一、Epidemiological Characteristics of An Outbreak of Severe Acute Respiratory Syndrome in Dongcheng District of Beijing From March to May 2003（论文文献综述）
杨霄星,杨洋,孟艳,李洁,信振江,孟繁超,武晶,杨军勇,武庆锐,张建军[1]（2021）在《一起新型冠状病毒肺炎家庭聚集性疫情的调查分析》文中指出目的对一起新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）家庭聚集性疫情进行流行病学调查分析,为预防控制类似疫情的发生和防止疫情扩散提供经验。方法应用现场流行病学调查方法对该起疫情传染来源、发生及传播过程进行描述分析,采用实时荧光PCR法对采集的呼吸道样本进行新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸检测,化学发光免疫分析法对血液样本进行SARS-CoV-2抗体检测。结果因家庭成员在出现COVID-19聚集性疫情的医院暴露而感染,进而引起家庭多人感染,指示病例发病且呼吸道样本检测SARS-CoV-2核酸阳性,部分人员表现为无症状感染。结论家庭聚集性SARS-CoV-2传播,老龄感染者症状较重,青壮年感染者临床表现轻微,无症状感染者产生抗体。在COVID-19疫情防控中,SARS-CoV-2核酸和抗体连续检测十分重要。
魏佳特[2]（2021）在《新型冠状病毒肺炎多时空尺度流行特征、影响因素及风险预测研究》文中研究说明研究背景自上世纪70年代以来,随着人类社会经济水平快速提升和全球化贸易日益增多,人类跨生态地理边界的频繁活动对环境造成了一定程度破坏,加剧了多种新发传染病的产生、暴发和流行,对人类健康已产生巨大威胁。开展新发传染病的流行特征、影响因素和传播风险研究,对完善疾病防控策略和措施具有重大公共卫生意义。2019年12月,中国武汉首次报告了由新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）导致的新型冠状病毒肺炎（Coronavirusdisease2019,COVID-19,简称“新冠肺炎”）,这种新发传染病传播力强,在短期内迅速波及至世界范围并造成了大流行。目前多个国家和地区对新冠肺炎的流行趋势、临床症状、病原学、免疫学、诊疗方法和防控措施等方面进行了描述性研究,但关于其分布特征的研究较少且结论不同,缺乏不同城市化水平地区新冠肺炎流行特征比较和流行模式划分。研究显示人口密集场所新冠肺炎暴发风险较高,其中医院因其特殊职能,若稍有疏忽便会成为病毒传播的枢纽,因此需重点关注医务人员（Healthcareworker,HCW）的新冠肺炎感染特征和影响因素,但这方面的调查多为单中心研究,难以整体认知疾病感染特征和因素,缺乏多中心、代表性好、可比性强的比较研究。明确新发传染病传播的影响因素是实现其预警和防控的前提,以往研究显示交通和气象可显着影响新型冠状病毒传播,但不同的交通方式如公路、铁路和航空的量化效应仍有待研究;以往关于气象效应的结论不一致,且缺乏气象因素间交互作用的探讨。目前对于新冠肺炎的传播风险预测多基于时间框架,较少基于空间框架,且研究尺度粗糙,缺少精度高、范围广、实用性强的预测预警技术。本研究以新冠肺炎作为结局变量,结合时空信息技术,基于中国大陆范围多时空尺度,描述不同城市化水平地区新冠肺炎的流行特征;揭示HCW新冠肺炎多中心感染特点和因素;探讨影响新冠肺炎广域传播和局域扩散的交通、气象因素及其交互作用;建立新冠肺炎传播风险高分辨率预测模型及其简化模式;以期在我国新冠肺炎防控的新常态阶段,为公共卫生政策措施的制定和实施提供科学依据和指导方案。研究目的1.描述新冠肺炎在我国大陆不同城市化水平地区的三间分布、时空聚集性、流行模式分区和阶段性政策措施带来的影响。2.比较武汉市HCW与非医务人员（non-HCW）新冠肺炎患者的基本特征、发病到诊断时间间隔和时空分布差异,探究HCW发病和恶化的影响因素。3.探究交通因素对于新冠肺炎广域传播的影响、气象因素对于新冠肺炎局域扩散的影响及其交互作用。4.利用以上研究识别的影响因素,纳入其他社会经济因素或夜间灯光数据,建立中国大陆新冠肺炎传播风险预测预警模型。研究方法1.数据收集（1）中国大陆新冠肺炎疫情病例数据:2019年12月8日至2020年2月27日的病例数据由国家法定传染病监测报告系统提供,2020年2月28日至4月14日的病例数据收集于各省市卫生健康委员会的官方网站（简称:卫健委官网）。2020年6月北京市新冠肺炎暴发数据收集于北京市卫健委官网,2021年1月河北省新冠肺炎暴发数据收集于河北省卫健委官网。（2）人口数据:全国县区级常住人口数据来自全国第六次人口普查资料,县区级人口密度数据由常住人口数除以县区面积计算得出。（3）武汉市医疗卫生数据:武汉市新冠肺炎定点医院名单来自湖北省卫健委官网。武汉市主要医院医务人员、护士、病床总数,医院级别和类型数据摘自《武汉市卫生统计年鉴》。（4）社会经济数据:铁路、高速公路和国道的地理信息数据来自国家地球系统科学数据中心,机场位置数据下载自OurAirports网站。全国超市和商场兴趣点地理定位数据提取自百度地图拾取坐标系统。（5）气象数据:疫情期间日均气温、温差、相对湿度、日照时数、风速和累积降水量数据来自中国气象数据共享服务系统。（6）夜间灯光数据:夜间灯光指数数据提取自中国科学院中国遥感卫星地面站。