 4.2.2 金属活性位点力场 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 MD模拟的合理性 |
| 4.3.2 整体结构的收敛 |
| 4.3.3 氢键分析 |
| 4.3.4 运动模式与构象变化 |
| 4.3.5 金属活性位点的构象 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 微生物次级代谢产物数据库的建立及APE1抑制剂的虚拟筛选 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 研究方法 |
| 5.2.1 微生物次级代谢产物数据库的建立 |
| 5.2.2 虚拟筛选方法 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 候选化合物 |
| 5.3.2 结合模式分析 |
| 5.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录1 英文缩略词表 |
| 附录2 作者简介 |
| 攻读硕士学位期间发表论文及科研成果 |
| 致谢 |
（5）基于pH/氯化钠调控的麦醇溶蛋白—槲皮素复合物制备及其Pickering乳液特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 麦醇溶蛋白 |
| 1.1.1 麦醇溶蛋白的组成与结构性质 |
| 1.1.2 麦醇溶蛋白的功能特性 |
| 1.2 槲皮素 |
| 1.2.1 槲皮素的组成与结构性质 |
| 1.2.2 槲皮素的生物活性 |
| 1.3 蛋白质与植物多酚相互作用 |
| 1.3.1 相互作用类型 |
| 1.3.2 相互作用表征方法 |
| 1.3.3 相互作用影响因素 |
| 1.4 蛋白质与植物多酚相互作用对蛋白质的影响 |
| 1.5 蛋白质/植物多酚稳定的Pickering乳液 |
| 1.6 本课题研究意义及主要内容 |
| 1.6.1 研究意义 |
| 1.6.2 主要内容 |
| 第2章 不同pH条件下麦醇溶蛋白与槲皮素相互作用及复合物结构表征 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与仪器 |
| 2.2.1 材料与试剂 |
| 2.2.2 仪器设备 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 样品制备 |
| 2.3.2 荧光光谱测定 |
| 2.3.3 同步光谱测定 |
| 2.3.4 紫外光谱测定 |
| 2.3.5 色氨酸距离测定 |
| 2.3.6 红外光谱测定 |
| 2.3.7 拉曼光谱测定 |
| 2.3.8 扫描电镜测定 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 荧光猝灭分析 |
| 2.4.2 结合常数和结合位点数分析 |
| 2.4.3 热力学参数与结合力类型分析 |
| 2.4.4 同步光谱分析 |
| 2.4.5 紫外光谱分析 |
| 2.4.6 能量转移分析 |
| 2.4.7 一级结构分析 |
| 2.4.8 二级结构分析 |
| 2.4.9 特定氨基酸微环境分析 |
| 2.4.10 二硫键构象分析 |
| 2.4.11 扫描电镜分析 |
| 2.5 本章小结 |
| 第3章 pH对麦醇溶蛋白-槲皮素复合物及其Pickering乳液特性的影响 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与仪器 |
| 3.2.1 材料与试剂 |
| 3.2.2 仪器设备 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 样品制备 |
| 3.3.2 游离巯基含量测定 |
| 3.3.3 表面疏水性测定 |
| 3.3.4 热稳定性测定 |
| 3.3.5 起泡性能测定 |
| 3.3.6 乳液制备 |
| 3.3.7 乳液类型判断 |
| 3.3.8 乳液稳定性测定 |
| 3.3.9 乳液流变学性质测定 |
| 3.3.10 乳液微观结构观测 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 游离巯基含量分析 |
| 3.4.2 表面疏水性分析 |
| 3.4.3 热稳定性分析 |
| 3.4.4 起泡性能分析 |
| 3.4.5 乳液类型判断 |
| 3.4.6 乳液稳定性分析 |
| 3.4.7 乳液流变学性质分析 |
| 3.4.8 乳液微观结构分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 不同NaCl浓度下麦醇溶蛋白与槲皮素相互作用及复合物结构表征 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与仪器 |
| 4.2.1 材料与试剂 |
| 4.2.2 仪器设备 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 样品制备 |