根据具体研究目标对以上数据进行核对、整理和清洗后,融合形成相应建模数据集。2.统计学分析（1）应用百度地理编码服务将新冠肺炎病例现居地地址定位至乡镇级,并依据人口数据划分标准,将其划分为街道、镇和乡三种城市化水平。比较新冠肺炎在不同省份和城市化水平地区的罹患率、重症率、病死率和三间分布。在县区水平进行时空分析,使用Space-time permutation model识别时空聚集区。计算每个省的新型冠状病毒有效再生数（Effectivereproductionnumber,Rt）以识别新冠肺炎流行模式,进而对Rt进行Q型分层聚类,进行省级流行模式分区。（2）比较武汉市HCW和non-HCW的新冠肺炎疾病特征,比较二者发病的时空聚集性和传播动力学特点。分别使用多元线性回归和逐步logistic回归探讨HCW发病和重症的影响因素。（3）使用逐步logistic回归在县区尺度探索交通因素对新冠肺炎广域传播的作用。构建广义加性模型（Generalized additive model,GAM）在县区尺度测量气象因素对新冠肺炎局域扩散的非线性效应,根据各自变量之间的相关性,使用“自下而上”策略与赤池信息准则进行模型选择,采用惩罚样条函数用于平滑和评价气象因素间两两交互作用,构造二元反应曲面进行交互作用可视化。使用线性混合效应模型（Linear mixed-effects model,LMM）根据GAM获得节点进行分段建模,量化气象因素影响。（4）使用最大熵生态位机器学习算法,纳入多社会经济因素（包含交通因素）与气象因素构建原始模型,对2019年末中国大陆新冠肺炎疫情数据进行训练和内外验证。使用2020年6月北京市新冠肺炎疫情和2021年1月河北省新冠肺炎疫情数据进行实证研究。模拟重点季节和地区新冠肺炎疫情暴发,进行全国范围0.1°×0.1°高分辨率传播风险预测。使用夜间灯光数据代替多社会经济因素构建简化模型,重复训练、验证、实证和模拟过程,评价简化模型的实用性。本研究应用的软件主要有:Microsofto ffice2016、ArcGIS 10.2、R 3.6.1、SaTScanv9.6、Maxent 3.3.3k、Adobe Illustrator CC 2015 等。研究结果1.从2019年12月8日至2020年2月27日,全国共报告了 78831名新冠肺炎病例,总体罹患率为59.2/百万人,罹患率从高到低为街道、镇和乡。全国新冠肺炎总体重症率为18.0%,重症率从高到低为街道、镇和乡。全国新冠肺炎总体病死率为4.0%,病死率从高到低为街道、乡和镇。湖北省报告的发病数、重症数和病死数均占全国总体的大部分。全国新冠肺炎总体罹患率男女性别比为0.94,但有18个省份性别比大于1,街道、镇和乡的罹患率男女性别比递增,分别为0.90、1.12和1.20。全国新冠肺炎患者中位年龄为52（四分位间距Interquartile range,IQR 39,64）,街道患者中位年龄显着高于镇和乡。全国总体新冠肺炎患者职业占比前三位为离退人员、家务及待业和农民,街道患者的职业分布与全国总体相似,但镇和乡的农民约占半数。HCW街道病例数远远高于镇和乡。发病时间流行曲线结果显示,镇和乡的病例快速增长期晚于街道,但三者流行高峰出现时间基本一致。时空聚集分析结果显示,全国有24个省会城市存在聚集区。我国新冠肺炎流行模式按Rt的特点可分为五类。我国对新冠肺炎疫情的防控措施两周内控制了其暴发趋势,而复工复产等放宽措施并未引起疫情反弹。2.武汉市HCW的新冠肺炎罹患率比non-HCW高约4倍,HCW罹患率最高的医院其值高达11.9%,但HCW病例的重症率和病死率显着低于non-HCW。HCW和non-HCW病例从发病到诊断的时间间隔没有显着差异,中位数（IQR）为10（5,16）,但从2020年1月中旬开始,HCW病例从发病到诊断的中位时间明显短于non-HCW。在non-HCW 病例较多地区的区级医院工作的 HCW 更容易感染新冠肺炎。与在感染科工作的HCW病例相比,在一般科室、眼科和呼吸科工作的HCW病例更易发展为重症。3.在调整人口密度和到武汉的距离后,有铁路、高速公路、国道穿过或有机场的县区新冠肺炎发病风险显着高于其他县区,调整后的比值比（oddsratio,OR）分别为1.40（95%CI 1.14-1.72）,2.07（95%CI 1.61-2.67）,1.31（95%CI 1.02-1.68）,和 1.70（95%CI 1.31-2.22）。GAM和LMM的结果显示,新冠肺炎的发病与气象因素呈非线性关系,高罹患率与较低平均温度、中等累积降水和较高风速显着相关。上述三个气象因子之间存在显着两两交互作用,低温和中等降水的地区新冠肺炎发病风险较高;温暖地区新冠肺炎发病风险与风速呈正相关。4.内部验证结果显示,原始和简化模型的受试者工作特征曲线（Receiver operating characteristic,ROC）的曲线下面积（Area under the curve,AUC）均在 0.8 左右,模型表现佳。外部验证结果显示,原始模型和简化模型对较高以上风险地区预测准确率较高,达到了 70%以上,原始模型和简化模型分别对较高风险和高风险地区预测有优势。各种因素对于预测的贡献度差异显着,原始模型中贡献度高的因素为人口密度、到流行中心的距离、超市和商场总数,简化模型中贡献度高的因素为到流行中心的距离和夜间灯光指数。实证研究结果显示两种模型对新冠肺炎冬季疫情的外推性较好。模拟冬季重点地区的新冠肺炎疫情,发现两种模型对较高以上风险地区预测范围大体一致。研究结论1.2019年末至2020年初的中国大陆新冠肺炎疫情期间,街道地区中老年、女性和离退人员感染新冠肺炎的风险较高;镇和乡中年、男性和农民感染新冠肺炎的风险较高。HCW在街道的感染人数远远高于镇和乡。新冠肺炎可能从城市传播至农村。时空分析将全国省份分为了五种流行模式,并提示新冠肺炎可通过全国广域传播和局域扩散迅速造成大范围影响。2.武汉市HCW新冠肺炎罹患率高于non-HCW,高危地区的低级别医院应更注意新冠肺炎的院内传播防控。尽管综合医院配备了感染科和呼吸科,但普通科室（尤其是眼科）的HCW也应警惕新冠肺炎并做好防护。3.公共交通是新冠肺炎在中国大陆广域传播的危险因素,气温、降水和风速可以显着影响新冠肺炎的本地扩散。交通发达、低温和中等降水的地区新冠肺炎发病风险较高,风速较高的温暖地区发病风险也较高。因此,具备上述条件的国家和地区应注意采取有效措施遏制新冠肺炎的传播。4.本研究建立的最大熵生态位模型在预测中国大陆重点城市和季节新冠肺炎暴发初期的传播风险方面具备高精确性的独特优势。夜间灯光数据的应用可使模型的构建更加简便,方便一线公共卫生工作者使用,为其它传染病的预测预警提供了方法学参考。创新性1.本研究发现2019年末至2020年初中国大陆新冠肺炎疫情期间,街道的中老年、女性和离退人员新冠肺炎感染风险较高;镇和乡的中年、男性和农民新冠肺炎感染风险较高。此外,本研究对新冠肺炎的流行模式进行了省级划分,以上结果目前未见报道。2.本研究在县区尺度探讨了中国大陆交通和气象因素对于新冠肺炎传播的影响,并报道了温度、降水和风速对于新冠肺炎传播的两两交互作用。3.本研究建立了中国大陆范围高分辨率新冠肺炎传播风险预测预警模型,并使用夜间灯光数据代替传统多社会经济因素进行模型简化研究,为其它传染性疾病的预警提供了方法学参考。
王晴[3]（2021）在《基于传播动力学模型的COVID-19医疗卫生资源需求评估研究》文中研究指明目的本研究基于传播动力学模型,开展新型冠状病毒肺炎（Coronavirus Disease 2019,COVID-19,也称2019冠状病毒病）大流行背景下医疗卫生资源需求评估研究。综合评估全球COVID-19大流行下,我国社区传播、局部地区暴发、病例散发的多种情景下,临床救治、实验室检测、流行病学调查（流调）所需的关键医疗卫生资源需求量,分析医疗卫生资源需求和储备面临的挑战,以及医疗卫生资源供需不平衡的应对准备策略,为今后COVID-19疫情背景下,各地快速开展医疗卫生资源需求评估与准备、卫生应急工作提供参考。研究方法1.资料收集与流程概述首先结合已发表文献、疫情防控文件、媒体报道、专家咨询,系统梳理医疗卫生资源及相关关键词的含义和分类。其次,构建传播动力学模型和资源需求评估情景,使用模型预测各情景下的现患病例数。然后,确定现患病例数（确诊病例、无症状感染者及其密切接触者）与临床救治、实验室检测、流调资源的消耗比例。最后,计算某地区严重急性呼吸综合征冠状病毒2（Severe Acute Respiratory Syndrome Virus 2,SARS-CoV-2）不同传播情景下的医疗卫生资源需求数,与我国统计年鉴及政府公开信息中同等人口规模地区实际的相关储备量相比较,评估医疗卫生资源供需差距。采用R studio V3.6.3软件和deSolve软件包进行建模分析,使用Origin 2019和Excel 2010进行图表绘制。2.传播动力学模型构建与误差检验基于传染病的不同状态、传播机理和前提假设,在传统易感者-潜隐者-传染者-确诊者-移除者（Susceptible-Exposed-Infectious-Removed,SEIR）仓储模型基础上,增加住院的确诊患者（Hospitalized,H）仓储,并将核酸检测呈阳性、始终为无症状感染状态的无症状感染者引入I和H仓储中,构建SEIHR模型。计算平均绝对误差百分比（Mean Absolute Percentage Error,MAPE）检验模型预测误差。考虑意大利疫情暴发初期干预较少、核酸检测量大的社会条件,拟合意大利2020年2月24日-3月15日每日住院患者数,计算模型预测值与意大利实际值的MAPE,评价模型预测效果并进行情景构建。3.情景构建情景1:严重社区传播情景（类2019年12月湖北省武汉市疫情情景）。情景2:疾病暴发场景（类2020年6月北京市新发地疫情情景）。情景3:疫苗接种下的疾病暴发场景。情景4:疾病散发场景（类2020年9月山东省青岛市疫情情景）。情景5:疫苗接种下的疾病散发场景。情景6:严重社区传播情景（通过疫苗接种获得免疫的人群比例为10%时,显着减少非药物干预措施（Non Pharmaceutical Interventions,NPIs））。结果1.医疗卫生资源包括3个方面:（1）临床救治资源需求评估:临床医生、护士、护工、病床及COVID-19所需的主要医疗救治设备、医务人员个人防护用品（Personal Protective Equipment,PPE）需求数。（2）实验室资源需求评估:采样及实验室检测人员、相关辅助人员、主要检测设备、实验室PPE需求数。（3）流调资源需求评估:流调及社区防控人员、社会志愿者、PPE需求数。2.情景构建结果评估情景1和情景2结果表明,在相同无症状感染者比例、NPIs效果且无疫苗免疫人群的前提下,实现病例的早发现、早报告、早隔离、早治疗,可使现患病例数峰值降低85.0%。