| 4.3.2 荧光光谱测定 |
| 4.3.3 同步光谱测定 |
| 4.3.4 紫外光谱测定 |
| 4.3.5 色氨酸距离测定 |
| 4.3.6 红外光谱测定 |
| 4.3.7 拉曼光谱测定 |
| 4.3.8 扫描电镜测定 |
| 4.4 结果与讨论 |
| 4.4.1 荧光光谱分析 |
| 4.4.2 结合常数和结合位点数分析 |
| 4.4.3 热力学参数与结合力类型分析 |
| 4.4.4 同步光谱分析 |
| 4.4.5 紫外光谱分析 |
| 4.4.6 能量转移分析 |
| 4.4.7 一级结构分析 |
| 4.4.8 二级结构分析 |
| 4.4.9 特定氨基酸微环境分析 |
| 4.4.10 二硫键构象分析 |
| 4.4.11 扫描电镜分析 |
| 4.5 本章小结 |
| 第5章 Na Cl对麦醇溶蛋白-槲皮素复合物及其Pickering乳液特性的影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与仪器 |
| 5.2.1 材料与试剂 |
| 5.2.2 仪器设备 |
| 5.3 试验方法 |
| 5.3.1 样品制备 |
| 5.3.2 游离巯基含量测定 |
| 5.3.3 表面疏水性测定 |
| 5.3.4 热稳定性测定 |
| 5.3.5 起泡性能测定 |
| 5.3.6 乳液制备 |
| 5.3.7 乳液类型判断 |
| 5.3.8 乳液稳定性测定 |
| 5.3.9 乳液流变学性质测定 |
| 5.3.10 乳液微观结构观测 |
| 5.4 结果与讨论 |
| 5.4.1 游离巯基含量分析 |
| 5.4.2 表面疏水性分析 |
| 5.4.3 热稳定性分析 |
| 5.4.4 起泡性能分析 |
| 5.4.5 乳液类型判断 |
| 5.4.6 乳液稳定性分析 |
| 5.4.7 乳液流变学性质分析 |
| 5.4.8 乳液微观结构分析 |
| 5.5 本章小结 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的论文和参与科研情况 |
（6）组蛋白去乙酰化酶选择性抑制剂结合机理探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩写词列表 |
| 1 绪论 |
| 1.1 组蛋白去乙酰化酶靶点研究背景 |
| 1.1.1 锌离子依赖性HDACs的结构与功能 |
| 1.1.2 HDACs与疾病 |
| 1.1.3 HDACs抑制剂研究现状 |
| 1.1.4 HDACs抑制剂面临的挑战与前景 |
| 1.2 计算机模拟方法概述 |
| 1.2.1 分子对接 |
| 1.2.2 分子动力学模拟 |
| 1.2.3 体系结合自由能的计算 |
| 1.3 研究意义 |
| 1.4 研究内容及章节安排 |
| 2 环状多肽HDAC抑制剂选择性抑制HDAC1 作用机制研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 理论及实验方法 |
| 2.2.1 初始构象的建立 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 |
| 2.2.3 分子动力学模拟结果分析方法 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 对接构象分析 |
| 2.3.2 分子模拟结果与分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 TSA对映异构体与HDAC1和HDAC6 作用模式差异的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 理论及实验方法 |
| 3.2.1 初始构象的建立 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 |
| 3.2.3 模拟结果分析方法 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 分子对接结果分析 |
| 3.3.2 分子模拟结果分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 新型无Cap选择性HDAC6 抑制剂作用机理探究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 理论及实验方法 |
| 4.2.1 研究体系初始构象的建立 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 |
| 4.2.3 模拟结果分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 分子对接结果分析 |
| 4.3.2 分子模拟结果与分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 基于Cap基团修饰的HDAC8 选择性抑制剂作用机理的探究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 理论与实验方法 |