两者均实施全员核酸检测,对采样人员、采样点服务保障人员的需求峰值相等,对其他医疗卫生资源需求均有效减少。发生社区传播和暴发时,对医疗卫生资源,尤其是人力资源的急剧需求超过地区现有资源储备承载能力,需要其他地区的人力及物资援助。情景2和情景3的结果表明,在相同无症状感染者比例的前提下,无COVID-19疫苗接种但具有严格高效的NPIs效果时,与50%的人群接种COVID-19疫苗并获得免疫、适当调整和降低NPIs效果时的现患病例数基本一致。在此条件下,若实行全员核酸检测,将增加4.1-32.4倍的实验室检测和流行病学防控资源。情景3、情景4和情景5的结果表明,当无症状感染者比例增加且通过疫苗接种获得免疫的人群比例较低时,即使是病例散发,NPIs效果较好,疫情持续时间和对医疗卫生资源的占用时间也会较久,只有提高疫苗接种率,增加疫苗接种获得免疫的人群比例,才可在短期内结束疫情。情景4、情景5和情景6的结果表明,当无症状感染者比例达80%,通过疫苗接种获得免疫的人群比例为10%时,短期内不可迅速放松防控措施,如果NPIs效果大幅度降低,则会出现严重社区内流行,最大现患病例数将占据地区人口25%,导致医疗卫生资源严重短缺,甚至医疗卫生系统崩溃。结论1.疫情暴发早期或输入病例数有限时,采取实施严格的围堵策略,可有效缓解对医疗卫生资源需求的急剧增加,降低对医疗卫生资源的需求。如果措施更为积极、多种措施联合实施,防控效果更好,甚至可在短期内成功扑灭疫情,不会造成对医疗系统的冲击。在COVID-19疫情大流行期间,疫情防控仍需坚持早发现、早报告、早隔离、早治疗,将防控关口前移。2.无症状感染者比例较高,通过疫苗接种获得免疫的人群比例较低时,可适当调整但不可过度放松防控措施。疫苗接种获得免疫的人群比例达到50%后,可从经济发展和公众可接受度等角度适当减少NPIs。3.社区传播和暴发时,对医疗卫生资源,尤其是人力资源的急剧需求超过地区现有资源储备量和承载能力,当前我国仍亟需进行医疗卫生人力,尤其是传染病救治和专业疾病防控人员的储备,提高传染病病床占有率,以应对有可能再次出现的COVID-19或其他新发突发传染病的严重流行。4.全员核酸检测对人力资源的挑战及实施的必要性待考究。疾病暴发时是否实施全员核酸检测,需结合地区的资源储备条件和经济发展状况,进行综合评估。5.实施NPIs,增加疫苗产能,做好疫苗分配,提升COVID-19疫苗接种率,在一定程度上可缓解疾病流行带来的卫生资源需求冲击。6.一旦出现严重社区传播、医疗卫生资源供不应求时,需考虑资源的替代供应,包括:呼吸机不足时,采用呼吸支持和俯卧位,改善氧合状况、引流气道分泌物;专业人员匮乏时,相关感染科、重症医学科室人员培训,短时间内得到技术人员援助;疫苗储备和接种等。
汤晓璇[4]（2021）在《2017-2019年乌鲁木齐呼吸道病毒病原及流行特征分析》文中研究说明目的:通过对乌鲁木齐市2017-2019年呼吸道病毒病原学及患者信息进行分析,以掌握其流行特征,同时对乌鲁木齐市H3N2型流感病毒基因进行分子流行病学研究,了解其进化特征,为乌鲁木齐市卫生资源的合理配置及防控与诊疗方案的科学制定提供有利的理论依据。方法:1)本课题采用疾病监测技术及现场流行病学调查技术相结合的方法进行研究。根据国家流感监测技术指南（2017版）中相关要求对患者上呼吸道标本（咽拭子标本）进行采集、运输及检测。采用回顾性病例收集的方法对2017年1月1日至2019年12月31日在乌鲁木齐市两家哨点医院就医的流感样病例患者的基本信息进行收集。2)将乌鲁木齐市病原谱中优势株流感病毒H3N2亚型阳性标本进行病毒分离纯化,获得毒株后进行基因扩增和测序,对其分子特征进行分析。结果:1)流行病学特征:（1）人群分布:呼吸道病原检出整体随着年龄的增长而下降,流感病毒的检出率在13-15岁儿童中最高。（2）时间分布:2017-2019年呼吸道病原检出较平稳,无明显上升趋势,其中流感病毒检出率具有明显的季节性特征,在冬春季较高。2)病原学特征:PCR检测结果显示,总病原检出率为52.5%,其中流感病毒的检出率最高（33.82%）,优势型为季节性H3。除流感病毒外合胞病毒的检出率较高（16.49%）,其次为鼻病毒（6.70%）,最低为肺炎支原体（1.32%）。3)基因特征分析:对流感病毒H3N2亚型各基因片段分子特征研究进行分析结果显示,分离株数间各片段同源性在99.72%-99.99%,分离株与参考序列同源性在97.58%-98.75%;此外HA片段变异情况如下:T144A、R158G、K169S、E78G、N187K、Q189K、Q277R;NA片段变异情况如下:N329S、E344K。结论:1)乌鲁木齐市呼吸道病原以流感病毒为主,除流感外合胞病毒检出率较高,其次为腺病毒。流感病毒检出阳性结果具有明显的季节特征,其余病原无明显季节性,在一年四季中均散在发生,因此在不同季节需对不同病原进行预防和诊疗。同时加强除流感病毒外引起呼吸道感染的病原研究对于防控呼吸道疾病具有重要的意义。2)分离株在HA、NA抗原决定位点发生了一定的改变,耐药位点未发生变异。今后应持续加强对流感病毒的病原学监测,及时跟踪关键氨基酸位点替换情况,为科学防控提供理论依据。