| 5.2.1 研究体系的准备 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 |
| 5.2.3 模拟结果分析 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 研究体系初始构象的分析 |
| 5.3.2 分子模拟结果分析与讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 6 结论与展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 后续工作研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| A.作者在攻读博士学位期间发表论文情况(*corresponding author) |
| B.作者在攻读博士学位期间参加的学术会议 |
| C.作者在攻读博士学位期间参与的科研项目 |
| D.学位论文数据集 |
| 致谢 |
（7）顺式肽键发生机制及其模式蛋白功能效应研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 中英文术语对照及缩略词表 |
| 1 绪论 |
| 1.1 文献综述 |
| 1.1.1 肽键构象的相关概念 |
| 1.1.2 Pin1 介导的肽键异构化 |
| 1.1.3 肽键异构化参与多种重要的生物过程调节 |
| 1.1.4 肽键异构化参与肿瘤发生过程的调节 |
| 1.1.5 肽键异构化与Wnt/β-catenin信号通路调节 |
| 1.1.6 肽键异构化的研究方法 |
| 1.1.7 肽键异构化研究的方法存在的问题 |
| 1.2 本论文研究的内容 |
| 1.2.1 PDB中蛋白质顺式肽键发生率分布规律探讨 |
| 1.2.2 突变型β-catenin(Xaa246)在hep G2 中的亚定位分析 |
| 1.3 本论研究所采用技术路线 |
| 1.3.1 顺式肽键信息提取及ICPB分布的分析 |
| 1.3.2 真核细胞中ICPB值与其功能效应关系的探讨 |
| 1.3.3 干扰Pin1 表达后β-catenin(Xaa246)与APC、E-cadherin之间的相互作用及细胞定位分析 |
| 2 PDB中 ICPB分布的统计分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 顺式肽键提取及其分布规律研究 |
| 2.2.1 顺反式肽键的定义 |
| 2.2.2 二面角Omega与相邻Cα距离的关系推导 |
| 2.2.3 顺式肽键提取的C程序设计 |
| 2.2.4 非冗余PDB数据集的建立 |
| 2.2.5 顺式肽键提取的计算机程序操作 |
| 2.3 顺式肽键发生率的统计 |
| 2.3.1 不同Xaa-P顺式肽键发生率的统计 |
| 2.3.2 不同种类X影响Xaa-P顺式肽键发生的统计 |
| 2.3.3 顺式肽键发生的蛋白质结构部位的观测 |
| 2.3.4 顺式非脯氨酸肽键(X-Xn P)的统计及分析 |
| 2.4 Xaa-P肽键的分子模拟及能量分析 |
| 2.5 结果 |
| 2.5.1 数据集中顺反式肽键的统计 |
| 2.5.2 Xaa-P顺式肽键分布及其ICPB统计 |
| 2.5.3 Xaa-P前后序列特征影响顺式肽键分布的Z值分析 |
| 2.5.4 非脯氨酸顺式肽键(Xaa-Xn P)的统计及分析 |
| 2.5.5 Xaa-P二肽的肽键二面角变化与能量关系 |
| 2.6 讨论 |
| 2.6.1 顺式肽键的定义对顺式肽键统计结果的影响 |
| 2.6.2 Xaa-P的结构与ICPB的关系 |
| 2.6.3 ICPB与 Xaa-P前后序列特征的关系 |
| 2.6.4 不同Xaa对 Xaa-P肽键ICPB影响 |
| 2.6.5 关于不同Xaa-P构型能量分布与ICPB的关系 |
| 2.6.6 二面角ω键旋转方向与ICPB的关系 |
| 2.6.7 其它因素与ICPB的关系 |
| 2.7 本章小结 |
| 3 真核细胞中ICPB值与其功能效应关系的探讨 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 过表达载体质粒测序结果 |
| 3.3.2 重组质粒的ORF及 blast分析 |
| 3.3.3 稳定表达β-catenin(X246-P)的hep G2 细胞构建 |
| 3.3.4 β-catenin(Xaa246)与APC、E-cadherin相互作用检测 |
| 3.3.5 干扰Pin1后β-catenin(Xaa246)与APC、E-cadherin相互作用 |
| 3.3.6 不同β-catenin(Xaa246)突变体在hep G2 中的亚定位观察 |
| 3.3.7 干扰Pin1后β-catenin(Xaa246)亚细胞定位 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 ICPB值在真核细胞中进行功能效应验证的必要性 |