中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会[5]（2020）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中研究说明肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成年人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会[6]（2020）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中提出肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
Chinese Preventive Medicine Association;Vaccine and Immunology Branch of the Chinese Preventive Medicine Association;[7]（2021）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中进行了进一步梳理肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成年人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会[8]（2020）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中研究表明肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成年人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
牛丹丹[9]（2020）在《2018年北京市学校呼吸道人腺病毒感染疫情病原学鉴定及中国不同患者人腺病毒检出率Meta分析》文中认为2018年5～9月,北京市西城区五所学校先后共报告了 5起呼吸道感染集中发热疫情。为了解报告的5起疫情的流行病学和病原学特征,开展了现场调查,采集病例咽拭子标本,使用荧光定量PCR检测17种常见呼吸道病毒进行病原学筛查,对鉴定为人腺病毒（Human adenovirus,HAdV）阳性的标本进行病毒分离,并分别扩增六邻体蛋白基因Loop2区域、三个衣壳蛋白（五邻体基座蛋白、六邻体蛋白和纤维蛋白）基因以及全基因组序列全长,进行HAdV型别的初筛和确认,同时与Genbank数据库中国内外人腺病毒3型（Human adenovirus type 3,HAdV-3）流行株序列进行比对分析。结果显示,5起集中发热疫情的致病原均为HAdV-3。进一步研究发现,2004年至今我国流行的HAdV-3病毒株均属于Clade2进化分支,也是近年全球优势流行株。两个进化分支HAdV-3病毒株在基因序列水平上均高度保守。本研究为我国呼吸道HAdV防控,以及HAdV-3型疫苗研发提供了基础科学数据。人腺病毒可以引起多种疾病,并不时引发呼吸道疾病的暴发流行,为了了解人腺病毒在不同疾病病原谱中的检出情况,本研究对符合纳入标准的284个研究进行人腺病毒检出率的Meta分析,分析内容包括异质性检验、随机效应模型合并效应量、Meta回归、敏感性分析和发表偏倚分析。结果表明284个研究检出率波动较大、异质性较高,分别采用不同的方法降低或分析异质性:随机效应模型合并总检出率为4.21%（95%CI:3.80%～4.66%）;亚组分析各组检出率分别为胃肠道疾病5.06%（95%CI:4.22%～6.06%）、呼吸道疾病 3.97%（95%CI:3.53%～4.46%）、儿童 4.50%（95%CI:4.06%～4.99%）、成人 2.09%（95%CI:1.22%～3.56%）、抗原检测 1.94%（95%CI:1.64%～2.30%）、核酸检测 5.82%（95%CI:5.21%～6.49%）、抗体检测 5.60%（95%CI:4.17%～7.48%）、中国东部地区 3.67%（95%CI:3.18%～4.24%）、中部地区 6.07%（95%CI:5.20%～7.08%）、西部地区 5.00%（95%CI:4.03%～6.18%）、≦1000样本量6.10%（95%CI:5.39%～6.91%）、>1000样本量2.66%（95%CI:2.32%～3.05%）;Meta回归分析有显着性的因素为疾病种类、年龄、检测方法、研究地区和样本量,调整R2=37.15%。本研究提示,类似像HAdV检出率的研究,在异质性较大时,Meta分析对率的合并仍有待完善。不同疾病种类、不同年龄、检测方法、研究区域和样本量大小是引起异质性的部分原因。
宋鹏飞,楼元,朱利平,李卫民,姜慧[10]（2020）在《多阶段多尺度斑块模型以及在新型冠状病毒肺炎疫情中的应用》文中指出本文数据来源于公开数据.本文建立一个含确定性扩散和随机性扩散的多阶段多尺度SEIR传染病斑块模型.该模型耦合了欧拉扩散模式和拉格朗日扩散模式,参数与时间相关,具有较强适应性和时效性,可以研究并预测突发疾病在不同阶段及不同空间尺度下的传播模式.我们利用所提出的多阶段多尺度SEIR传染病斑块模型,分析新型冠状病毒在武汉市和北京市的空间传播动力学并给出了部分定量的数值模拟结果.我们发现,北京市的基本再生数从1月30日之前的3.58逐渐降为2月3日之后的0.18;武汉市的基本再生数从1月30日之前的4.30降为2月6日之后的0.47.以1月23日为基准时间,如果武汉"封城"推迟推迟3天或6天实施,则武汉市在3月1日的累计病例数将分别是现在公布数据的2.14倍和3.16倍,北京市在3月1日的累计病例数将分别是现在公布数据的1.80倍或4.22倍.