| 3.4.2 选择β-catenin(Xaa246-P247)作为模式蛋白的原因 |
| 3.4.3 其它Pin1 靶位点异构化与β-catenin亚细胞定位影响 |
| 3.4.4 β-catenin中S246 残基参与APC、E-cadherin的相互作用吗? |
| 3.4.5 干扰Pin1 表达对β-catenin(Xaa-P)与APC、E-cadherin相互作用及细胞亚定位的影响 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 结论 |
| 5 后续研究及应用展望 |
| 5.1 揭示肿瘤信号通路中各信号蛋白之间相互作用的亚分子机制 |
| 5.2 揭示脯氨酸突变改变蛋白质热稳定性的机理 |
| 5.3 ICPB理论与功能的探讨 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| A.作者在攻读博士学位期间发表的论文 |
| B.附录 文件 |
| C.学位论文数据集 |
| 致谢 |
（8）双四苯乙烯基二酮的合成与光物理性质研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 OLED小分子 |
| 1.2.1 OLED简介 |
| 1.2.2 OLED发光机理 |
| 1.2.3 OLED应用 |
| 1.3 蓝光OLED小分子 |
| 1.4 聚集诱导发光效应 |
| 1.4.1 聚集致猝灭效应与聚集诱导发光效应 |
| 1.4.2 AIE材料机理研究 |
| 1.4.3 AIE材料的种类 |
| 1.4.4 AIE材料的应用简介 |
| 1.5 溶致变色效应 |
| 1.5.1 溶致变色产生原因 |
| 1.5.2 溶致变色分子研究现状 |
| 1.6 机械变色效应 |
| 1.7 蓝光OLED小分子3TPEI |
| 1.7.1 蓝光OLED小分子3TPEI的光电性质 |
| 1.7.2 蓝光OLED小分子3TPEI的的合成方案 |
| 1.8 本课题的研究内容 |
| 第二章 双四苯乙烯基二酮类化合物的合成研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 材料与仪器 |
| 2.2.2 有机合成部分 |
| 2.2.3 反应机理 |
| 2.3 本章结论 |
| 第三章 热力学性质与光物理性质研究 |
| 3.1 热力学性质研究 |
| 3.2 光物理性质研究 |
| 3.2.1 紫外和荧光 |
| 3.2.2 溶剂致色效应研究 |
| 3.2.3 聚集诱导发光(AIE)效应研究 |
| 3.2.4 机械变色效应研究 |
| 3.3 本章结论 |
| 第四章 研究结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简历及攻读硕士/博士学位期间取得的研究成果 |
| 学位论文数据集 |
（9）分子结构变化调控自组装结构及形成机理（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 纳米科学与技术 |
| 1.2 超分子化学与二维分子自组装 |
| 1.3 分子自组装的驱动力 |
| 1.3.1 氢键 |
| 1.3.2 卤键 |
| 1.3.3 π-π堆积 |
| 1.4 影响分子自组装结构的因素 |
| 1.4.1 分子的结构 |
| 1.4.2 溶剂的影响 |
| 1.4.3 浓度 |
| 1.4.4 外加场(热、电、光)的影响 |
| 1.5 原位反应 |
| 1.6 分子自组装的前景及展望 |
| 1.7 本学位论文的研究内容和创新之处 |
| 1.7.1 研究内容 |
| 1.7.2 本学位论文的创新之处 |
| 第二章 侧链长度对双取代蒽醌衍生物二维及三维晶体结构的影响 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 实验化学试剂 |
| 2.2.2 实验表征仪器 |
| 2.2.3 2,6-双(n-烷氧基)-9-蒽醌(A-OC_n)衍生物的合成 |
| 2.2.4 单晶培养 |
| 2.2.5 样品的制备及STM实验 |
| 2.3 实验结果与讨论 |
| 2.3.1 A-OC_n(n=1,3–6)的晶体结构 |
| 2.3.2 A-OC_n(n=7–18)的自组装结构 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 侧链长度对双取代蒽醌衍生物熔点的影响 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 理论方法 |
| 3.2.1 Hirshfeld surface分析 |
| 3.2.2 分子间作用能分解和能量框架分析 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 A-OC_n的熔点性质 |
| 3.3.2 A-OC_n(n=1,3–6)分子熔点分析 |