二、Epidemiological Characteristics of An Outbreak of Severe Acute Respiratory Syndrome in Dongcheng District of Beijing From March to May 2003（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Epidemiological Characteristics of An Outbreak of Severe Acute Respiratory Syndrome in Dongcheng District of Beijing From March to May 2003（论文提纲范文）
（1）一起新型冠状病毒肺炎家庭聚集性疫情的调查分析（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 资料来源 |
| 1.2 诊断和判定标准 |
| 1.3 检测方法 |
| 1.4 分析方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 发病与诊疗检测情况 |
| 2.1.1 患者L: |
| 2.1.2 患者女儿A: |
| 2.1.3 患者女儿C: |
| 2.1.4 其他家庭成员情况: |
| 2.2 流行病学调查及措施 |
| 2.2.1 可疑接触史: |
| 2.2.2 采取措施: |
| 3 讨论 |
（2）新型冠状病毒肺炎多时空尺度流行特征、影响因素及风险预测研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 第一部分 中国大陆新型冠状病毒肺炎的流行特征 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.2 研究设计和统计分析 |
| 三、结果 |
| 3.1 新冠肺炎疫情人群分布特征及街道、镇、乡比较 |
| 3.2 我国大陆新冠肺炎流行曲线及街道、镇、乡比较 |
| 3.3 我国大陆新冠肺炎县区级罹患率地图及时空聚集分析 |
| 3.4 我国新冠肺炎流行模式分区 |
| 3.5 我国新冠肺炎防控和放宽措施及其对疫情的影响 |
| 四、讨论 |
| 第二部分 武汉市医务人员新冠肺炎流行特征及危险因素的多中心比较研究 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.2 研究设计和统计分析 |
| 三、结果 |
| 3.1 武汉HCW和non-HCW病例的基本特征比较 |
| 3.2 武汉市HCW和non-HCW病例发病到诊断的时间 |
| 3.3 武汉市HCW和non-HCW病例的时空分布比较 |
| 3.4 HCW感染新冠肺炎和恶化的危险因素 |
| 四、讨论 |
| 第三部分 交通和气象因素对新冠肺炎在中国大陆传播的影响 |
| 一、引言 |
| 二、材料和方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.2 研究设计和统计分析 |
| 三、结果 |
| 3.1 描述性分析 |
| 3.2 交通因素对新冠肺炎广域传播的影响 |
| 3.3 气象因素对新冠肺炎本地扩散的影响 |
| 四、讨论 |
| 第四部分 中国大陆新冠肺炎传播风险预测研究 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 数据来源及处理 |
| 2.2 研究设计和统计分析 |
| 三、结果 |
| 3.1 描述性分析 |
| 3.2 原始模型和简化模型的建模研究 |
| 3.3 各影响因素对于新冠肺炎风险概率预测的贡献度 |
| 3.4 原始模型和简化模型的实证研究 |
| 3.5 重点城市和季节新冠肺炎疫情暴发模拟情景的传播风险预测 |
| 四、讨论 |
| 结论 |
| 创新点与局限性 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间研究成果 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
| 附件 |
（3）基于传播动力学模型的COVID-19医疗卫生资源需求评估研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.研究背景 |
| 2.研究目的 |
| 3.研究内容 |
| 4.研究意义 |
| 第二章 材料和方法 |
| 1.主要应用理论 |
| 1.1 SIR仓室模型理论 |
| 1.2 情景构建和情景分析理论 |
| 1.3 预防准备型危机管理理论 |
| 2.数据资料来源 |
| 3.方法 |
| 3.1 医疗卫生资源概念梳理 |
| 3.2 模型构建和情景构建的前提假设 |
| 3.3 COVID-19传播动力学模型构建 |
| 3.4 模型的预测误差计算 |
| 3.5 情景构建 |
| 3.6 医疗卫生资源需求评估 |
| 3.7 统计学处理 |
| 3.8 质量控制 |
| 3.9 技术路线 |
| 第三章 结果 |
| 1.医疗卫生资源内涵及分类 |
| 1.1 医疗卫生资源内涵梳理 |
| 1.2 医疗卫生资源需求分类 |
| 2.模型的准确性检验结果 |
| 3.不同情景下COVID-19住院/隔离人数变化 |
| 3.1 基于情景的确诊患者人数-时间变化 |
| 3.2 不同情景确诊住院/隔离患者的日现患峰值数比较 |
| 4.临床资源需求评估 |
| 4.1 临床救治所需人力资源需求评估 |
| 4.2 临床主要设备资源需求评估 |
| 4.3 临床PPE需求评估 |
| 5.实验室检测资源需求评估 |
| 5.1 实验室检测人力资源需求 |
| 5.2 实验室检测设备资源需求 |
| 5.3 实验室检测PPE需求 |
| 6.流行病学防控资源需求评估 |
| 6.1 流行病学人力资源需求 |
| 6.2 流行病学PPE需求 |
| 7.情景分析的结果总结 |
| 第四章 讨论 |
| 1.疫苗接种获得免疫的人群比例和NPIs效果对医疗卫生资源需求的影响 |
| 2.无症状感染者比例对医疗卫生资源需求的影响 |
| 3.全员核酸检测对医疗卫生资源需求的影响 |
| 4.COVID-19疫情对医疗卫生资源的挑战 |
| 5.医疗卫生资源不足的应对方法 |
| 第五章 结论与展望 |
| 1.结论 |
| 2.创新性 |
| 3.局限性 |
| 4.建议和展望 |
| 参考文献 |
| 综述 COVID-19医疗卫生资源需求及传播动力学模型研宄概述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1: COVID-19确诊患者、无症状感染者资源消耗比例表 |
| 附录2: 个人简介 |
| 附录3: 攻读学位期间撰写的论文 |
| 致谢 |
（4）2017-2019年乌鲁木齐呼吸道病毒病原及流行特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 研究内容与方法 |
| 1 研究对象 |
| 1.1 研究现场的选择 |
| 1.2 研究对象的选择 |
| 1.3 纳入排除标准 |
| 1.4 流感样病例标本来源 |
| 1.5 标本的接收 |
| 2 内容与方法 |
| 2.1 核酸检测 |
| 2.2 病毒毒株的纯化 |
| 2.3 流感病毒基因序列分析 |
| 3 质量控制 |
| 4 统计学分析 |
| 5 技术路线图 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 呼吸道病毒流行特征及检测方法概况 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学位论文 |
| 导师评阅表 |
（7）肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）（论文提纲范文）
| 1 病原学 |
| 1.1 生物学性状 |
| 1.2 致病机制 |
| 1.3 实验室检查 |
| 2 临床学 |
| 2.1 PD |
| 2.2 诊断 |
| 2.3 治疗 |
| 2.4 抗生素的耐药性 |
| 3 流行病学 |
| 3.1 传染源、传播途径和易感人群 |
| 3.2 疾病负担 |
| 3.2.1 全球疾病负担 |
| 3.2.2 中国疾病负担 |
| 3.2.3 血清型分布 |
| (1)全球血清型分布 |
| (2)中国血清型分布 |
| 4 疫苗 |
| 4.1 疫苗研发进展 |
| 4.1.1 多糖疫苗 |
| 4.1.2 多糖结合疫苗 |
| 4.1.3 未来疫苗 |
| 4.2 疫苗免疫原性 |
| 4.2.1 PCV免疫原性 |
| (1)PCV7和PCV13“3+1”免疫程序能诱导良好的免疫应答 |
| (2)PCV7和PCV13“2+1”免疫程序诱导的免疫应答亦较好 |
| (3)PCV13在较大年龄儿童中也具有较好的免疫原性 |
| (4)既往接种过PCV7者接种PCV13免疫原性 |
| (5)PCV13在成人中的免疫原性 |
| 4.2.2 PPV23免疫原性 |
| 4.2.3 PCV13与PPV23免疫原性比较 |
| 4.2.4 PCV和PPV23序贯程序的免疫应答 |
| 4.2.5 同时接种的免疫原性 |
| 4.2.6 在特殊人群中的免疫原性 |
| (1)PCV在特殊人群的免疫原性 |
| (2)PPV23在特殊人群的免疫原性 |
| (3)两种疫苗序贯接种在特殊人群中的免疫原性 |
| 4.3 疫苗的效力或效果 |
| 4.3.1 PCV7 |
| 4.3.2 PCV13 |
| (1)预防IPD的效果 |
| (2)预防CAP的效果 |
| (3)预防其他非侵袭性疾病效果 |
| (4)降低Spn携带率的效果 |
| 4.3.3 PPV23 |
| 4.3.4 同时接种效果 |
| 4.3.5 特殊人群效果 |
| 4.4 免疫持久性 |
| 4.5 疫苗安全性 |
| 4.5.1 局部反应 |
| (1)PCV7和PCV13 |
| (2)PCV10 |
| (3)PPV23 |
| 4.5.2 全身反应 |
| (1)PCV7和PCV13 |
| (2)PPV23 |
| 4.5.3 上市后研究发现的罕见事件或安全性信号 |
| (1)热性惊厥风险 |
| (2)急性严重过敏反应 |
| (3)其他罕见事件 |
| 4.5.4 不同疫苗比较 |
| (1)临床试验 |
| (2)上市后研究和Meta分析等 |
| 4.5.5 不同疫苗同时接种 |
| 4.5.6 PPV23复种 |
| 4.5.7 特殊人群疫苗接种 |
| (1)器官移植患者 |
| (2)免疫功能低下患者 |
| (3)早产儿 |
| 4.5.8 新疫苗 |
| 4.6 成本效果 |
| 4.6.1 PCV |
| 4.6.2 PPV23 |
| 5 WHO、ACIP和英国接种建议 |
| 5.1 WHO接种建议[35] |
| 5.2 ACIP接种建议[393-397] |
| 5.3 英国接种建议[398,399] |
| 5.3.1 ≤2岁儿童PCV13免疫程序 |
| 65岁成年人'>5.3.2 ≥2岁高危人群和>65岁成年人 |
| 5.3.3 高风险人群接种建议 |
| 6 中国接种PCV13和PPV23的建议[168,400-403] |
| 6.1 接种对象 |
| 6.1.1 PCV13 |
| 6.1.2 PPV23 |
| 6.2 接种程序 |
| 6.2.1 PCV13 |
| 6.2.2 PPV23 |
| 6.3 接种途径和剂量 |
| 6.3.1 PCV13 |
| 6.3.2 PPV23 |
| 6.4 接种禁忌和注意事项 |