| 3.3.3 A-OC_n(n=7–18)熔点分析 |
| 3.4 总结 |
| 第四章 Br...S卤键提高苯并噻吩衍生物组装结构有序度 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验部分 |
| 4.2.1 实验化学试剂 |
| 4.2.2 测试与表征仪器 |
| 4.2.3 DTBDT衍生物的合成及表征 |
| 4.2.4 STM实验 |
| 4.2.5 模型构筑及计算模拟 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 吸附构象分析 |
| 4.3.2 H-DTBDT在1-辛苯/HOPG界面的自组装 |
| 4.3.3 Br-DTBDT在1-辛苯/HOPG界面的自组装 |
| 4.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
（10）Hamigerans和Gukulenins类天然产物的全合成研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 Hamigerans类天然产物的全合成研究 |
| 1.1 背景介绍 |
| 1.1.1 Hamigerans的分离及结构特点 |
| 1.1.2 Hamigerans的生物活性 |
| 1.1.3 Hamigerans的生源合成 |
| 1.1.4 Hamigerans类天然产物的合成综述 |
| 1.2 课题的提出与逆合成分析 |
| 1.3 实验结果和讨论 |
| 1.3.1 Semipinacol重排反应研究 |
| 1.3.2 片段 1-118 和 1-114 的合成 |
| 1.3.3 Suzuki-Miyaura偶联及氢化初步探索 |
| 1.3.4 三环构建及氢化探索 |
| 1.3.5 Hamigeran B的形式合成 |
| 1.3.6 环丙烷化扩环反应研究 |
| 1.3.7 间接构筑七元环研究 |
| 1.3.8 Hamigeran G的全合成 |
| 1.3.9 Hamigeran D, N-Q的仿生转化 |
| 1.3.10 Hamigeran L的合成 |
| 1.3.11 其它合成尝试 |
| 1.4 小结 |
| 1.5 实验部分 |
| 1.6 参考文献 |
| 第二章 Gukulenins类天然产物的全合成研究 |
| 2.1 背景介绍 |
| 2.1.1 Gukulenins的分离 |
| 2.1.2 Gukulenins的生物活性 |
| 2.1.3 Gukulenins的结构特点 |
| 2.1.4 Gukulenins的合成研究 |
| 2.2 环庚三烯酚酮综述 |
| 2.2.1 苯并环庚三烯酚酮 2-38 的仿生合成 |
| 2.2.2 通过环化反应合成环庚三烯酚酮 |
| 2.2.3 通过扩环反应合成环庚三烯酚酮 |
| 2.2.4 利用环加成反应合成环庚三烯酚酮 |
| 2.3 课题的提出与逆合成分析 |
| 2.4 实验结果与讨论 |
| 2.4.1 芳环片段的合成 |
| 2.4.2 三环的合成 |
| 2.4.3 芳环的取代基考察 |
| 2.4.4 三环的合成及氢化 |
| 2.4.5 甲基的直接引入尝试 |
| 2.4.6 甲基的间接引入尝试 |
| 2.4.7 扩环反应研究一 |
| 2.4.8 扩环反应研究二 |
| 2.4.9 其它反应尝试 |
| 2.5 小结 |
| 2.6 实验部分 |
| 2.7 参考文献 |
| 第三章 全文总结 |
| 附录一 化合物结构一览表 |
| 附录二 新化合物数据一览表 |
| 附录三 已知化合物参考文献 |
| 附录四 重要化合物核磁谱图 |
| 作者简历及在读期间发表论文汇总 |
| 致谢 |
四、一个Pinacol重排反应的构象分析（论文参考文献）
- [1]基于氧化硫叶立德的硝酮中间体合成及其与烯/炔烃的三组份环加成反应[D]. 翟平安. 太原理工大学, 2021(01)
- [2]物理加工对麦醇溶蛋白-芦丁相互作用及其复合物乳液特性的影响[D]. 李春翼. 西南大学, 2021(01)
- [3]光诱导反应合成异吲哚酮桥连环七肽及量子化学计算研究[D]. 姜士田. 哈尔滨师范大学, 2021(08)
- [4]嗜热脂肪芽孢杆菌DNA加合物损伤与其相关APE1修复蛋白抑制剂的研究[D]. 吴志祥. 成都大学, 2021(07)
- [5]基于pH/氯化钠调控的麦醇溶蛋白—槲皮素复合物制备及其Pickering乳液特性研究[D]. 王启明. 西南大学, 2020(01)
- [6]组蛋白去乙酰化酶选择性抑制剂结合机理探究[D]. 张阳. 重庆大学, 2020(02)
- [7]顺式肽键发生机制及其模式蛋白功能效应研究[D]. 于淑惠. 重庆大学, 2020(02)
- [8]双四苯乙烯基二酮的合成与光物理性质研究[D]. 石亚欣. 北京交通大学, 2020(03)
- [9]分子结构变化调控自组装结构及形成机理[D]. 胡天泽. 华南理工大学, 2020(02)
- [10]Hamigerans和Gukulenins类天然产物的全合成研究[D]. 李晓军. 华东师范大学, 2018(12)