| 6.5 不同厂家产品的替换使用 |
| 7 非疫苗预防措施 |
| 8 后续有待研究的相关问题 |
| 8.1 病原学和血清学检测 |
| 8.2 致病机制 |
| 8.3 致病起始年龄人群的差异 |
| 8.4 致病菌血清型谱分布随年龄的变化 |
| 8.5 抗生素耐药随着年龄、地理区域等变化 |
| 8.6 预防带菌的研究结果不一致 |
| 8.7 疫苗应用后非疫苗血清型成为优势菌株的潜力 |
| 8.9 抗体持久性与发病的关系 |
| 8.10 理想的肺炎球菌疫苗 |
| 8.11 结合蛋白与含有同类蛋白疫苗间的影响 |
| 8.12 PPV23接种率的提高 |
| 8.13 中国PCV13适应症人群 |
| 8.14 中国PPV23上市后说明书涉及的问题 |
| 8.15 中国PD疾病负担 |
| 8.16 中国肺炎球菌疫苗应用成本效益 |
（9）2018年北京市学校呼吸道人腺病毒感染疫情病原学鉴定及中国不同患者人腺病毒检出率Meta分析（论文提纲范文）
| 缩略语 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 2018年北京市学校呼吸道人腺病毒感染疫情病原学鉴定 |
| 一 引言 |
| 1.1 人腺病毒概述 |
| 1.2 人腺病毒3型(Human adenovirus type 3,HAdV-3)国内外暴发流行现状 |
| 二 材料和方法 |
| 2.1 疫情报告和处置 |
| 2.2 实验室检测 |
| 三 结果 |
| 3.1 疫情的流行病学调查 |
| 3.2 HAdV-3是2018年北京市西城区5所学校呼吸道感染疫情的主要病原体 |
| 3.3 2018年北京市西城区5所学校呼吸道HAdV-3分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分析 |
| 3.4 国内外不同年代流行HAdV-3病毒株可以分成两个进化分支Clade1和Clade2 |
| 四 讨论 |
| 第二部分 中国不同患者人腺病毒检出率Meta分析 |
| 一 引言 |
| 1.1 人腺病毒的流行与危害 |
| 1.2 Meta分析在率的研究中的应用 |
| 二 材料和方法 |
| 2.1 研究定义 |
| 2.2 Meta分析 |
| 三 结果 |
| 3.1 文献检索结果 |
| 3.2 Meta分析 |
| 四 讨论 |
| 4.1 Meta分析综合定量评价中国不同患者HAdV总检出率水平 |
| 4.2 采用Meta同归和亚组分析探索异质性来源 |
| 4.3 敏感性分析和发表偏倚分析评价合并检出率结果稳定性和可靠性 |
| 4.4 本研究的局限性 |
| 五 结论 |
| 文献综述 人呼吸道腺病毒研究进展 |
| 一 腺病毒基因特征 |
| 二 流行病学特征 |
| 三 临床疾病特征 |
| 四 检测技术 |
| 4.1 病毒分离 |
| 4.2 PCR检测 |
| 4.3 血清学检测 |
| 4.4 抗原检测 |
| 五 防治与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 硕士研究生期间以(共同)第一作者发表的论文 |
四、Epidemiological Characteristics of An Outbreak of Severe Acute Respiratory Syndrome in Dongcheng District of Beijing From March to May 2003（论文参考文献）
- [1]一起新型冠状病毒肺炎家庭聚集性疫情的调查分析[J]. 杨霄星,杨洋,孟艳,李洁,信振江,孟繁超,武晶,杨军勇,武庆锐,张建军. 首都公共卫生, 2021(05)
- [2]新型冠状病毒肺炎多时空尺度流行特征、影响因素及风险预测研究[D]. 魏佳特. 山东大学, 2021(12)
- [3]基于传播动力学模型的COVID-19医疗卫生资源需求评估研究[D]. 王晴. 中国疾病预防控制中心, 2021(02)
- [4]2017-2019年乌鲁木齐呼吸道病毒病原及流行特征分析[D]. 汤晓璇. 新疆医科大学, 2021(08)
- [5]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. 中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会. 中华流行病学杂志, 2020(12)
- [6]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. 中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会. 中华预防医学杂志, 2020(12)
- [7]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. Chinese Preventive Medicine Association;Vaccine and Immunology Branch of the Chinese Preventive Medicine Association;. 中国疫苗和免疫, 2021(01)
- [8]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. 中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会. 中华流行病学杂志, 2020(12)
- [9]2018年北京市学校呼吸道人腺病毒感染疫情病原学鉴定及中国不同患者人腺病毒检出率Meta分析[D]. 牛丹丹. 中国疾病预防控制中心, 2020(03)
- [10]多阶段多尺度斑块模型以及在新型冠状病毒肺炎疫情中的应用[J]. 宋鹏飞,楼元,朱利平,李卫民,姜慧. 应用数学学报, 2020(02)